אספת הגנום הפטרייתי דה נובו
BMKGENE מציעה פתרונות רב-תכליתיים לגנומים של פטריות, העונים על צרכי מחקר מגוונים ושלמות הגנום הרצויה. שימוש בריצוף Illumina קצר-קריאה בלבד מאפשר יצירת טיוטת גנום. ריצוף קצר-קריאה וריצוף ארוך-קריאה באמצעות Nanopore או Pacbio משולבים לקבלת גנום פטרייתי מעודן יותר עם קונטיגים ארוכים יותר. יתר על כן, שילוב ריצוף Hi-C משפר עוד יותר את היכולות, ומאפשר השגת גנום שלם ברמת הכרומוזום.
תכונות השירות
עם שלוש אפשרויות אפשריות לבחירה בהתאם למידת השלמות הגנומית הרצויה:
● אפשרות טיוטת גנום: ריצוף קצר קריאה עם Illumina NovaSeq PE150.
● אפשרות גנום פטרייתי עדין:
סקר גנום: Illumina NovaSeq PE150.
הרכבת גנום: PacBio Revio (קריאות HiFi) או Nanopore PromethION 48.
● גנום פטרייתי ברמת הכרומוזום:
סקר גנום: Illumina NovaSeq PE150.
הרכבת גנום: PacBio Revio (קריאות HiFi) או Nanopore PromethION 48.
עיגון קונטיג עם הרכבת Hi-C.
יתרונות השירות
●אסטרטגיות ריצוף מרובות זמינותעבור מטרות מחקר שונות ודרישות שלמות הגנום
●תהליך עבודה מלא של ביואינפורמטיקה:זה כולל הרכבת גנום וחיזוי של אלמנטים גנומיים מרובים, ביאור גנים פונקציונלי ועיגון contig.
●מומחיות נרחבתעם למעלה מ-12,000 גנומים מיקרוביאליים שנאספו, אנו מביאים עמו למעלה מעשור של ניסיון, צוות ניתוח מיומן ביותר, תוכן מקיף ותמיכה מעולה לאחר המכירה.
●תמיכה לאחר המכירה:המחויבות שלנו חורגת מעבר להשלמת הפרויקט, עם תקופת שירות לאחר המכירה של 3 חודשים. במהלך תקופה זו, אנו מציעים מעקב אחר הפרויקט, סיוע בפתרון בעיות ופגישות שאלות ותשובות כדי לענות על כל שאלה הקשורה לתוצאות.
מפרט השירות
| שֵׁרוּת | אסטרטגיית ריצוף | בקרת איכות |
| טיוטת גנום | אילומינה PE150 100x | Q30≥85% |
| גנום משובח | סקר גנום: Illumina PE150 50 x הרכבה: PacBio HiFi 30x או Nanopore 100x | קונטיג N50 ≥1Mb (Pacbio חד-תאי) קונטיג N50 ≥2Mb (ONT חד-תאי) קונטיג N50 ≥500kb (אחרים) |
| גנום ברמת הכרומוזום | סקר גנום: Illumina PE150 50 x הרכבה: PacBio HiFi 30x או Nanopore 100x הרכבה Hi-C 100x | יחס עיגון קונטיגי >90%
|
דרישות שירות
| ריכוז (נגנוגרם/µL) | כמות כוללת (מיקרוגרם) | נפח (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| ננופור | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| אילומינה | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
פטרייה חד-תאית: ≥3.5x1010 תאים
פטריית מאקרו: ≥10 גרם
זרימת עבודה של שירות
משלוח לדוגמה
בניית ספרייה
ריצוף
ניתוח נתונים
שירותי לאחר המכירה
כולל את הניתוח הבא:
סקר גנום:
- בקרת איכות נתוני ריצוף
- הערכת גנום: גודל, הטרוזיגוטיות, אלמנטים חוזרים
הרכבת גנום עדינה:
- בקרת איכות נתוני ריצוף
- דה נובוהַרכָּבָה
- ניתוח רכיבי גנום: ניבוי של CDS ואלמנטים גנומיים מרובים
- ביאור פונקציונלי עם מספר מסדי נתונים כלליים (GO, KEGG וכו') ומסדי נתונים מתקדמים (CARD, VFDB וכו')
הרכבה Hi-C:
- הערכת ספריית Hi-C.
- עיגון אשכולות, סידור והתמצאות של קונטיגים
- הערכת הרכבת HI-C: בהתבסס על גנום ייחוס ומפת חום
סקר גנום: תפוצת k-mer
הרכבת גנום: ביאור הומולוגי של גנים (מסד נתונים של NR)
הרכבת גנום: אנוטציה גנטית פונקציונלית (GO)
גלו את ההתקדמות שמאפשרות שירותי הרכבת הגנום הפטרייתי של BMKGene באמצעות אוסף פרסומים שנבחר.
Hao, J. et al. (2023) 'פרופיל אומי משולב של פטריית המרפא Inonotus obliquus בתנאים שקועים',גנומיקה של BMC, 24(1), עמ' 1–12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/FIGURES/3.
Lu, L. et al. (2023) 'ריצוף גנום חושף את האבולוציה והמנגנונים הפתוגניים של פתוגן נקודת העין החדה של החיטה Rhizoctonia cerealis',יומן היבולים, 11(2), עמ' 405–416. doi: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
ג'אנג, ה. ואחרים (2023) 'משאבי גנום עבור ארבעה מיני קלרידיה גורמים לכתם כסף על עשבי דשא מגוונים',מחלות צמחים, 107(3), עמ' 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
ג'אנג, ס.ס. ואחרים (2023) 'עדויות גנטיות ומולקולריות למערכת הזדווגות טטרפולרית בפטריית האכילה גריפולה פרונדוזה',כתב העת לפטריות, 9(10), עמ' 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
