ריצוף mRNA שאינו מבוסס ייחוס - NGS
תכונות
● לכידת poly mRNA לפני הכנת הספרייה
● ללא תלות בכל גנום ייחוס: בהתבסס על הרכבה דה נובו של תמלילים, יצירת רשימה של יוניגנים המסומנים במספר מסדי נתונים (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG)
● ניתוח ביואינפורמטי מקיף של ביטוי גנים ומבנה תעתיק
יתרונות השירות
●מומחיות נרחבתעם רקורד של עיבוד של למעלה מ-600,000 דגימות ב-BMKGENE, המשתרעות על פני סוגי דגימות מגוונים כגון תרביות תאים, רקמות ונוזלי גוף, הצוות שלנו מביא שפע של ניסיון לכל פרויקט. סגרנו בהצלחה למעלה מ-100,000 פרויקטים של mRNA-Seq בתחומי מחקר שונים.
●בקרת איכות קפדניתאנו מיישמים נקודות בקרה מרכזיות בכל השלבים, החל מהכנת דגימות וספריות ועד ריצוף וביואינפורמטיקה. ניטור קפדני זה מבטיח אספקת תוצאות באיכות גבוהה באופן עקבי.
● ביאור מקיףאנו משתמשים במספר מסדי נתונים כדי לסמן פונקציונלית את הגנים המתבטאים באופן דיפרנציאלי (DEGs) ולבצע את ניתוח ההעשרה המתאים, המספק תובנות לגבי התהליכים התאיים והמולקולריים העומדים בבסיס תגובת הטרנסקריפטום.
●תמיכה לאחר המכירההמחויבות שלנו משתרעת מעבר להשלמת הפרויקט, עם תקופת שירות לאחר המכירה של 3 חודשים. במהלך תקופה זו, אנו מציעים מעקב אחר הפרויקט, סיוע בפתרון בעיות ופגישות שאלות ותשובות כדי לענות על כל שאלה הקשורה לתוצאות.
דרישות לדוגמה ומשלוח
| סִפְרִיָה | אסטרטגיית ריצוף | נתונים מומלצים | בקרת איכות |
| מועשר בפולי A | אילומינה PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 ג'יגה-בייט | Q30≥85% |
דרישות לדוגמה:
נוקלאוטידים:
| ריכוז (ng/μl) | כמות (מיקרוגרם) | טוֹהַר | שְׁלֵמוּת |
| ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 זיהום חלבון או DNA מוגבל או ללא זיהום כלל על גבי הג'ל. | עבור צמחים: RIN≥4.0; עבור בעלי חיים: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; גובה בסיס מוגבל או ללא גובה בסיס |
● צמחים:
שורש, גבעול או עלה כותרת: 450 מ"ג
עלה או זרע: 300 מ"ג
פרי: 1.2 גרם
● בעל חיים:
לב או מעיים: 300 מ"ג
קרביים או מוח: 240 מ"ג
שריר: 450 מ"ג
עצמות, שיער או עור: 1 גרם
● פרוקי רגליים:
חרקים: 6 גרם
סרטנאים: 300 מ"ג
● דם מלאצינור אחד
● תאים: 106 תאים
משלוח דוגמיות מומלץ
מיכל: צינור צנטריפוגה 2 מ"ל (לא מומלץ להשתמש בנייר אלומיניום)
תיוג לדוגמה: קבוצה+שכפול לדוגמה A1, A2, A3; B1, B2, B3.
מִשׁלוֹחַ:
1. קרח יבש: יש לארוז את הדגימות בשקיות ולקבור אותן בקרח יבש.
2. מבחנות RNAstable: ניתן לייבש דגימות RNA במבחנות ייצוב RNA (למשל RNAstable®) ולשלוח אותן בטמפרטורת החדר.
זרימת עבודה של שירות
תכנון הניסוי
משלוח לדוגמה
מיצוי RNA
בניית ספרייה
ריצוף
ניתוח נתונים
שירותי לאחר המכירה
ביואינפורמטיקה
הרכבת טרנסקריפטומים ובחירת יוניגן
ביאור יוניגן
קורלציה של דגימות והערכת שכפולים ביולוגיים
גנים המתבטאים באופן דיפרנציאלי (DEGs)
ביאור פונקציונלי של DEGs
העשרה פונקציונלית של DEGs
גלו את ההתקדמות שמאפשרות שירותי ריצוף ה-mRNA של NGS אאוקריוטיים של BMKGene באמצעות אוסף פרסומים שנבחרו בקפידה.
Shen, F. et al. (2020) 'הרכבת טרנסקריפטומים דה נובו וביטוי גנים מוטה-מגדרית בבלוטות המין של שפמנון אמור (Silurus asotus)', Genomics, 112(3), עמ' 2603–2614. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
Zhang, C. et al. (2016) 'ניתוח טרנסקריפטומים של מטבוליזם סוכרוז במהלך נפיחות והתפתחות הבצל בבצל (Allium cepa L.)', Frontiers in Plant Science, 7 (ספטמבר), עמ' 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Zhu, C. et al. (2017) 'הרכבה דה נובו, אפיון וביאור של הטרנסקריפטום של Sarcocheilichthys sinensis', PLoS ONE, 12(2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
Zou, L. et al. (2021) 'ניתוח טרנסקריפטום דה נובו מספק תובנות לגבי סבילות המלח של Podocarpus macrophyllus תחת עקת מליחות', BMC Plant Biology, 21(1), עמ' 1–17. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/FIGURES/9.
