ריצוף RNA פרוקריוטי
תכונות
● עיבוד דגימת RNA כלל דלדול rRNA ולאחר מכן הכנת ספריית RNA כיוונית.
● ניתוח ביואינפורמטי המבוסס על יישור לגנום ייחוס
● הניתוח כולל ביטוי גנים ו-DEGs אך גם מבנה התעתיק וניתוח sRNA
יתרונות השירות
●בקרת איכות קפדניתאנו מיישמים נקודות בקרה מרכזיות בכל השלבים, החל מהכנת דגימות וספריות ועד ריצוף וביואינפורמטיקה. ניטור קפדני זה מבטיח אספקת תוצאות באיכות גבוהה באופן עקבי.
●נתוני ריצוף ספציפיים לגדיל: עקב כך שהכנת ספריית ה-RNA היא כיוונית, מה שמאפשר זיהוי של תמלילים אנטי-סנס.
●ניתוח מלא המותאם לטרנסקריפטומים פרוקריוטייםהצינור הביואינפורמטי כולל לא רק ניתוח של ביטוי גנים אלא גם ניתוח של מבנה התעתיק, כולל זיהוי אופרונים, UTRs ופרומוטורים. הוא כולל גם ניתוח של sRNAs, כלומר ביאור וחיזוי של מבנה משני ומטרות.
●תמיכה לאחר המכירההמחויבות שלנו משתרעת מעבר להשלמת הפרויקט, עם תקופת שירות לאחר המכירה של 3 חודשים. במהלך תקופה זו, אנו מציעים מעקב אחר הפרויקט, סיוע בפתרון בעיות ופגישות שאלות ותשובות כדי לענות על כל שאלה הקשורה לתוצאות.
דרישות לדוגמה ומשלוח
| סִפְרִיָה | אסטרטגיית ריצוף | נתונים מומלצים | בקרת איכות |
| ספרייה כיוונית מדוללת של rRNA | אילומינה PE150 | 1-2 ג'יגה-בייט | Q30≥85% |
דרישות לדוגמה:
| ריכוז (ng/μl) | כמות (מיקרוגרם) | טוֹהַר | שְׁלֵמוּת |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280=1.8-2.0 OD260/230=1.0-2.5 זיהום חלבון או DNA מוגבל או ללא זיהום כלל על גבי הג'ל. | RIN≥6.5 |
משלוח דוגמיות מומלץ
מיכל: צינור צנטריפוגה 2 מ"ל (לא מומלץ להשתמש בנייר אלומיניום)
תיוג לדוגמה: קבוצה+שכפול לדוגמה A1, A2, A3; B1, B2, B3.
מִשׁלוֹחַ:
1. קרח יבש: יש לארוז את הדגימות בשקיות ולקבור אותן בקרח יבש.
2. מבחנות RNAstable: ניתן לייבש דגימות RNA במבחנות ייצוב RNA (למשל RNAstable®) ולשלוח אותן בטמפרטורת החדר.
זרימת עבודה של שירות
משלוח לדוגמה
בניית ספרייה
ריצוף
ניתוח נתונים
שירותי לאחר המכירה
זרימת עבודה של ניתוח ביואינפורמטי
כולל את הניתוח הבא:
● בקרת איכות נתונים גולמיים
● יישור לגנום הייחוס
● הערכת איכות הספרייה: אקראיות פיצול RNA, גודל הכנס ורוויית ריצוף
● ביאור פונקציונלי של גנים מקודדים צפויים
● ניתוח ביטויים: קורלציה וניתוח רכיבים ראשיים (PCA)
● ביטוי גנים דיפרנציאלי (DEGs)
● ביאור פונקציונלי והעשרה של DEGs
● ניתוח sRNA: ניבוי, אנוטציה, ניבוי מטרה ומבנה משני
● ניתוח מבנה התעתיק: אופרונים, מיקומי התחלה וסיום, אזור לא מתורגם (UTS), פרומוטר וניתוח SNP/InDel
ריצוף רוויה
ביאור פונקציונלי של גנים מקודדים
מתאם בין דגימות
ניתוח גנים מבוטאים דיפרנציאליים (DEGs)
ניתוח העשרה פונקציונלי
ביאור sRNA
גלו את ההתקדמות שמאפשרות שירותי ריצוף mRNA באורך מלא של Nanopore של BMKGene בפרסום מומלץ זה.
גואן, סי.פי. ואחרים (2018) 'שינויים גלובליים בטרנסקריפטומים של סטפילוקוקוס אפידרמידיס היוצר ביופילם בתגובה לאלקלואידים כוללים של סופריאה אלופקורואידס',כתב העת הפולני למיקרוביולוגיה, 67(2), עמ'. 223. doi: 10.21307/PJM-2018-024.
