ריצוף מטאגנומי -NGS
מטא-גנום הוא אוסף של החומר הגנטי הכולל של קהילה מעורבת של אורגניזמים, כגון מטא-גנומים סביבתיים ובני אדם. הוא מכיל גנומים של מיקרואורגניזמים הניתנים לגידול וגם של מיקרואורגניזמים שאינם ניתנים לגידול. ריצוף מטא-גנומי של רובה ציד באמצעות NGS מאפשר מחקר של נופים גנומיים מורכבים אלה המוטמעים בדגימות סביבתיות על ידי מתן תובנות מפורטות יותר לגבי מגוון מינים, דינמיקת שפע ומבני אוכלוסייה מורכבים. מעבר למחקרים טקסונומיים, מטא-גנומיקה של רובה ציד מציעה גם פרספקטיבה גנומית פונקציונלית, המאפשרת חקירה של גנים מקודדים ותפקידיהם המשוערים בתהליכים אקולוגיים. לבסוף, הקמת רשתות קורלציה בין אלמנטים גנטיים לגורמים סביבתיים תורמת להבנה הוליסטית של יחסי הגומלין המורכבים בין קהילות מיקרוביאליות לרקע האקולוגי שלהן. לסיכום, ריצוף מטא-גנומי מהווה כלי מרכזי לפענוח המורכבויות הגנומיות של קהילות מיקרוביאליות מגוונות, תוך הארת הקשרים הרב-גוניים בין גנטיקה לאקולוגיה בתוך מערכות אקולוגיות מורכבות אלה.
פלטפורמות: Illumina NovaSeq ו-DNBSEQ-T7
יתרונות השירות
●שיטת בידוד וגידול ללא צורך בעיבוד פרופילים של קהילות מיקרוביאליותמאפשר ריצוף של חומר גנטי מאורגניזמים שאינם ניתנים לעיבוד.
●רזולוציה גבוהה: זיהוי מינים בשפע נמוך בדגימות סביבתיות.
●ניתוח ביואינפורמטיקה מקיף:התמקדות לא רק בגיוון הטקסונומי אלא גם בגיוון התפקודי של הקהילה.
●ניסיון רב:עם רקורד של סגירה מוצלחת של פרויקטים רבים בתחום המטא-גנומיקה בתחומי מחקר שונים ועיבוד של למעלה מ-200,000 דגימות, הצוות שלנו מביא שפע של ניסיון לכל פרויקט.
מפרט השירות
| פלטפורמת ריצוף | אסטרטגיית ריצוף | נתונים מומלצים | בקרת איכות |
| Illumina NovaSeq או DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20 ג'יגה-בייט | Q30≥85% |
דרישות השירות
| ריכוז (נגנוגרם/µL) | סכום כולל (נגו) | נפח (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● אדמה/בוצה: 2-3 גרם
● תוכן מעיים - מן החי: 0.5-2 גרם
● תוכן מעיים - חרקים: 0.1-0.25 גרם
● פני השטח של הצמח (משקע מועשר): 0.5-1 גרם
● משקע מועשר בציר תסיסה (0.2-0.5 גרם)
● צואה (בעלי חיים גדולים): 0.5-2 גרם
● צואה (עכבר): 3-5 גרגרים
● נוזל שטיפת אלוואולרים ריאתיים: נייר סינון
● מטוש נרתיק: 5-6 מטושים
● דגימה של עור/איברי המין/רוק/רקמות רכות מהפה/לוע/פי הטבעת: 2-3 דגימות
● מיקרואורגניזם פני השטח: 5-6 מקלונים
● גוף מים/אוויר/ביופילם: נייר סינון
● אנדופיטים: 2-3 גרם
● רובד דנטלי: 0.5-1 גרם
זרימת עבודה של שירות
משלוח לדוגמה
בניית ספרייה
ריצוף
ניתוח נתונים
שירותי לאחר המכירה
כולל את הניתוח הבא:
● בקרת איכות נתוני ריצוף
● הרכבת מטא-גנום וחיזוי גנים
● אנוטציה של גנים
● ניתוח גיוון אלפא טקסונומי
● ניתוח פונקציונלי של הקהילה: תפקוד ביולוגי, מטבולי, עמידות לאנטיביוטיקה
● ניתוח של גיוון פונקציונלי וטקסונומי:
ניתוח גיוון בטא
ניתוח בין-קבוצתי
ניתוח קורלציה: בין גורמים סביבתיים לבין הרכב וגיוון של OUT
ניתוח פונקציונלי: עמידות לאנטיביוטיקה ב-CARD
ניתוח דיפרנציאלי של מסלולי מטבוליזם של KEGG: מפת חום של מסלולים משמעותיים
גיוון אלפא של תפוצה טקסונומית: מדד ACE
גיוון בטא של תפוצה טקסונומית: PCoA
גלו את ההתקדמות שמאפשרות שירותי ריצוף המטא-גנומים של BMKGene עם Illumina באמצעות אוסף פרסומים שנבחרו בקפידה.
Hai, Q. et al. (2023) 'ניתוח מטאגנומי ומטבולומי של שינויים בתכולת המעיים של טרוטת עין-הקשת (Oncorhynchus mykiss) נגועים בנגיף נמק המטופויטי זיהומי בטמפרטורות מים שונות בתרבית',גבולות במיקרוביולוגיה, 14, עמ' 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
מאו, סי. ואחרים (2023) 'קהילות מיקרוביאליות, גנים של עמידות וסיכוני עמידות באגמים עירוניים במצבים טרופיים שונים: קשרים פנימיים והשפעות חיצוניות',כתב העת להתקדמות בחומרים מסוכנים, 9, עמ'. 100233. דוי: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
סו, מ. ואחרים (2022) 'ניתוח מטגנומי גילה הבדלים בהרכב ובתפקוד בין מיקרואורגניזמים הקשורים לנוזל לבין מיקרואורגניזמים הקשורים למוצק בכרס כבשים',גבולות במיקרוביולוגיה, 13, עמ' 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
יין, ג'. ואחרים (2023) 'מיקרוביוטה שמקורה בחזיר נינגשיאנג הסובל מהשמנת יתר מחיווט מחדש את חילוף החומרים של קרניטין כדי לקדם שקיעת חומצות שומן בשרירים בחזירים רזים שמנים שמקורם ב-DLY',החדשנות4(5), עמ'. 100486. דוי: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
ז'או, ש' ואחרים (2023) 'תובנות מטאגנומיות לגבי הסיכונים הפוטנציאליים של פלסטיק ביולוגי/לא מתכלה ופסולת שאינה מפלסטיק מייצגים בחלקים העליונים והתחתונים של שפך נהר הייה, סין',מדע הסביבה הכוללת, 887, עמ'. 164026. דוי: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
