רצף מטגנומי -NGs
מטגנום הוא אוסף של החומר הגנטי הכולל של קהילה מעורבת של אורגניזמים, כמו מטגנומים סביבתיים ואנושיים. הוא מכיל גנום של מיקרואורגניזמים בלתי ניתנים לטיפול ובלתי ניתנים לתרבות כאחד. רצף מטגנומי של רובה ציד עם NGs מאפשר לחקר נופים גנומיים מורכבים אלה המוטמעים בדגימות סביבתיות על ידי מתן יותר מפרופיל טקסונומי, מה שמאפשר גם תובנות גרגיריות לגבי גיוון המינים, דינמיקת השפע ומבני אוכלוסייה מורכבים. מעבר למחקרים טקסונומיים, מטגנומיקה של רובה ציד מציעה גם נקודת מבט גנומיקה פונקציונלית, המאפשרת לחקור גנים מקודדים ותפקידיהם המשוערים בתהליכים אקולוגיים. לבסוף, הקמת רשתות מתאם בין יסודות גנטיים לגורמים סביבתיים תורמת להבנה הוליסטית של יחסי הגומלין המורכבים בין קהילות מיקרוביאליות לרקע האקולוגי שלהם. לסיכום, רצף מטגנומי עומד כמכשיר מרכזי לפירוק המורכבות הגנומית של קהילות מיקרוביאליות מגוונות, מה שמאיר את היחסים הרב -פנים בין גנטיקה לאקולוגיה במערכות אקולוגיות מורכבות אלה.
פלטפורמות: Illumina NovaseQ ו- DNBSeq-T7
יתרונות שירות
●שיטה בידוד ונטול טיפוח לפרופיל קהילה מיקרוביאלית: הפעלת רצף של חומר גנטי מאורגניזמים בלתי מתועבים.
●רזולוציה גבוהה: לזהות מינים בעלי שפע נמוך בדגימות סביבתיות.
●ניתוח ביואינפורמטיקה מקיף:התמקד לא רק במגוון הטקסונומי אלא גם במגוון התפקודי של הקהילה.
●ניסיון רב:עם רקורד של סגירת פרויקטים של Metagenomics מרובים בתחומי מחקר שונים ועיבוד למעלה מ -200,000 דוגמאות, הצוות שלנו מביא שפע של ניסיון לכל פרויקט.
מפרטי שירות
| פלטפורמת רצף | אסטרטגיית רצף | נתונים מומלצים | בקרת איכות |
| Illumina NovaseQ או DNBSeq-T7 | PE150 | 6-20GB | Q30≥85% |
דרישות שירות
| ריכוז (ng/μl) | הסכום הכולל (ng) | נפח (μl) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● אדמה/בוצה: 2-3 גרם
● תוכן מעיים-חיה: 0.5-2G
● תכולת מעיים-חוץ: 0.1-0.25 גרם
● משטח צמח (משקעים מועשרים): 0.5-1G
● מרק תסיסה משקעים מועשרים): 0.2-0.5 גרם
● צואה (בעלי חיים גדולים): 0.5-2G
● צואה (עכבר): 3-5 גרסאות
● נוזל שטיפה אלוואולרית ריאתית: נייר פילטר
● ספוגית הנרתיק: 5-6 ספוגיות
● ספוגית עור/איברי המין/רוק/רקמות רכות אוראליות/ספוגית לועית/ספוגית פי הטבעת: 2-3 ספוגיות
● מיקרואורגניזם פני השטח: 5-6 ספוגיות
● גוף מים/אוויר/ביופילם: נייר פילטר
● אנדופיטים: 2-3 גרם
● לוח שיניים: 0.5-1G
זרימת עבודות שירות
משלוח לדוגמא
בניית ספרייה
רצף
ניתוח נתונים
שירותים לאחר מכירה
כולל את הניתוח הבא:
● רצף בקרת איכות נתונים
● הרכבה מטגנומית וחיזוי גנים
● ביאור גנים
● ניתוח גיוון אלפא טקסונומי
● ניתוח פונקציונלי של הקהילה: תפקוד ביולוגי, עמידות מטבולית, אנטיביוטית
● ניתוח על גיוון פונקציונלי וטקסונומי כאחד:
ניתוח גיוון בטא
ניתוח בין קבוצות
ניתוח מתאם: בין גורמים סביבתיים לבין הרכב החוצה ומגוון
ניתוח פונקציונלי: עמידות לאנטיביוטיקה בכרטיס
ניתוח דיפרנציאלי של מסלולי חילוף חומרים של KEGG: מפת חום של מסלולים משמעותיים
מגוון אלפא של חלוקה טקסונומית: מדד ACE
מגוון בטא של חלוקה טקסונומית: PCOA
חקור את ההתקדמות המאפשרת שירותי רצף מטגנום של BMKGENE עם אילומינה באמצעות אוסף פרסומים אוצר.
Hai, Q. et al. (2023) 'ניתוח מטגנומי ומטבולומי של שינויים בתכולת המעי של פורל הקשת (Oncorhynchus mykiss) הנגועים בנגיף נמק המטופואיטי זיהומי בטמפרטורות מים שונות בתרבית', ',גבולות במיקרוביולוגיה, 14, עמ '. 1275649. Doi: 10.3389/fmicb.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) 'קהילות מיקרוביאליות, גני התנגדות וסיכונים מתנגדים באגמים עירוניים של מצבים טרופיים שונים: קישורים פנימיים והשפעות חיצוניות',כתב העת של התקדמות חומרים מסוכנים, 9, עמ '. 100233. doi: 10.1016/j.hazadv.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) 'ניתוח מטגנומי חשף הבדלים בהרכב ובתפקוד בין מיקרואורגניזמים הקשורים לנוזל ומוצק של רום כבשים',גבולות במיקרוביולוגיה, 13, עמ '. 851567. Doi: 10.3389/fmicb.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) 'שמנת נינגקסיאנג שמנה הנגזרת ממיקרוביוטה חוזרת על חילוף החומרים הקרניטין כדי לקדם את התצהיר של חומצת שומן בשרירים אצל חזירים רזים',החידוש, 4 (5), עמ '. 100486. Doi: 10.1016/j.xinn.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) 'תובנות מטגנומיות לגבי הסיכונים הפוטנציאליים של ביו/פסולת ביו/לא מתכלה ופסולת לא פלסטית בהגעה העליונה והתחתונה של שפך האיה, סין',מדע הסביבה הכוללת, 887, עמ '. 164026. Doi: 10.1016/j.scitotenv.2023.164026.
