BMKCloud Log in
条形באנר-03

מוצרים

רצף מטאנומי -NGS

מטאנום מתייחס לאוסף של חומר גנטי כולל של קהילה מעורבת של אורגניזמים, כגון מטאנום סביבתי, מטאנום אנושי וכו'. הוא מכיל גנומים של מיקרואורגניזמים ניתנים לטיפוח ולא ניתנים לטיפוח כאחד.רצף מטאנומי הוא כלי מולקולרי המשמש לניתוח החומרים הגנומיים המעורבים המופקים מדגימות סביבתיות, המספק מידע מפורט על מגוון המינים ושכיחותם, מבנה האוכלוסייה, קשר פילוגנטי, גנים פונקציונליים ורשת מתאם עם גורמים סביבתיים.

פּלַטפוֹרמָה:פלטפורמת Illumina NovaSeq


פרטי שירות

תוצאות הדגמה

מקרה בוחן

יתרונות השירות

● בידוד וללא טיפוח עבור פרופיל קהילתי מיקרוביאלי

● רזולוציה גבוהה באיתור מינים בשפע נמוך בדגימות סביבתיות

● הרעיון של "מטא-" משלב את כל המאפיינים הביולוגיים ברמה התפקודית, ברמת המין וברמת הגן, מה שמשקף השקפה דינמית הקרובה יותר למציאות.

● BMK צוברת ניסיון עצום בסוגי דגימות מגוונים עם למעלה מ-10,000 דגימות מעובדות.

מפרט שירות

 פּלַטפוֹרמָה

רצף

נתונים מומלצים

זמן אספקה

פלטפורמת Illumina NovaSeq

PE150

6 G/10 G/20 G

45 ימי עבודה

ניתוח ביואינפורמטיקה

● בקרת איכות נתונים גולמיים

● הרכבת מטאנום

● ערכת גנים לא מיותרת וביאור

● ניתוח מגוון המינים

● ניתוח גיוון תפקוד גנטי

● ניתוח בין קבוצות

● ניתוח אסוציאציות מול גורמים ניסויים

liuchengtu11

דרישות לדוגמא ומשלוח

דרישות לדוגמה:

לתמציות DNA:

סוג דגימה

כמות

ריכוז

טוֹהַר

תמציות DNA

> 30 ננוגרם

> 1 ng/μl

OD260/280= 1.6-2.5

לדגימות סביבתיות:

סוג דגימה

הליך דגימה מומלץ

אדמה

כמות דגימה: כ.5 גרם;חומר קמל שנותר צריך להסיר מעל פני השטח;טוחנים חתיכות גדולות ומעבירים דרך מסנן 2 מ"מ;מנות דגימות בצינור EP סטרילי או cyrotube להזמנה.

צוֹאָה

כמות דגימה: כ.5 גרם;אסוף וחלק דגימות בצינור EP סטרילי או cryotube להזמנה.

תוכן מעיים

יש לעבד דגימות במצב אספטי.לשטוף רקמות שנאספו עם PBS;צנטריפוגה את PBS ואסוף את המשקע בצינורות EP.

רֶפֶשׁ

כמות דגימה: כ.5 גרם;לאסוף ולחלק דגימת בוצה בצינור EP סטרילי או cryotube להזמנה

גוף מים

עבור דגימה עם כמות מוגבלת של חיידקים, כגון מי ברז, מי באר וכו', אסוף לפחות 1 ליטר מים ועבור דרך מסנן 0.22 מיקרומטר כדי להעשיר את החיידק על הממברנה.אחסן את הממברנה בצינור סטרילי.

עור

גרד בזהירות את משטח העור עם מקלון צמר גפן סטרילי או להב כירורגי והנח אותו בצינור סטרילי.

משלוח לדוגמא מומלץ

הקפיאו את הדגימות בחנקן נוזלי למשך 3-4 שעות ואחסנו בחנקן נוזלי או -80 מעלות לשמירה לטווח ארוך.נדרש משלוח לדוגמא עם קרח יבש.

זרימת עבודה בשירות

משלוח לדוגמא

משלוח לדוגמא

הכנת ספרייה

בניית ספרייה

רצף

רצף

ניתוח נתונים

ניתוח נתונים

שירותים לאחר מכירה

שירותים לאחר המכירה


  • קודם:
  • הַבָּא:

  • 1. היסטוגרמה: התפלגות מינים

    3

    2. גנים פונקציונליים המובאים למסלולים מטבוליים של KEGG

    4

    3. מפת חום: פונקציות דיפרנציאליות המבוססות על שפע גנים יחסי54. Circos של גנים עמידות לאנטיביוטיקה CARD

    6

    תיק BMK

    שכיחות של גנים עמידות לאנטיביוטיקה ופתוגנים חיידקיים לאורך רצף שורש קרקע-מנגרוב

    יצא לאור:כתב עת לחומרים מסוכנים, 2021

    אסטרטגיית רצף:

    חומרים: תמציות DNA של ארבעה שברי דגימות הקשורות לשורש המנגרוב: אדמה לא נטועה, תאים שורשיים, אפיספרה ואנדוספירה
    פלטפורמה: Illumina HiSeq 2500
    מטרות: מטאנום
    אזור גן rRNA 16S V3-V4

    תוצאות מפתח

    ריצוף מטאנומי ופרופיל מטא-ברקוד על רצף קרקע-שורש של שתילי מנגרובים עובדו על מנת לחקור את הפצת גנים של עמידות לאנטיביוטיקה (ARG) מהאדמה לצמחים.נתונים מטאנומיים גילו כי 91.4% מהגנים העמידות לאנטיביוטיקה זוהו בדרך כלל בכל ארבעת תאי הקרקע שהוזכרו לעיל, אשר הראו אופנה מתמשכת.רצף אמפליקון rRNA של 16S יצר 29,285 רצפים, המייצגים 346 מינים.בשילוב עם פרופיל מינים על ידי רצף אמפליקונים, התפשטות זו נמצאה בלתי תלויה במיקרוביוטה הקשורה לשורש, אולם ניתן להקל עליה באמצעות נייד של אלמנטים גנטיים.מחקר זה זיהה את הזרימה של ARGs ופתוגנים מהאדמה אל הצמחים דרך רצף קרקע-שורש מחובר זה לזה.

    התייחסות

    Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W., & Shu, L..(2020).שכיחות של גנים עמידות לאנטיביוטיקה ופתוגנים חיידקיים לאורך רצף שורש הקרקע-מנגרובים.כתב עת לחומרים מסוכנים, 408, 124985.

    קבל ציטוט

    כתבו כאן את הודעתכם ושלחו אותה אלינו

    שלח את הודעתך אלינו: