10x Genomics Visium Transcriptoma espacial
Esquema técnico
Características
● Resolución: 100 µM
● Diámetro del punto: 55 µM
● Número de plazas: 4992
● Área de captura: 6,5 x 6,5 mm
● Cada punto con código de barras está cargado con cebadores compuestos por 4 secciones:
- cola de poli(dT) para el cebado del ARNm y la síntesis de ADNc
- Identificador molecular único (UMI) para corregir el sesgo de amplificación
- Código de barras espacial
- Secuencia de unión del cebador de secuenciación de lectura parcial 1
● Tinción H&E de secciones
Ventajas
●Servicio integral:integra todos los pasos basados en experiencia y habilidades, incluidos el criosección, la tinción, la optimización de tejidos, el código de barras espacial, la preparación de bibliotecas, la secuenciación y la bioinformática.
● Equipo técnico altamente calificado:con experiencia en más de 250 tipos de tejidos y más de 100 especies, incluidos humanos, ratones, mamíferos, peces y plantas.
●Actualización en tiempo real de todo el proyecto:con control total del progreso experimental.
●Bioinformática estándar integral:El paquete incluye 29 análisis y más de 100 figuras de alta calidad.
●Análisis y visualización de datos personalizados:disponible para diferentes solicitudes de investigación.
●Análisis conjunto opcional con secuenciación de ARNm de células individuales
Presupuesto
| Requisitos de muestra | Biblioteca | Estrategia de secuenciación | Datos recomendados | Control de calidad |
| Muestras criogénicas integradas en OCT (Diámetro óptimo: aprox. 6x6x6 mm³) 2 bloques por muestra | Biblioteca de ADNc de Visium 10X | Illumina PE150 | 50 000 lecturas de PE por anuncio ( 60 GB ) | RIN > 7 |
Para obtener más detalles sobre la guía de preparación de muestras y el flujo de trabajo del servicio, no dude en hablar con unExperto en BMKGENE
Flujo de trabajo del servicio
En la fase de preparación de la muestra, se realiza una prueba inicial de extracción de ARN masivo para garantizar la obtención de ARN de alta calidad. En la etapa de optimización del tejido, se tiñen y visualizan las secciones, y se optimizan las condiciones de permeabilización para la liberación del ARNm del tejido. El protocolo optimizado se aplica posteriormente durante la construcción de la biblioteca, seguida de la secuenciación y el análisis de datos.
El flujo de trabajo completo del servicio implica actualizaciones en tiempo real y confirmaciones del cliente para mantener un ciclo de retroalimentación receptivo, garantizando una ejecución sin problemas del proyecto.
Incluye el siguiente análisis:
Control de calidad de datos:
o Salida de datos y distribución del puntaje de calidad
o Detección de genes por punto
o Cobertura de tejido
Análisis de muestra interna:
o Riqueza genética
o Agrupamiento de puntos, incluido el análisis de dimensión reducida
o Análisis de expresión diferencial entre clústeres: identificación de genes marcadores
o Anotación funcional y enriquecimiento de genes marcadores
Análisis intergrupal
o Recombinación de puntos de ambas muestras (por ejemplo, enferma y de control) y reagrupamiento
o Identificación de genes marcadores para cada grupo
o Anotación funcional y enriquecimiento de genes marcadores
o Expresión diferencial del mismo cluster entre grupos
Análisis de la muestra interna
Agrupamiento de puntos
Identificación y distribución espacial de genes marcadores
Análisis intergrupal
Combinación de datos de ambos grupos y reagrupación
Genes marcadores de nuevos grupos
Explore los avances facilitados por el servicio de transcriptómica espacial de BMKGene por 10X Visium en estas publicaciones destacadas:
Chen, D. et al. (2023) 'mthl1, un homólogo potencial de Drosophila de GPCR de adhesión de mamíferos, está involucrado en reacciones antitumorales a células oncogénicas inyectadas en moscas',Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América, 120(30), pág. e2303462120. doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. et al. (2023) 'STEEL permite la delimitación de alta resolución de datos transcriptómicos espaciotemporales',Sesiones informativas sobre bioinformática, 24(2), págs. 1–10. doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. et al. (2022) 'Un atlas espaciotemporal de organogénesis en el desarrollo de flores de orquídeas',Investigación de ácidos nucleicos, 50(17), págs. 9724–9737. doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. et al. (2023) 'La integración de la transcriptómica espacial y la secuenciación de ARN de un solo núcleo revela las posibles estrategias terapéuticas para el leiomioma uterino',Revista Internacional de Ciencias Biológicas, 19(8), págs. 2515-2530. doi: 10.7150/IJBS.83510.
