T2T ଜେନୋମ୍ ଆସେମ୍ବଲି, ଗ୍ୟାପ୍ ମାଗଣା ଜେନୋମ୍ |
1stଦୁଇଟି ଚାଉଳ ଜେନୋମ |1
ଆଖ୍ୟା: ଜିଆନ୍ / ଇଣ୍ଡିକା ଚାଉଳ ପାଇଁ ଦୁଇଟି ଗ୍ୟାପ୍ ମୁକ୍ତ ରେଫରେନ୍ସ ଜେନୋମର ବିଧାନସଭା ଏବଂ ବ id ଧତା ଉଦ୍ଭିଦ ସେଣ୍ଟ୍ରୋମେର ସ୍ଥାପତ୍ୟରେ ଅନ୍ତର୍ନିହିତ ତଥ୍ୟ ପ୍ରକାଶ କରେ |
ଦୋଇ:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
ପୋଷ୍ଟ ହୋଇଥିବା ସମୟ: ଜାନୁୟାରୀ 01, 2021 |
ଅନୁଷ୍ଠାନ: ହୁଆଜୋଙ୍ଗ କୃଷି ବିଶ୍ୱବିଦ୍ୟାଳୟ, ଚୀନ୍ |
ସାମଗ୍ରୀ
O. sativa xian / indica |ଚାଉଳ କିସମ 'ଜେନଶାନ 97 (ZS97)' ଏବଂ 'ମିଙ୍ଗୁଇ 63 (MH63)
ସିକ୍ୱେନ୍ସିଂ ରଣନୀତି |
NGS ପ + ଼େ + ହାଇଫି ପ + ଼େ + CLR ପ + ଼େ + ବାୟୋନାନୋ + ହାଇ-ସି |
ତଥ୍ୟ:
ZS97: 8.34 Gb （~ 23x） HiFi ପ + ଼ିଛି + 48.39 Gb (~ 131x) CLR ପ + ଼ିଛି + 25 Gb (~ 69x) NGS + 2 BioNano Irys କୋଷଗୁଡ଼ିକ |
MH63: 37.88 Gb (~ 103x) HiFi ପ + ଼ିଛି + 48.97 Gb (~ 132x) CLR ପ + ଼ିଛି + 28 Gb (~ 76x) NGS + 2 BioNano Irys କୋଷଗୁଡ଼ିକ |
ଚିତ୍ର 1 ଚାଉଳର ଦୁଇଟି ଫାଙ୍କମୁକ୍ତ ଜିନୋମ (MH63 ଏବଂ ZS97)
2ndବାନା ଜେନୋମ |2
ଆଖ୍ୟା: ନାନୋପୋର କ୍ରମ ବ୍ୟବହାର କରି କଦଳୀ ଟେଲୋମେର-ଟୁ-ଟେଲୋମେର ଫାଙ୍କବିହୀନ କ୍ରୋମୋଜୋମ |
ଦୋଇ:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
ପୋଷ୍ଟ ହୋଇଥିବା ସମୟ: ଏପ୍ରିଲ 17, 2021 |
ଅନୁଷ୍ଠାନ: ୟୁନିଭର୍ସିଟି ପ୍ୟାରିସ୍-ସାକଲେ, ଫ୍ରାନ୍ସ |
ସାମଗ୍ରୀ
ଡବଲ୍ ହାପ୍ଲଏଡ୍ |ମୁସା ଆକ୍ୟୁମିନିଟା |sppମାଲାକେନ୍ସିସ୍ |(DH-Pahang)
କ୍ରମର ରଣନୀତି ଏବଂ ତଥ୍ୟ:
HiSeq2500 PE250 ମୋଡ୍ + MinION / PromethION (93Gb, ~ 200X) + ଅପ୍ଟିକାଲ୍ ମାନଚିତ୍ର (DLE-1 + BspQ1)
ଟେବୁଲ୍ 1 ମୁସା ଆକ୍ୟୁମିନିଟା (DH-Pahang) ଜିନୋମ ଆସେମ୍ବଲିଗୁଡ଼ିକର ତୁଳନା |
ଚିତ୍ର 2 ମୁସା ଜେନୋମ ସ୍ଥାପତ୍ୟ ତୁଳନା |
3rdPhaeodactylum tricornutum ଜେନୋମ |3
ଆଖ୍ୟା: ଟେଲୋମେର-ଟୁ-ଟେଲୋମେର ଜିନୋମ ଆସେମ୍ବଲି |P
haeodactylum tricornutum |
ଦୋଇ:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
ପୋଷ୍ଟ ହୋଇଥିବା ସମୟ: ମଇ 04, 2021 |
ଅନୁଷ୍ଠାନ: ୱେଷ୍ଟର୍ଣ୍ଣ ୟୁନିଭରସିଟି, କାନାଡା |
ସାମଗ୍ରୀ
Phaeodactylum tricornutum |(ଆଲଗା ଏବଂ ପ୍ରୋଟୋଜୋଆର ସଂସ୍କୃତି ସଂଗ୍ରହ CCAP 1055/1)
କ୍ରମର ରଣନୀତି ଏବଂ ତଥ୍ୟ:
1 ଅକ୍ସଫୋର୍ଡ ନାନୋପୋର ମିନିଅନ୍ ଫ୍ଲୋ ସେଲ୍ + ଏକ 2 × 75 ଯୋଡି-ଏଣ୍ଡ୍ ମିଡ୍ ଆଉଟପୁଟ୍ NextSeq 550 ରନ୍ |
ଚିତ୍ର 3 ଟେଲୋମେର-ଟୁ-ଟେଲୋମେର ଜିନୋମ ଆସେମ୍ବଲି ପାଇଁ ୱାର୍କଫ୍ଲୋ |
4thମାନବ CHM13 ଜିନୋମ |4
ଆଖ୍ୟା: ଏକ ମାନବ ଜିନୋମର ସମ୍ପୂର୍ଣ୍ଣ କ୍ରମ |
ଦୋଇ:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
ପୋଷ୍ଟ ହୋଇଥିବା ସମୟ: ମଇ 27, 2021 |
ଇନଷ୍ଟିଚ୍ୟୁଟ୍: ନ୍ୟାସନାଲ୍ ଇନଷ୍ଟିଚ୍ୟୁଟ୍ସ୍ ଅଫ୍ ହେଲଥ୍ (NIH), ଯୁକ୍ତରାଷ୍ଟ୍ର
ସାମଗ୍ରୀ: ସେଲ୍ ଲାଇନ୍ CHM13 |
କ୍ରମର ରଣନୀତି ଏବଂ ତଥ୍ୟ:
30 × ପ୍ୟାକ୍ବିଓ ସର୍କୁଲାର ସହମତି କ୍ରମ (HiFi), 120 × ଅକ୍ସଫୋର୍ଡ ନାନୋପୋର ଅଲ୍ଟ୍ରା ଲଙ୍ଗ ପ read ଼ିବା କ୍ରମ, 100 × ଇଲୁମିନା PCR- ମାଗଣା ସିକ୍ୱେନ୍ସିଂ (ILMN), 70 × ଇଲୁମିନା / ଆରିମା ଜେନୋମିକ୍ସ ହାଇ-ସି (ହାଇ-ସି), ବାୟୋନାନୋ ଅପ୍ଟିକାଲ ମାନଚିତ୍ର, ଏବଂ Strand-seq
ଟେବୁଲ୍ 2 GRCh38 ଏବଂ T2T-CHM13 ମାନବ ଜିନୋମ ଆସେମ୍ବଲିଗୁଡ଼ିକର ତୁଳନା |
ସନ୍ଦର୍ଭ
1. ସର୍ଜେ ନୁର୍କ ଏବଂ ଅନ୍ୟମାନେ |ଏକ ମାନବ ଜିନୋମର ସମ୍ପୂର୍ଣ୍ଣ କ୍ରମ |bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2. କାରୋଲିନ୍ ବେଲ୍ସର୍ ଏବଂ ଅନ୍ୟମାନେ |ନାନୋପୋର ସିକ୍ୱେନ୍ସିଙ୍ଗ ବ୍ୟବହାର କରି କଦଳୀ ଟେଲୋମେର-ଟୁ-ଟେଲୋମେର ଫାଙ୍କବିହୀନ କ୍ରୋମୋଜୋମ |bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3. ଡାନିଏଲ୍ ଜେ ଗିଗୁଏର୍ ଏବଂ ଅନ୍ୟମାନେ |ଫେଓଡାକ୍ଟାଇଲମ୍ ଟ୍ରାଇକୋର୍ନଟମ୍ ର ଟେଲୋମେର-ଟୁ-ଟେଲୋମେର ଜିନୋମ ଆସେମ୍ବଲି |bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4. ଜିଆ-ମିଙ୍ଗ୍ ଗୀତ ଇତ୍ୟାଦି |ଜିଆନ୍ / ଇଣ୍ଡିକା ଚାଉଳ ପାଇଁ ଦୁଇଟି ଗ୍ୟାପ୍ ମୁକ୍ତ ରେଫରେନ୍ସ ଜେନୋମର ବିଧାନସଭା ଏବଂ ବ id ଧତା ଉଦ୍ଭିଦ ସେଣ୍ଟ୍ରୋମେର ସ୍ଥାପତ୍ୟରେ ଅନ୍ତର୍ନିହିତ ତଥ୍ୟ ପ୍ରକାଶ କରେ |bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
ପୋଷ୍ଟ ସମୟ: ଜାନୁଆରୀ -06-2022 |