T2T GENOM BİRLİĞİ, BOŞLUKSUZ GENOM
1stİki Pirinç Genomu1
Başlık: Xian/indica Pirinci için İki Boşluksuz Referans Genomunun Birleştirilmesi ve Doğrulanması, Bitki Sentromer Mimarisine Dair İçgörüleri Ortaya Çıkarıyor
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Yayınlanma Zamanı: 01 Ocak 2021.
Enstitü: Huazhong Ziraat Üniversitesi, Çin
Malzemeler
O. sativa xian/indicapirinç çeşitleri 'Zhenshan 97 (ZS97)' ve 'Minghui 63 (MH63)
Sıralama stratejisi
NGS okur + HiFi okur + CLR okur + BioNano + Hi-C
Veri:
ZS97: 8,34 Gb（~23x）HiFi okuma + 48,39 Gb (~131x) CLR okuma + 25 Gb(~69x) NGS + 2 BioNano Irys hücresi
MH63: 37,88 Gb (~103x) HiFi okuma + 48,97 Gb (~132x) CLR okuma + 28 Gb(~76x) NGS + 2 BioNano Irys hücresi
Şekil 1 Pirincin iki boşluksuz genomu (MH63 ve ZS97)
2ndMuz Genomu2
Başlık: Nanogözenek dizilimi kullanılarak muzun telomerden telomere boşluksuz kromozomları
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Yayınlanma Zamanı: 17 Nisan 2021.
Enstitü: Université Paris-Saclay, Fransa
Malzemeler
Çift haploitMusa aküminatatürlermalaksensis(DH-Pahang)
Strateji ve verileri sıralama:
HiSeq2500 PE250 modu + MinION/ PromethION (93Gb,~200X)+ Optik harita (DLE-1+BspQ1)
Tablo 1 Musa acuminata (DH-Pahang) genom düzeneklerinin karşılaştırılması
Şekil 2 Musa genomlarının mimari karşılaştırması
3rdPhaeodactylum tricornutum genomu3
Başlık: Telomerden telomere genom birleşimiP
haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Yayınlanma Zamanı: 04 Mayıs 2021
Enstitü: Western Üniversitesi, Kanada
Malzemeler
Phaeodactylum tricornutum(Yosun ve Protozoa Kültür Koleksiyonu CCAP 1055/1)
Strateji ve verileri sıralama:
1 Oxford Nanopore minION akış hücresi + 2×75 çift uçlu orta çıkışlı NextSeq 550 çalışması
Şekil 3 Telomerden telomere genom birleşimi için iş akışı
4thİnsan CHM13 genomu4
Başlık: Bir insan genomunun tam dizisi
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Yayınlanma Zamanı: 27 Mayıs 2021
Enstitü: Ulusal Sağlık Enstitüleri (NIH), ABD
Malzemeler: CHM13 hücre dizisi
Strateji ve verileri sıralama:
30× PacBio dairesel konsensüs dizileme (HiFi), 120× Oxford Nanopore ultra uzun okuma dizileme, 100× Illumina PCR-Free dizileme (ILMN), 70× Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), BioNano optik haritalar, ve Strand-seq
Tablo 2 GRCh38 ve T2T-CHM13 insan genom düzeneklerinin karşılaştırılması
Referans
1.Sergey Nurk ve ark.Bir insan genomunun tam dizisi.bioRxiv 2021.05.26.445798;yap:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Caroline Belser ve ark.Nano gözenek dizilimi kullanılarak telomerden telomere boşluksuz muz kromozomları.bioRxiv 2021.04.16.440017;yap:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere ve diğerleri.Phaeodactylum tricornutum'un telomerden telomere genom birleşimi.bioRxiv 2021.05.04.442596;yap:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-Ming Song ve diğerleri.Xian/indica Pirinci için İki Boşluksuz Referans Genomunun Birleştirilmesi ve Doğrulanması, Bitki Sentromer Mimarisine Dair İçgörüleri Ortaya Çıkarıyor.bioRxiv 2020.12.24.424073;yap:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Gönderim zamanı: Ocak-06-2022