T2T GENOM ASSEMBLY, GAP MUGT GENOME
1stIki tüwi genomy1
Ady: Sian / indica Tüwi üçin iki sany boş boş salgylanma genomyny ýygnamak we tassyklamak Tüwi ösümlik merkeziniň arhitekturasyndaky düşünjeleri açýar
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Iberilen wagt: 2021-nji ýylyň 1-nji ýanwary.
Institut: Huazhong oba hojalyk uniwersiteti, Hytaý
Materiallar
O. sativa xian / indicatüwi görnüşleri 'Zhenshan 97 (ZS97)' we 'Minghui 63 (MH63)
Yzygiderlilik strategiýasy
NGS okaýar + HiFi okaýar + CLR okaýar + BioNano + Salam-C
Maglumat:
ZS97: 8.34 Gb （~ 23x） HiFi okaýar + 48.39 Gb (~ 131x) CLR okaýar + 25 Gb (~ 69x) NGS + 2 BioNano Irys öýjükleri
MH63: 37.88 Gb (~ 103x) HiFi okaýar + 48.97 Gb (~ 132x) CLR okaýar + 28 Gb (~ 76x) NGS + 2 BioNano Irys öýjükleri
Surat 1 Tüwiniň iki boşluksyz genomy (MH63 we ZS97)
2ndBanan genomy2
Ady: Nanopore yzygiderliligini ulanyp, banananyň telomere-telomere boşlukly hromosomlary
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Iberilen wagt: 2021-nji ýylyň 17-nji apreli.
Institut: Pari Paris-Saklaý uniwersiteti, Fransiýa
Materiallar
Iki gezek gaploidMusa akuminatasppmalakensis(DH-Pahang)
Yzygiderlilik strategiýasy we maglumatlar:
HiSeq2500 PE250 re + imi + MinION / PromethION (93Gb, ~ 200X) + Optiki karta (DLE-1 + BspQ1)
1-nji tablisa Musa acuminata (DH-Pahang) gen ýygnanyşyklaryny deňeşdirmek
2-nji surat Musa genomlarynyň arhitektura deňeşdirmesi
3rdPhaeodactylum tricornutum genomy3
Ady: Telomere-telomere genom ýygnagyP
haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Iberilen wagt: 2021-nji ýylyň 4-nji maýy
Institut: Günbatar uniwersiteti, Kanada
Materiallar
Phaeodactylum tricornutum(Alga we Protozoa CCAP 1055/1 medeni ýygyndysy)
Yzygiderlilik strategiýasy we maglumatlar:
1 Oksford Nanopore minION akym öýjügi + 2 × 75 jübüt orta çykaryjy NextSeq 550 işleýär
3-nji surat Telomere-telomere genom ýygnamak üçin iş tertibi
4thAdam CHM13 genomy4
Ady: Adamyň genomynyň doly yzygiderliligi
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Iberilen wagt: 2021-nji ýylyň 27-nji maýy
Institut: Milli saglyk institutlary (NIH), ABŞ
Materiallar: CHM13 öýjük çyzygy
Yzygiderlilik strategiýasy we maglumatlar:
30 × PacBio tegelek ylalaşyk yzygiderliligi (HiFi), 120 × Oksford Nanopore ultra uzyn okalýan yzygiderlilik, 100 × Illumina PCR-erkin yzygiderlilik (ILMN), 70 × Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), BioNano optiki kartalar, we Strand-seq
2-nji tablisa GRCh38 we T2T-CHM13 adam genleriniň ýygnanyşyklaryny deňeşdirmek
Salgylanma
1.Sergi Nurk we başgalar.Adamyň genomynyň doly yzygiderliligi.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2. Karolin Belser we ş.m.Nanopore yzygiderliligini ulanyp, banananyň telomere-telomere boşluksyz hromosomlary.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere we başgalar.“Phaeodactylum tricornutum” -yň telomere-telomere genom ýygnagy.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-Ming aýdymy we ş.m.Sian / indica Tüwi üçin iki sany boş boş salgylanma genomyny ýygnamak we tassyklamak Tüwi ösümlik merkeziniň arhitekturasyndaky düşünjeleri açýar.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Iş wagty: -anwar-06-2022