T2T ಜಿನೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ, ಗ್ಯಾಪ್ ಫ್ರೀ ಜಿನೋಮ್
1stಎರಡು ಅಕ್ಕಿ ಜೀನೋಮ್‌ಗಳು1
ಶೀರ್ಷಿಕೆ: ಕ್ಸಿಯಾನ್/ಇಂಡಿಕಾ ರೈಸ್‌ಗಾಗಿ ಎರಡು ಗ್ಯಾಪ್-ಫ್ರೀ ರೆಫರೆನ್ಸ್ ಜೀನೋಮ್‌ಗಳ ಜೋಡಣೆ ಮತ್ತು ಮೌಲ್ಯೀಕರಣವು ಸಸ್ಯ ಸೆಂಟ್ರೊಮೀರ್ ಆರ್ಕಿಟೆಕ್ಚರ್‌ನ ಒಳನೋಟಗಳನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸುತ್ತದೆ
ನಾನ:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
ಪೋಸ್ಟ್ ಮಾಡಿದ ಸಮಯ: ಜನವರಿ 01, 2021.
ಸಂಸ್ಥೆ: ಹುವಾಜಾಂಗ್ ಕೃಷಿ ವಿಶ್ವವಿದ್ಯಾಲಯ, ಚೀನಾ
ಮೆಟೀರಿಯಲ್ಸ್
O. ಸಟಿವಾ ಕ್ಸಿಯಾನ್/ಇಂಡಿಕಾಅಕ್ಕಿ ತಳಿಗಳು 'ಝೆನ್ಶನ್ 97 (ZS97)' ಮತ್ತು 'ಮಿಂಗುಯಿ 63 (MH63)
ಅನುಕ್ರಮ ತಂತ್ರ
NGS ಓದುತ್ತದೆ + HiFi ಓದುತ್ತದೆ + CLR ಓದುತ್ತದೆ + BioNano + ಹೈ-ಸಿ
ಡೇಟಾ:
ZS97: 8.34 Gb（~23x）HiFi ಓದುತ್ತದೆ + 48.39 Gb (~131x ) CLR ಓದುತ್ತದೆ + 25 Gb (~ 69x) NGS + 2 BioNano Irys ಜೀವಕೋಶಗಳು
MH63: 37.88 Gb (~103x) HiFi ಓದುತ್ತದೆ + 48.97 Gb (~132x) CLR ಓದುತ್ತದೆ + 28 Gb (~76x) NGS + 2 BioNano Irys ಸೆಲ್‌ಗಳು
ಚಿತ್ರ 1 ಅಕ್ಕಿಯ ಎರಡು ಅಂತರ-ಮುಕ್ತ ಜೀನೋಮ್‌ಗಳು (MH63 ಮತ್ತು ZS97)
2ndಬಾಳೆ ಜಿನೋಮ್2
ಶೀರ್ಷಿಕೆ: ನ್ಯಾನೊಪೋರ್ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಬಾಳೆಹಣ್ಣಿನ ಟೆಲೋಮಿಯರ್-ಟು-ಟೆಲೋಮಿಯರ್ ಅಂತರವಿಲ್ಲದ ವರ್ಣತಂತುಗಳು
ನಾನ:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
ಪೋಸ್ಟ್ ಮಾಡಿದ ಸಮಯ: ಏಪ್ರಿಲ್ 17, 2021.
ಸಂಸ್ಥೆ: ಯೂನಿವರ್ಸಿಟಿ ಪ್ಯಾರಿಸ್-ಸಕ್ಲೇ, ಫ್ರಾನ್ಸ್
ಮೆಟೀರಿಯಲ್ಸ್
ಡಬಲ್ ಹ್ಯಾಪ್ಲಾಯ್ಡ್ಮೂಸಾ ಅಕ್ಯುಮಿನಾಟಾಎಸ್ಪಿಪಿಮಲಾಸೆನ್ಸಿಸ್(DH-ಪಹಾಂಗ್)
ಅನುಕ್ರಮ ತಂತ್ರ ಮತ್ತು ಡೇಟಾ:
HiSeq2500 PE250 ಮೋಡ್ + MinION/ PromethION (93Gb,~200X )+ ಆಪ್ಟಿಕಲ್ ನಕ್ಷೆ (DLE-1+BspQ1)
ಕೋಷ್ಟಕ 1 ಮೂಸಾ ಅಕ್ಯುಮಿನಾಟಾ (DH-ಪಹಾಂಗ್) ಜೀನೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿಗಳ ಹೋಲಿಕೆ
ಚಿತ್ರ 2 ಮೂಸಾ ಜೀನೋಮ್‌ಗಳ ಆರ್ಕಿಟೆಕ್ಚರ್ ಹೋಲಿಕೆ
3rdಫಿಯೋಡಾಕ್ಟಿಲಮ್ ಟ್ರೈಕಾರ್ನಟಮ್ ಜಿನೋಮ್3
ಶೀರ್ಷಿಕೆ: ಟೆಲೋಮಿಯರ್-ಟು-ಟೆಲೋಮಿಯರ್ ಜೀನೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ ಆಫ್P
ಹೆಯೋಡಾಕ್ಟಿಲಮ್ ಟ್ರೈಕಾರ್ನಟಮ್
ನಾನ:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
ಪೋಸ್ಟ್ ಮಾಡಿದ ಸಮಯ: ಮೇ 04, 2021
ಸಂಸ್ಥೆ: ವೆಸ್ಟರ್ನ್ ಯೂನಿವರ್ಸಿಟಿ, ಕೆನಡಾ
ಮೆಟೀರಿಯಲ್ಸ್
ಫಿಯೋಡಾಕ್ಟಿಲಮ್ ಟ್ರೈಕಾರ್ನಟಮ್(ಕಲ್ಚರ್ ಕಲೆಕ್ಷನ್ ಆಫ್ ಆಲ್ಗೆ ಮತ್ತು ಪ್ರೊಟೊಜೋವಾ CCAP 1055/1)
ಅನುಕ್ರಮ ತಂತ್ರ ಮತ್ತು ಡೇಟಾ:
1 ಆಕ್ಸ್‌ಫರ್ಡ್ ನ್ಯಾನೊಪೋರ್ ಮಿನಿಯಾನ್ ಫ್ಲೋ ಸೆಲ್ + ಎ 2×75 ಜೋಡಿ-ಎಂಡ್ ಮಿಡ್-ಔಟ್‌ಪುಟ್ NextSeq 550 ರನ್
ಚಿತ್ರ 3 ಟೆಲೋಮಿಯರ್-ಟು-ಟೆಲೋಮಿಯರ್ ಜಿನೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿಗಾಗಿ ವರ್ಕ್‌ಫ್ಲೋ
4thಮಾನವ CHM13 ಜೀನೋಮ್4
ಶೀರ್ಷಿಕೆ: ಮಾನವ ಜೀನೋಮ್‌ನ ಸಂಪೂರ್ಣ ಅನುಕ್ರಮ
ನಾನ:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
ಪೋಸ್ಟ್ ಮಾಡಿದ ಸಮಯ: ಮೇ 27, 2021
ಸಂಸ್ಥೆ: ನ್ಯಾಷನಲ್ ಇನ್‌ಸ್ಟಿಟ್ಯೂಟ್ ಆಫ್ ಹೆಲ್ತ್ (NIH), USA
ಮೆಟೀರಿಯಲ್ಸ್: ಸೆಲ್ ಲೈನ್ CHM13
ಅನುಕ್ರಮ ತಂತ್ರ ಮತ್ತು ಡೇಟಾ:
30× PacBio ವೃತ್ತಾಕಾರದ ಒಮ್ಮತದ ಅನುಕ್ರಮ (HiFi) , 120× ಆಕ್ಸ್‌ಫರ್ಡ್ ನ್ಯಾನೊಪೋರ್ ಅಲ್ಟ್ರಾ-ಲಾಂಗ್ ರೀಡ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್, 100× Illumina PCR-ಫ್ರೀ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ (ILMN) , 70× Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), ಬಯೋನಿನೋಸಿ ನಕ್ಷೆಗಳು ಮತ್ತು ಸ್ಟ್ರಾಂಡ್-ಸೆಕ್
ಕೋಷ್ಟಕ 2 GRCh38 ಮತ್ತು T2T-CHM13 ಮಾನವ ಜೀನೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿಗಳ ಹೋಲಿಕೆ
ಉಲ್ಲೇಖ
1.ಸೆರ್ಗೆ ನರ್ಕ್ ಮತ್ತು ಇತರರು.ಮಾನವ ಜೀನೋಮ್‌ನ ಸಂಪೂರ್ಣ ಅನುಕ್ರಮ.bioRxiv 2021.05.26.445798;ನಾನ:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.ಕ್ಯಾರೋಲಿನ್ ಬೆಲ್ಸರ್ ಮತ್ತು ಇತರರು.ನ್ಯಾನೊಪೋರ್ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಬಾಳೆಹಣ್ಣಿನ ಟೆಲೋಮಿಯರ್-ಟು-ಟೆಲೋಮಿಯರ್ ಅಂತರವಿಲ್ಲದ ವರ್ಣತಂತುಗಳು.bioRxiv 2021.04.16.440017;ನಾನ:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.ಡೇನಿಯಲ್ J. ಗಿಗುರೆ ಮತ್ತು ಇತರರು.ಟೆಲೋಮಿಯರ್-ಟು-ಟೆಲೋಮಿಯರ್ ಜೀನೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ ಆಫ್ ಫಿಯೋಡಾಕ್ಟಿಲಮ್ ಟ್ರೈಕಾರ್ನಟಮ್.bioRxiv 2021.05.04.442596;ನಾನ:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.ಜಿಯಾ-ಮಿಂಗ್ ಸಾಂಗ್ ಮತ್ತು ಇತರರು.ಕ್ಸಿಯಾನ್/ಇಂಡಿಕಾ ರೈಸ್‌ಗಾಗಿ ಎರಡು ಗ್ಯಾಪ್-ಫ್ರೀ ರೆಫರೆನ್ಸ್ ಜೀನೋಮ್‌ಗಳ ಜೋಡಣೆ ಮತ್ತು ಮೌಲ್ಯೀಕರಣವು ಸಸ್ಯ ಸೆಂಟ್ರೊಮೀರ್ ಆರ್ಕಿಟೆಕ್ಚರ್‌ನ ಒಳನೋಟಗಳನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸುತ್ತದೆ.bioRxiv 2020.12.24.424073;ನಾನ:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
ಪೋಸ್ಟ್ ಸಮಯ: ಜನವರಿ-06-2022