MONTAŻ GENOMU T2T, GENOM BEZ przerw
1stDwa genomy ryżu1
Tytuł: Składanie i walidacja dwóch pozbawionych przerw genomów referencyjnych dla ryżu Xian/indica ujawnia wgląd w architekturę centromerów roślinnych
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Czas opublikowania: 1 stycznia 2021 r.
Instytut: Uniwersytet Rolniczy Huazhong, Chiny
Materiały
O. sativa xian/indicaodmiany ryżu „Zhenshan 97 (ZS97)” i „Minghui 63 (MH63)
Strategia sekwencjonowania
Odczyt NGS + odczyt HiFi + odczyt CLR + BioNano + Hi-C
Dane:
ZS97: 8,34 Gb (~23x) odczyt HiFi + 48,39 Gb (~131x) odczyt CLR + 25 Gb (~69x) NGS + 2 ogniwa BioNano Irys
MH63: 37,88 Gb (~103x) odczytów HiFi + 48,97 Gb (~132x) odczytów CLR + 28 Gb (~76x) NGS + 2 ogniwa BioNano Irys
Rycina 1 Dwa wolne od luk genomy ryżu (MH63 i ZS97)
2ndGenom bananowy2
Tytuł: Chromosomy bananów bez przerw między telomerami przy użyciu sekwencjonowania nanoporów
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Czas opublikowania: 17 kwietnia 2021 r.
Instytut: Université Paris-Saclay, Francja
Materiały
Podwójny haploidalnyMusa acuminatasppmalaccenza(DH-Pahang)
Strategia i dane sekwencjonowania:
Tryb HiSeq2500 PE250 + MinION/ PromethION (93Gb,~200X)+ Mapa optyczna (DLE-1+BspQ1)
Tabela 1 Porównanie zespołów genomu Musa acuminata (DH-Pahang).
Rysunek 2 Porównanie architektury genomów Musa
3rdGenom Phaeodactylum tricornutum3
Tytuł: Składanie genomu z telomeru na telomerP
haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Czas opublikowania: 4 maja 2021 r
Instytut: Uniwersytet Zachodni, Kanada
Materiały
Phaeodactylum tricornutum(Kolekcja kultur glonów i pierwotniaków CCAP 1055/1)
Strategia i dane sekwencjonowania:
1 komora przepływowa Oxford Nanopore minION + 2×75 parowanych końcówek o średnim wyjściu NextSeq 550
Rysunek 3 Proces składania genomu z telomeru na telomer
4thLudzki genom CHM134
Tytuł: Pełna sekwencja ludzkiego genomu
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Czas opublikowania: 27 maja 2021 r
Instytut: Narodowe Instytuty Zdrowia (NIH), USA
Materiały: linia komórkowa CHM13
Strategia i dane sekwencjonowania:
30× koliste sekwencjonowanie konsensusowe PacBio (HiFi), 120× ultradługie sekwencjonowanie Oxford Nanopore, 100× sekwencjonowanie Illumina PCR-Free (ILMN), 70× Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), mapy optyczne BioNano, i Strand-seq
Tabela 2 Porównanie zespołów ludzkiego genomu GRCh38 i T2T-CHM13
Odniesienie
1.Sergey Nurk i in.Pełna sekwencja ludzkiego genomu.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Caroline Belser i in.Chromosomy banana bez przerw między telomerami a telomerami przy użyciu sekwencjonowania nanoporów.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere i in.Składanie genomu z telomeru na telomer Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-Ming Song i in.Montaż i walidacja dwóch pozbawionych przerw genomów referencyjnych dla ryżu Xian/indica ujawnia wgląd w architekturę centromerów roślinnych.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Czas publikacji: 06 stycznia 2022 r