PERHIMPUNAN GENOME T2T, GENOME BEBAS GAP
1stDua Genom Beras1
Tajuk: Pemasangan dan Pengesahan Dua Genom Rujukan Tanpa Jurang untuk Beras Xian/indica Mendedahkan Cerapan tentang Seni Bina Centromere Tumbuhan
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Masa Disiarkan: 01 Januari 2021.
Institut: Universiti Pertanian Huazhong, China
Bahan
O. sativa xian/indicajenis padi 'Zhenshan 97 (ZS97)' dan 'Minghui 63 (MH63)
Strategi urutan
Bacaan NGS + Bacaan HiFi + Bacaan CLR + BioNano + Hi-C
Data:
ZS97: 8.34 Gb（~23x）Bacaan HiFi + 48.39 Gb (~131x ) Bacaan CLR + 25 Gb(~69x) NGS + 2 sel BioNano Irys
MH63: 37.88 Gb (~103x) Bacaan HiFi + 48.97 Gb (~132x) Bacaan CLR + 28 Gb(~76x) NGS + 2 sel BioNano Irys
Rajah 1 Dua genom beras bebas jurang (MH63 dan ZS97)
2ndGenom Pisang2
Tajuk: Kromosom tanpa celah telomere-ke-telomere pisang menggunakan penjujukan nanopori
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Masa Disiarkan: 17 April 2021.
Institut: Université Paris-Saclay, Perancis
Bahan
haploid bergandaMusa acuminatasppmalaccensis(DH-Pahang)
Strategi dan data penjujukan:
Mod HiSeq2500 PE250 + Minion/ PromethION (93Gb,~200X )+ Peta optik (DLE-1+BspQ1)
Jadual 1 Perbandingan himpunan genom Musa acuminata (DH-Pahang).
Rajah 2 Perbandingan seni bina genom Musa
3rdGenom Phaeodactylum tricornutum3
Tajuk: Himpunan genom telomere-ke-telomere daripadaP
haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Masa Disiarkan: 04 Mei 2021
Institut: Universiti Barat, Kanada
Bahan
Phaeodactylum tricornutum(Koleksi Budaya Alga dan Protozoa CCAP 1055/1)
Strategi dan data penjujukan:
1 sel aliran minion Nanopore Oxford + 2×75 keluaran pertengahan akhir berpasangan NextSeq 550
Rajah 3 Aliran kerja untuk pemasangan genom telomere-ke-telomere
4thGenom CHM13 manusia4
Tajuk: Urutan lengkap genom manusia
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Masa Disiarkan: 27 Mei 2021
Institut: Institut Kesihatan Kebangsaan (NIH), Amerika Syarikat
Bahan: talian sel CHM13
Strategi dan data penjujukan:
30× penjujukan konsensus pekeliling PacBio (HiFi) , 120× penjujukan bacaan ultra-panjang Oxford Nanopore , 100× penjujukan Bebas PCR Illumina (ILMN) , 70× Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), peta optik BioNano, dan Strand-seq
Jadual 2 Perbandingan perhimpunan genom manusia GRCh38 dan T2T-CHM13
Rujukan
1.Sergey Nurk et al.Urutan lengkap genom manusia.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Caroline Belser et al.Telomere-ke-telomere kromosom pisang tanpa celah menggunakan penjujukan nanopori.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al.Himpunan genom telomere-ke-telomere Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-Ming Song et al.Pemasangan dan Pengesahan Dua Genom Rujukan Tanpa Jurang untuk Beras Xian/indica Mendedahkan Cerapan tentang Seni Bina Centromere Tumbuhan.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Masa siaran: Jan-06-2022