T2T GENOMMONTERING, GAP FRI GENOM
1stTo risgenomer1
Titel: Samling og validering af to hulfrie referencegenomer for Xian/indica-ris afslører indsigt i plantecentromere-arkitektur
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Opslået tidspunkt: 1. januar 2021.
Institut: Huazhong Agricultural University, Kina
Materialer
O. sativa xian/indicarissorter 'Zhenshan 97 (ZS97)' og 'Minghui 63 (MH63)
Sekvenseringsstrategi
NGS læser + HiFi læser + CLR læser + BioNano + Hi-C
Data:
ZS97: 8,34 Gb（~23x）HiFi-læser + 48,39 Gb (~131x) CLR-læser + 25 Gb(~69x) NGS + 2 BioNano Irys-celler
MH63: 37,88 Gb (~103x) HiFi-læser + 48,97 Gb (~132x) CLR-læser + 28 Gb(~76x) NGS + 2 BioNano Irys-celler
Figur 1 To gap-fri genomer af ris (MH63 og ZS97)
2ndBanan genom2
Titel: Telomer-til-telomer gabløse kromosomer af banan ved hjælp af nanopore-sekventering
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Opslået tidspunkt: 17. april 2021.
Institut: Université Paris-Saclay, Frankrig
Materialer
Dobbelt haploidMusa acuminatasppmalacensis(DH-Pahang)
Sekventeringsstrategi og data:
HiSeq2500 PE250-tilstand + MinION/ PromethION (93Gb,~200X)+ Optisk kort (DLE-1+BspQ1)
Tabel 1 Sammenligning af Musa acuminata (DH-Pahang) genomsamlinger
Figur 2 Sammenligning af Musa genoms arkitektur
3rdPhaeodactylum tricornutum genom3
Titel: Telomer-til-telomer genom samling afP
haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Opslået tidspunkt: 4. maj 2021
Institut: Western University, Canada
Materialer
Phaeodactylum tricornutum(Kulturindsamling af alger og protozoer CCAP 1055/1)
Sekventeringsstrategi og data:
1 Oxford Nanopore minION flowcelle + en 2×75 parret midt-output NextSeq 550-kørsel
Figur 3 Arbejdsgang for telomer-til-telomer-genomsamling
4thHumant CHM13-genom4
Titel: Den komplette sekvens af et menneskeligt genom
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Opslået tidspunkt: 27. maj 2021
Institut: National Institutes of Health (NIH), USA
Materialer: cellelinje CHM13
Sekventeringsstrategi og data:
30× PacBio cirkulær konsensus-sekventering (HiFi), 120× Oxford Nanopore ultralang læsesekvensering, 100× Illumina PCR-fri sekventering (ILMN), 70× Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), BioNano Genomics Hi-C (Hi-C) og Strand-seq
Tabel 2 Sammenligning af GRCh38 og T2T-CHM13 humane genomsamlinger
Reference
1. Sergey Nurk et al.Den komplette sekvens af et menneskeligt genom.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Caroline Belser et al.Telomer-til-telomer gabløse kromosomer af banan ved hjælp af nanopore-sekventering.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3. Daniel J. Giguere et al.Telomer-til-telomer genomsamling af Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4. Jia-Ming Song et al.Samling og validering af to hulfrie referencegenomer for Xian/indica-ris afslører indsigt i plantecentromere-arkitektur.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Indlægstid: Jan-06-2022