T2T GENOME MECLÎSÊ, GAP BELA GENOME
1stDu Genomên Birinc1
Sernav: Civîn û erêkirina Du Genomên Referansê yên Bê Gap ji bo Xian / Indica Rice Nêrînên li ser Mîmariya Centromere Plant eşkere dike
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Dema şandin: 01 Çile, 2021.
Enstîtuya: Zanîngeha Çandinî ya Huazhong, Çîn
Materials
O. sativa xian/indicacureyên birinc 'Zhenshan 97 (ZS97)' û 'Minghui 63 (MH63)
Stratejiya rêzgirtinê
NGS dixwîne + HiFi dixwîne + CLR dixwîne + BioNano + Hi-C
Jimare:
ZS97: 8,34 Gb (~ 23x) HiFi dixwîne + 48,39 Gb (~ 131x) CLR dixwîne + 25 Gb (~ 69x) NGS + 2 şaneyên BioNano Irys
MH63: 37,88 Gb (~ 103x) HiFi dixwîne + 48,97 Gb (~ 132x) CLR dixwîne + 28 Gb (~ 76x) NGS + 2 şaneyên BioNano Irys
Figure 1 Du genomên birincê yên bê valahî (MH63 û ZS97)
2ndGenoma banana2
Sernav: Kromozomên mûzê yên bê valahiya telomer-to-telomere ku rêzgirtina nanoporê bikar tînin
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Dema şandin: 17ê Avrêl, 2021.
Enstîtuya: Université Paris-Saclay, Fransa
Materials
Double haploidMusa acuminatasppmalaccensis(DH-Pahang)
Stratejiya rêzkirin û daneyan:
Moda HiSeq2500 PE250 + MinION/ PromethION (93Gb,~200X)+ Nexşeya optîkî (DLE-1+BspQ1)
Tablo 1 Berawirdkirina kombûnên genomê yên Musa acuminata (DH-Pahang).
Figure 2 Berhevdana mîmariya genomên Mûsa
3rdGenoma Phaeodactylum tricornutum3
Sernav: Kombûna genomê ya Telomere-to-telomere yaP
haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Dema şandin: 04 Gulan 2021
Enstîtuya: Zanîngeha Rojava, Kanada
Materials
Phaeodactylum tricornutum(Cultural Collection of Algae and Protozoa CCAP 1055/1)
Stratejiya rêzkirin û daneyan:
1 Oxford Nanopore minION herikîna hucreya navîn + 2×75 hev-dawiya navîn-hilberînek NextSeq 550 run
Figure 3 Xebata ji bo kombûna genom a telomere-to-telomere
4thGenoma mirovî CHM134
Sernav: Rêzeya tevahî ya genoma mirovî
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Dema şandin: 27 Gulan 2021
Enstîtuya: Enstîtuya Neteweyî ya Tenduristiyê (NIH), USA
Materyal: Rêza hucreyê CHM13
Stratejiya rêzkirin û daneyan:
30× Rêzkirina lihevhatî ya dorhêlî ya PacBio (HiFi), 120× Rêzkirina xwendina ultra-dirêj Oxford Nanopore, 100× Rêzkirina bêpere ya Illumina PCR (ILMN), 70× Illumina / Arima Genomics Hi-C (Nano optîk), û Strand-seq
Tablo 2 Berawirdkirina GRCh38 û T2T-CHM13 meclîsên genoma mirovan
Balkêşî
1.Sergey Nurk û hwd.Rêzeya tevahî ya genomek mirovî.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Caroline Belser et al.Kromozomên mûzê yên bê valahiya telomer-to-telomere bi rêzgirtina nanoporê bikar tînin.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al.Kombûna genom a telomere-telomer a Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-Ming Song et al.Civîn û erêkirina Du Genomên Referansê yên Bê Gap ji bo Xian / Indica Rice Nêrînên li ser Mîmariya Centromere ya Nebatan eşkere dike.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Dema şandinê: Jan-06-2022