ט2ט דזשינאָום פֿאַרזאַמלונג, ריס פריי דזשינאָום
1stצוויי רייס גענאָמעס1
טיטל: אַסעמבלי און וואַלאַדיישאַן פון צוויי ריס-פריי רעפערענץ גענאָמעס פֿאַר קסיאַן / ינדיקאַ רייס ריווילז ינסייץ אין פּלאַנט סענטראָמערע אַרטשיטעקטורע
דוי:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
אַרייַנגעשיקט צייט: 01 יאנואר 2021.
אינסטיטוט: Huazhong Agricultural University, טשיינאַ
מאַטעריאַלס
אָ סאַטיוואַ קסיאַן / ינדיקאַרייַז ווערייאַטיז 'זשענשאַן 97 (ZS97)' און 'מינגהוי 63 (MH63)
סיקוואַנסינג סטראַטעגיע
NGS לייענט + HiFi לייענט + CLR לייענט + BioNano + Hi-C
דאַטן:
ZS97: 8.34 גב (~ 23 קס) HiFi לייענט + 48.39 גיגאבייט (~ 131 קס) CLR לייענט + 25 גב (~ 69 קס) NGS + 2 BioNano Irys סעלז
מה63: 37.88 גיגאבייט (~ 103 קס) HiFi לייענט + 48.97 גיגאבייט (~ 132 קס) CLR לייענט + 28 גיגאבייט (~ 76 קס) NGS + 2 BioNano Irys סעלז
פיגורע 1 צוויי ריס-פריי גענאָמעס פון רייַז (MH63 און ZS97)
2ndבאַנאַנע גענאָמע2
טיטל: טעלאָמערע-צו-טעלאָמערע גאַפּלעסס טשראָמאָסאָמעס פון באַנאַנע ניצן נאַנאָפּאָרע סיקוואַנסינג
דוי:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
אַרייַנגעשיקט צייט: אפריל 17, 2021.
אינסטיטוט: Université Paris-Saclay, פֿראַנקרייַך
מאַטעריאַלס
טאָפּל האַפּלאָידMusa acuminatasppmalacensis(דה-פּאַהאַנג)
סיקוואַנסינג סטראַטעגיע און דאַטן:
HiSeq2500 PE250 מאָדע + MinION / PromethION (93Gb, ~ 200X) + אָפּטיש מאַפּע (DLE-1 + BspQ1)
טיש 1 פאַרגלייַך פון Musa acuminata (DH-Pahang) גענאָמע אַסעמבליז
פיגורע 2 מוסאַ גענאָמעס אַרקאַטעקטשער פאַרגלייַך
3rdPhaeodactylum tricornutum גענאָמע3
טיטל: טעלאָמערע-צו-טעלאָמערע גענאָמע פֿאַרזאַמלונג פוןP
haeodactylum tricornutum
דוי:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
אַרייַנגעשיקט צייט: מאי 04, 2021
אינסטיטוט: מערב אוניווערסיטעט, קאַנאַדע
מאַטעריאַלס
Phaeodactylum tricornutum(קולטור זאַמלונג פון אַלדזשי און פּראָטאָזאָאַ CCAP 1055/1)
סיקוואַנסינג סטראַטעגיע און דאַטן:
1 Oxford Nanopore minION לויפן צעל + אַ 2 × 75 פּערד-סוף מיטן רעזולטאַט NextSeq 550 לויפן
פיגורע 3 וואָרקפלאָוו פֿאַר טעלאָמערע-צו-טעלאָמערע גענאָמע פֿאַרזאַמלונג
4thמענטש CHM13 גענאָמע4
טיטל: די גאַנץ סיקוואַנס פון אַ מענטש גענאָמע
דוי:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
אַרייַנגעשיקט צייט: מאי 27, 2021
אינסטיטוט: נאַשאַנאַל ינסטיטוטעס פון געזונט (NIH), USA
מאַטעריאַלס: צעל שורה CHM13
סיקוואַנסינג סטראַטעגיע און דאַטן:
30 × PacBio קייַלעכיק קאָנסענסוס סיקוואַנסינג (HiFi), 120 × אָקספֿאָרד נאַנאָפּאָרע הינטער-לאַנג לייענען סיקוואַנסינג, 100 × Illumina PCR-Free סיקוואַנסינג (ILMN), 70 × Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), BioNano גענאָמיקס און Strand-Seq
טיש 2 פאַרגלייַך פון GRCh38 און T2T-CHM13 מענטש גענאָמע אַסעמבליז
רעפערענץ
1.סערגיי נורק עט על.די גאַנץ סיקוואַנס פון אַ מענטש גענאָמע.ביאָרקסיוו 2021.05.26.445798;דוי:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Caroline Belser et al.טעלעמערע-צו-טעלאָמערע גאַפּלעסס טשראָמאָסאָומז פון באַנאַנע ניצן נאַנאָפּאָרע סיקוואַנסינג.ביאָרקסיוו 2021.04.16.440017;דוי:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere עט על.טעלאָמערע-צו-טעלאָמערע גענאָמע פֿאַרזאַמלונג פון Phaeodactylum tricornutum.ביאָרקסיוו 2021.05.04.442596;דוי:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.דזשיאַ-מינג סאָנג עט על.אַסעמבלי און וואַלאַדיישאַן פון צוויי ריס-פריי רעפערענץ גענאָמעס פֿאַר קסיאַן / ינדיקאַ רייס ריווילז ינסייץ אין פּלאַנט סענטראָמערע אַרטשיטעקטורע.ביאָרקסיוו 2020.12.24.424073;דוי:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
פּאָסטן צייט: Jan-06-2022