T2T GENOM YAP, BOŞLUQ PULSUZ GENOM
1stİki Düyü Genomu1
Başlıq: Xian/indica Rays üçün boşluqsuz iki istinad genomunun yığılması və təsdiqlənməsi Bitki Centromere Arxitekturasına dair fikirləri ortaya qoyur
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Göndərilən vaxt: 01 yanvar 2021-ci il.
İnstitut: Huazhong Kənd Təsərrüfatı Universiteti, Çin
Materiallar
O. sativa xian/indicadüyü sortları 'Zhenshan 97 (ZS97)' və 'Minghui 63 (MH63)
Ardıcıllıq strategiyası
NGS oxuyur + HiFi oxuyur + CLR oxuyur + BioNano + Hi-C
Məlumat:
ZS97: 8,34 Gb（~23x）HiFi oxuyur + 48,39 Gb (~131x) CLR oxuyur + 25 Gb(~69x) NGS + 2 BioNano Irys hüceyrəsi
MH63: 37,88 Gb (~103x) HiFi oxuyur + 48,97 Gb (~132x) CLR oxuyur + 28 Gb(~76x) NGS + 2 BioNano Irys hüceyrəsi
Şəkil 1 İki boşluqsuz düyü genomu (MH63 və ZS97)
2ndBanan Genomu2
Başlıq: Nanopor ardıcıllığından istifadə edərək bananın telomerdən telomere boşluqsuz xromosomları
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Göndərmə vaxtı: 17 aprel 2021-ci il.
İnstitut: Université Paris-Saclay, Fransa
Materiallar
İkiqat haploidMusa acuminatasppmalaccensis(DH-Pahang)
Ardıcıllıq strategiyası və məlumat:
HiSeq2500 PE250 rejimi + MinION/ PromethION (93Gb,~200X )+ Optik xəritə (DLE-1+BspQ1)
Cədvəl 1 Musa acuminata (DH-Pahang) genom birləşmələrinin müqayisəsi
Şəkil 2 Musa genomlarının memarlığının müqayisəsi
3rdPhaeodactylum tricornutum genomu3
Başlıq: Telomer-telomer genomuP
haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Göndərilən vaxt: 04 may 2021-ci il
İnstitut: Qərb Universiteti, Kanada
Materiallar
Phaeodactylum tricornutum(Yosunların və Protozoaların Mədəniyyət Kolleksiyası CCAP 1055/1)
Ardıcıllıq strategiyası və məlumat:
1 Oksford Nanopore minION axın hüceyrəsi + 2×75 qoşalaşmış orta çıxış NextSeq 550 qaçışı
Şəkil 3 Telomerdən telomerə genom montajı üçün iş axını
4thİnsan CHM13 genomu4
Başlıq: İnsan genomunun tam ardıcıllığı
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Göndərilən vaxt: 27 may 2021-ci il
İnstitut: Milli Sağlamlıq İnstitutu (NIH), ABŞ
Materiallar: hüceyrə xətti CHM13
Ardıcıllıq strategiyası və məlumat:
30 × PacBio dairəvi konsensus ardıcıllığı (HiFi), 120 × Oxford Nanopore ultra uzun oxu ardıcıllığı, 100 × Illumina PCR-Free ardıcıllığı (ILMN), 70 × Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), BioNano, və Strand-seq
Cədvəl 2 GRCh38 və T2T-CHM13 insan genom birləşmələrinin müqayisəsi
İstinad
1.Sergey Nurk və b.İnsan genomunun tam ardıcıllığı.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Caroline Belser et al.Nanopor ardıcıllığından istifadə edərək bananın telomerdən telomere boşluqsuz xromosomları.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al.Phaeodactylum tricornutum-un telomer-telomer genomu.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-Ming Song et al.Xian/indica Rays üçün Boşluqsuz İki İstinad Genomunun yığılması və Təsdiqlənməsi Bitki Centromere Arxitekturasına dair fikirləri ortaya qoyur.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Göndərmə vaxtı: 06 yanvar 2022-ci il