T2T GENOME ASSEMBLY, GAP FREE GENOME
1stDuha ka Rice Genome1
Titulo: Asembliya ug Pag-validate sa Duha ka Gap-free Reference Genome para sa Xian/indica Rice Nagpadayag sa mga Insight sa Plant Centromere Architecture
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Gi-post nga Oras: Enero 01, 2021.
Institute: Huazhong Agricultural University, China
Mga materyales
O. sativa xian/indicamatang sa humay 'Zhenshan 97 (ZS97)' ug 'Minghui 63 (MH63)
Estratehiya sa pagkasunodsunod
Nagbasa ang NGS + Nagbasa sa HiFi + Nagbasa sa CLR + BioNano + Hi-C
Data:
ZS97: 8.34 Gb（~23x）HiFi reads + 48.39 Gb (~131x) CLR reads + 25 Gb(~69x) NGS + 2 BioNano Irys cells
MH63: 37.88 Gb (~103x) HiFi reads + 48.97 Gb (~132x) CLR reads + 28 Gb(~76x) NGS + 2 BioNano Irys cells
Figure 1 Duha ka gap-free genome sa bugas (MH63 ug ZS97)
2ndGenome sa saging2
Titulo: Telomere-to-telomere gapless chromosome sa saging gamit ang nanopore sequencing
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Gi-post nga Oras: Abril 17, 2021.
Institute: Université Paris-Saclay, France
Mga materyales
Doble nga haploidMusa acuminatasppmalaccensis(DH-Pahang)
Estratehiya ug datos sa pagkasunodsunod:
HiSeq2500 PE250 mode + Minion/PromethION (93Gb,~200X)+ Optical nga mapa (DLE-1+BspQ1)
Talaan 1 Pagtandi sa Musa acuminata (DH-Pahang) genome assemblies
Figure 2 Musa genome nga pagtandi sa arkitektura
3rdPhaeodactylum tricornutum genome3
Titulo: Telomere-to-telomere genome assembly saP
haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Gi-post nga Oras: Mayo 04, 2021
Institute: Western University, Canada
Mga materyales
Espesye sa tanom nga bulak ang Phaeodactylum tricornutum(Kultura nga Koleksyon sa Algae ug Protozoa CCAP 1055/1)
Estratehiya ug datos sa pagkasunodsunod:
1 Oxford Nanopore minION flow cell + usa ka 2 × 75 nga gipares-katapusan nga mid-output NextSeq 550 run
Figure 3 Workflow para sa telomere-to-telomere genome assembly
4thHuman CHM13 genome4
Titulo: Ang kompleto nga han-ay sa genome sa tawo
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Gi-post nga Oras: Mayo 27, 2021
Institute: National Institutes of Health (NIH), USA
Mga Materyal: cell line CHM13
Estratehiya ug datos sa pagkasunodsunod:
30× PacBio circular consensus sequencing (HiFi) , 120× Oxford Nanopore ultra-long read sequencing , 100× Illumina PCR-Free sequencing (ILMN), 70× Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), BioNano optical nga mga mapa, ug Strand-seq
Talaan 2 Pagtandi sa GRCh38 ug T2T-CHM13 human genome assemblies
Reperensya
1. Sergey Nurk et al.Ang kompleto nga han-ay sa usa ka genome sa tawo.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2. Caroline Belser et al.Telomere-to-telomere gapless chromosome sa saging gamit ang nanopore sequencing.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al.Telomere-to-telomere genome assembly sa Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-Ming Song et al.Asembliya ug Pag-validate sa Duha ka Gap-free Reference Genome para sa Xian/indica Rice Nagpadayag sa mga Insight sa Plant Centromere Architecture.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Oras sa pag-post: Ene-06-2022