MBLEDHJE E GENOMEVE T2T, GJENOM PA GAP
1stDy gjenomet e orizit1
Titulli: Montimi dhe vërtetimi i dy gjenomave referuese pa boshllëqe për orizin Xian/indica zbulon njohuri në arkitekturën e qendrës së bimëve
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Koha e postimit: 01 janar 2021.
Instituti: Universiteti Bujqësor Huazhong, Kinë
Materiale
O. sativa xian/indicavarietetet e orizit 'Zhenshan 97 (ZS97)' dhe 'Minghui 63 (MH63)
Strategjia e renditjes
Leximet NGS + leximet HiFi + leximet CLR + BioNano + Hi-C
Të dhënat:
ZS97: 8,34 Gb (~ 23x) Lexime HiFi + 48,39 Gb (~ 131x ) Lexime CLR + 25 Gb (~ 69x) NGS + 2 qeliza BioNano Irys
MH63: 37,88 Gb (~ 103x) Lexime HiFi + 48,97 Gb (~132x) lexime CLR + 28 Gb (~ 76x) NGS + 2 qeliza BioNano Irys
Figura 1 Dy gjenoma të orizit pa boshllëqe (MH63 dhe ZS97)
2ndGjenomi i bananes2
Titulli: Kromozomet pa boshllëqe telomere në telomer të bananes duke përdorur sekuencën nanopore
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Koha e postimit: 17 Prill 2021.
Instituti: Université Paris-Saclay, Francë
Materiale
Haploid i dyfishtëMusa acuminatasppmalaccensis(DH-Pahang)
Strategjia dhe të dhënat e renditjes:
Modaliteti HiSeq2500 PE250 + MinION/ PromethION (93Gb,~200X)+ Harta optike (DLE-1+BspQ1)
Tabela 1 Krahasimi i asambleve të gjenomit Musa acuminata (DH-Pahang).
Figura 2 Krahasimi i arkitekturës së gjenomit të Musait
3rdGjenomi i Phaeodactylum tricornutum3
Titulli: Asambleja e gjenomit telomer-te-telomere eP
haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Koha e postimit: 04 maj 2021
Instituti: Universiteti Perëndimor, Kanada
Materiale
Phaeodactylum tricornutum(Koleksioni Kulturor i Algave dhe Protozoarit CCAP 1055/1)
Strategjia dhe të dhënat e renditjes:
1 qelizë rrjedhëse Oxford Nanopore minION + një 2×75 me dalje të mesme të çiftëzuara NextSeq 550
Figura 3 Rrjedha e punës për montimin e gjenomit telomer-telomer
4thGjenomi i njeriut CHM134
Titulli: Sekuenca e plotë e një gjenomi njerëzor
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Koha e postimit: 27 maj 2021
Instituti: Instituti Kombëtar i Shëndetësisë (NIH), SHBA
Materialet: linja qelizore CHM13
Strategjia dhe të dhënat e renditjes:
30× PacBio sekuenca konsensus rrethore (HiFi), 120× Oxford Nanopore sekuenca leximi ultra e gjatë, 100× Sekuenca pa PCR-Illumina (ILMN), 70× Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-Ctical), Harta Hi-C (Hi-Ctical), dhe Strand-seq
Tabela 2 Krahasimi i asambleve të gjenomit njerëzor GRCh38 dhe T2T-CHM13
Referenca
1.Sergey Nurk et al.Sekuenca e plotë e një gjenomi njerëzor.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Caroline Belser et al.Kromozomet pa boshllëqe telomer-te-telomere të bananes duke përdorur sekuencën nanopore.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al.Asambleja e gjenomit telomere-telomer e Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-Ming Song etj.Montimi dhe vërtetimi i dy gjenomeve referuese pa boshllëqe për orizin Xian/indica zbulon njohuri mbi arkitekturën e centralit të bimëve.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Koha e postimit: Jan-06-2022