टी2टी जीनोम असेंबली, गैप फ्री जीनोम
1stदो चावल जीनोम1
शीर्षक: जियान/इंडिका चावल के लिए दो गैप-मुक्त संदर्भ जीनोम की असेंबली और सत्यापन से प्लांट सेंट्रोमियर आर्किटेक्चर में अंतर्दृष्टि का पता चलता है
दोई:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
पोस्ट करने का समय: 01 जनवरी, 2021।
संस्थान: हुआज़ोंग कृषि विश्वविद्यालय, चीन
सामग्री
ओ. सैटिवा जियान/इंडिकाचावल की किस्में 'ज़ेनशान 97 (ZS97)' और 'मिंगहुई 63 (MH63)
अनुक्रमण रणनीति
एनजीएस रीड्स + हाईफाई रीड्स + सीएलआर रीड्स + बायोनैनो + हाई-सी
डेटा:
ZS97: 8.34 Gb（~23x）HiFi रीड्स + 48.39 Gb (~131x ) CLR रीड्स + 25 Gb(~69x) NGS + 2 बायोनैनो आइरिस सेल
MH63: 37.88 Gb (~103x) HiFi रीड्स + 48.97 Gb (~132x) CLR रीड्स + 28 Gb(~76x) NGS + 2 BioNano Irys सेल
चित्र 1 चावल के दो अंतराल-मुक्त जीनोम (MH63 और ZS97)
2ndकेले का जीनोम2
शीर्षक: नैनोपोर अनुक्रमण का उपयोग करके केले के टेलोमेयर-टू-टेलोमेयर गैपलेस क्रोमोसोम
दोई:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
पोस्ट करने का समय: 17 अप्रैल, 2021।
संस्थान: यूनिवर्सिटी पेरिस-सैकले, फ़्रांस
सामग्री
दोहरा अगुणितमूसा एक्युमिनटाएसपीपीमैलाकेंसिस(डीएच-पहांग)
अनुक्रमण रणनीति और डेटा:
HiSeq2500 PE250 मोड + मिनियन/प्रोमेथियन (93Gb,~200X )+ ऑप्टिकल मैप (DLE-1+BspQ1)
तालिका 1 मूसा एक्यूमिनटा (डीएच-पहांग) जीनोम असेंबली की तुलना
चित्र 2 मूसा जीनोम वास्तुकला तुलना
3rdफियोडैक्टाइलम ट्राइकोर्नटम जीनोम3
शीर्षक: टेलोमेर-टू-टेलोमेयर जीनोम असेंबलीP
हेयोडैक्टाइलम ट्राइकोर्नटम
दोई:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
पोस्ट करने का समय: 04 मई, 2021
संस्थान: वेस्टर्न यूनिवर्सिटी, कनाडा
सामग्री
फियोडैक्टाइलम ट्राइकोर्नटम(शैवाल और प्रोटोजोआ का संस्कृति संग्रह सीसीएपी 1055/1)
अनुक्रमण रणनीति और डेटा:
1 ऑक्सफोर्ड नैनोपोर मिनियन फ्लो सेल + एक 2×75 पेयर-एंड मिड-आउटपुट नेक्स्टसेक 550 रन
टेलोमेयर-टू-टेलोमेयर जीनोम असेंबली के लिए चित्र 3 वर्कफ़्लो
4thमानव CHM13 जीनोम4
शीर्षक: मानव जीनोम का संपूर्ण अनुक्रम
दोई:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
पोस्ट करने का समय: 27 मई, 2021
संस्थान: राष्ट्रीय स्वास्थ्य संस्थान (एनआईएच), यूएसए
सामग्री: सेल लाइन CHM13
अनुक्रमण रणनीति और डेटा:
30× पैकबायो सर्कुलर सर्वसम्मति अनुक्रमण (हाईफाई), 120× ऑक्सफोर्ड नैनोपोर अल्ट्रा-लॉन्ग रीड सीक्वेंसिंग, 100× इलुमिना पीसीआर-फ्री सीक्वेंसिंग (आईएलएमएन), 70× इलुमिना / अरिमा जीनोमिक्स हाई-सी (हाय-सी), बायोनैनो ऑप्टिकल मैप्स, और स्ट्रैंड-सीक
तालिका 2 GRCh38 और T2T-CHM13 मानव जीनोम असेंबलियों की तुलना
संदर्भ
1.सर्गेई नर्क एट अल।मानव जीनोम का संपूर्ण अनुक्रम.बायोरेक्सिव 2021.05.26.445798;दोई:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2. कैरोलीन बेल्सर एट अल।नैनोपोर अनुक्रमण का उपयोग करके केले के टेलोमेयर-टू-टेलोमेयर गैपलेस क्रोमोसोम।बायोरेक्सिव 2021.04.16.440017;दोई:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.डैनियल जे. गिगुएरे एट अल।फियोडैक्टाइलम ट्राइकोर्नटम की टेलोमेर-टू-टेलोमेर जीनोम असेंबली।बायोरेक्सिव 2021.05.04.442596;दोई:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.जिया-मिंग सॉन्ग एट अल।जियान/इंडिका चावल के लिए दो गैप-मुक्त संदर्भ जीनोम की असेंबली और सत्यापन से प्लांट सेंट्रोमियर आर्किटेक्चर में अंतर्दृष्टि का पता चलता है।बायोरेक्सिव 2020.12.24.424073;दोई:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
पोस्ट समय: जनवरी-06-2022