ЗБОРКА ГЕНОМА T2T, ГЕНОМ БЕЗ ПРАЗНАК
1stДва генома рысу1
Назва: Зборка і праверка двух эталонных геномаў без прабелаў для рысу Сіань/індыка раскрывае разуменне архітэктуры цэнтрамер раслін
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Час размяшчэння: 01 студзеня 2021 г.
Інстытут: Сельскагаспадарчы універсітэт Хуачжун, Кітай
Матэрыялы
O. sativa xian/Indicaгатункі рысу «Жэньшань 97 (ZS97)» і «Мінхуэй 63 (MH63)»
Стратэгія паслядоўнасці
NGS чытае + HiFi чытае + CLR чытае + BioNano + Hi-C
дадзеныя:
ZS97: 8,34 Гб（~23x）HiFi чытанне + 48,39 Гб (~131x ) CLR чытанне + 25 Гб(~69x) NGS + 2 ячэйкі BioNano Irys
MH63: 37,88 Гб (~103x) чытанне HiFi + 48,97 Гб (~132x) чытанне CLR + 28 Гб (~76x) NGS + 2 ячэйкі BioNano Irys
Малюнак 1 Два геному рысу без прабелаў (MH63 і ZS97)
2ndГеном банана2
Назва: Бязшчылінныя храмасомы банана ад тэламера да тэламера з выкарыстаннем секвеніравання нанапор
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Час размяшчэння: 17 красавіка 2021 г.
Інстытут: Université Paris-Saclay, Францыя
Матэрыялы
Двайны гаплоідMusa acuminataвідыmalaccensis(DH-Паханг)
Стратэгія паслядоўнасці і дадзеныя:
Рэжым HiSeq2500 PE250 + MinION/ PromethION (93Gb,~200X )+ Аптычная карта (DLE-1+BspQ1)
Табліца 1. Параўнанне зборак геному Musa acuminata (DH-Pahang).
Малюнак 2. Параўнанне архітэктуры геномаў Musa
3rdГеном Phaeodactylum tricornutum3
Назва: Зборка геному ад тэламера да тэламераP
haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Час размяшчэння: 4 мая 2021 г
Інстытут: Заходні ўніверсітэт, Канада
Матэрыялы
Phaeodactylum tricornutum(Калекцыя культур водарасцяў і найпростых CCAP 1055/1)
Стратэгія паслядоўнасці і дадзеныя:
1 праточная ячэйка Oxford Nanopore minION + серыя NextSeq 550 2×75, парны канец, сярэдняя магутнасць
Малюнак 3 Працоўны працэс зборкі геному ад тэламер да тэламер
4thГеном CHM13 чалавека4
Назва: Поўная паслядоўнасць геному чалавека
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Час размяшчэння: 27 мая 2021 г
Інстытут: Нацыянальны інстытут здароўя (NIH), ЗША
Матэрыялы: клеткавая лінія CHM13
Стратэгія паслядоўнасці і дадзеныя:
30× кругавое кансенсуснае секвенаванне PacBio (HiFi), 120× Oxford Nanopore звышдоўгае секвеніраванне, 100× Illumina PCR-Free секвенирование (ILMN), 70× Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), аптычныя карты BioNano, і Strand-seq
Табліца 2. Параўнанне зборак геному чалавека GRCh38 і T2T-CHM13
Даведка
1.Сяргей Нурк і інш.Поўная паслядоўнасць геному чалавека.bioRxiv 2021.05.26.445798;зрабіць:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2. Каралін Белсер і інш.Безшчылінныя храмасомы банана ад тэламеры да тэламеры з дапамогай секвенирования нанапор.bioRxiv 2021.04.16.440017;зрабіць:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere і інш.Зборка геному Phaeodactylum tricornutum ад тэламера да тэламера.bioRxiv 2021.05.04.442596;зрабіць:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4. Jia-Ming Song і інш.Зборка і праверка двух эталонных геномаў без прабелаў для рысу Сіань/індыка раскрывае разуменне архітэктуры цэнтрамер раслін.bioRxiv 2020.12.24.424073;зрабіць:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Час публікацыі: 6 студзеня 2022 г