T2T GENOMA MONTĀŽA, GENOMS BEZ SPRIEDUMS
1stDivi rīsu genomi1
Nosaukums: Divu bez atstarpes atsauces genomu montāža un apstiprināšana Xian/indica rīsiem sniedz ieskatu augu centrimēra arhitektūrā
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Publicēšanas laiks: 2021. gada 01. janvāris.
Institūts: Huazhong Lauksaimniecības universitāte, Ķīna
Materiāli
O. sativa xian/indicarīsu šķirnes 'Zhenshan 97 (ZS97)' un 'Minghui 63 (MH63)
Sekvences stratēģija
NGS lasa + HiFi lasa + CLR lasa + BioNano + Hi-C
Dati:
ZS97: 8,34 Gb (~23x) HiFi nolasa + 48,39 Gb (~131 x) CLR nolasa + 25 Gb (~69 x) NGS + 2 BioNano Irys šūnas
MH63: 37,88 Gb (~103x) HiFi nolasīšana + 48,97 Gb (~132 x) CLR nolasīšana + 28 Gb (~76x) NGS + 2 BioNano Irys šūnas
1. attēls Divi rīsu genomi bez spraugām (MH63 un ZS97)
2ndBanānu genoms2
Nosaukums: Telomēru-telomēru banānu bezatstarpju hromosomas, izmantojot nanoporu sekvencēšanu
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Publicēšanas laiks: 2021. gada 17. aprīlis.
Institūts: Université Paris-Saclay, Francija
Materiāli
Dubults haploīdsMusa acuminatasppmalaccensis(DH-Pahang)
Secības noteikšanas stratēģija un dati:
HiSeq2500 PE250 režīms + MinION/ PromethION (93Gb, ~200X )+ optiskā karte (DLE-1+BspQ1)
1. tabula Musa acuminata (DH-Pahang) genoma komplektu salīdzinājums
2. attēls Musa genomu arhitektūras salīdzinājums
3rdPhaeodactylum tricornutum genoms3
Nosaukums: Telomēra-telomēra genoma montāžaP
haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Publicēšanas laiks: 2021. gada 4. maijs
Institūts: Rietumu universitāte, Kanāda
Materiāli
Phaeodactylum tricornutum(Aļģu un vienšūņu kultūras kolekcija CCAP 1055/1)
Secības noteikšanas stratēģija un dati:
1 Oxford Nanopore minION plūsmas šūna + 2 × 75 pāra gala vidēja izvade NextSeq 550 palaišana
3. attēls Darbplūsma telomēra-telomēra genoma montāžai
4thCilvēka CHM13 genoms4
Nosaukums: Pilna cilvēka genoma secība
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Publicēšanas laiks: 2021. gada 27. maijs
Institūts: Nacionālie veselības institūti (NIH), ASV
Materiāli: šūnu līnija CHM13
Secības noteikšanas stratēģija un dati:
30 × PacBio apļveida konsensa sekvencēšana (HiFi), 120 × Oxford Nanopore īpaši ilga lasīšanas sekvencēšana, 100 × Illumina PCR brīva sekvencēšana (ILMN), 70 × Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), BioNano optiskā karte un Strand-seq
2. tabula GRCh38 un T2T-CHM13 cilvēka genoma komplektu salīdzinājums
Atsauce
1.Sergey Nurk et al.Pilnīga cilvēka genoma secība.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Karolīna Belsere u.c.Banānu hromosomas bez spraugām no telomēriem līdz telomēriem, izmantojot nanoporu sekvencēšanu.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al.Phaeodactylum tricornutum telomēra-telomēra genoma montāža.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4. Jia-Ming Song et al.Divu bez atstarpes atsauces genomu montāža un apstiprināšana Xian/indica rīsiem sniedz ieskatu augu centrimēra arhitektūrā.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Ievietošanas laiks: Jan-06-2022