T2T GENOMA ASEMBLEO, GAP FREE GENOME
1stDu Rizaj Genamoj1
Titolo: Asembleo kaj Valimado de Du Senspacaj Referencaj Genamoj por Xian/indica Rice Reveals Insights into Plant Centromere Architecture
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Afiŝita Tempo: Januaro 01, 2021.
Instituto: Huazhong Agrikultura Universitato, Ĉinio
Materialoj
O. sativa xian/indicarizvarioj 'Zhenshan 97 (ZS97)' kaj 'Minghui 63 (MH63)
Sekvenca strategio
NGS legas + HiFi legas + CLR legas + BioNano + Hi-C
Datumoj:
ZS97: 8.34 Gb（~23x）HiFi legas + 48.39 Gb (~131x) CLR legas + 25 Gb (~69x) NGS + 2 BioNano Irys-ĉeloj
MH63: 37.88 Gb (~103x) HiFi legas + 48.97 Gb (~132x) CLR legas + 28 Gb (~76x) NGS + 2 BioNano Irys-ĉeloj
Figuro 1 Du seninterspacaj genaroj de rizo (MH63 kaj ZS97)
2ndBanana Genaro2
Titolo: Telomere-al-telomeraj seninterspacaj kromosomoj de banano uzanta nanoporan sekvencon
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Afiŝita Tempo: 17 aprilo 2021.
Instituto: Université Paris-Saclay, Francio
Materialoj
Duobla haploidaMusa acuminatasppmalaccensis(DH-Pahang)
Sekvenca strategio kaj datumoj:
HiSeq2500 PE250-reĝimo + MinION/ PromethION (93Gb, ~200X)+ Optika mapo (DLE-1+BspQ1)
Tablo 1 Komparo de Musa acuminata (DH-Pahang) genaro asembleoj
Figuro 2 Musa genaroj-arkitekturo-komparo
3rdPhaeodactylum tricornutum genaro3
Titolo: Telomere-al-telomere genomasembleo deP
haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Afiŝita Tempo: 04-a de majo 2021
Instituto: Okcidenta Universitato, Kanado
Materialoj
Phaeodactylum tricornutum(Kultura Kolekto de Algoj kaj Protozooj CCAP 1055/1)
Sekvenca strategio kaj datumoj:
1 Oksforda Nanopore minION-fluĉelo + 2 × 75 parigita meza eligo NextSeq 550-kuro
Figuro 3 Laborfluo por telomer-al-telomer genoma asembleo
4thHoma CHM13-genaro4
Titolo: La kompleta sekvenco de homa genaro
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Afiŝita Tempo: 27 majo 2021
Instituto: Naciaj Institutoj pri Sano (NIH), Usono
Materialoj: ĉellinio CHM13
Sekvenca strategio kaj datumoj:
30× PacBio-cirkla konsenta sekvencado (HiFi), 120× Oxford Nanopore ultra-longa legata sekvencado, 100× Illumina PCR-Free-sekvencado (ILMN), 70× Illumina/Arima Genomics Hi-C (Hi-C), BioNano-optikaj mapoj, kaj Strand-seq
Tablo 2 Komparo de GRCh38 kaj T2T-CHM13 homaj genarasembleoj
Referenco
1.Sergey Nurk et al.La kompleta sekvenco de homa genaro.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Caroline Belser et al.Telomer-al-telomeraj seninterspacaj kromosomoj de banano uzanta nanoporsekvencadon.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al.Telomer-al-telomer genarasembleo de Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-Ming Song et al.Assembly and Validation of Two Gap-free Reference Genomes for Xian/indica Rice Reveals Insights into Plant Centromere Architecture.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Afiŝtempo: Jan-06-2022