T2T GENOMMONTERING, GAP FRI GENOM
1stTo risgenomer1
Tittel: Sammenstilling og validering av to gapfrie referansegenomer for Xian/indica-ris avslører innsikt i plantesentromere-arkitektur
Gjør jeg:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Publisert tid: 1. januar 2021.
Institutt: Huazhong Agricultural University, Kina
Materialer
O. sativa xian/indicarisvarianter 'Zhenshan 97 (ZS97)' og 'Minghui 63 (MH63)
Sekvenseringsstrategi
NGS leser + HiFi leser + CLR leser + BioNano + Hi-C
Data:
ZS97: 8,34 Gb（~23x）HiFi-leser + 48,39 Gb (~131x) CLR-leser + 25 Gb(~69x) NGS + 2 BioNano Irys-celler
MH63: 37,88 Gb (~103x) HiFi-leser + 48,97 Gb (~132x) CLR-leser + 28 Gb(~76x) NGS + 2 BioNano Irys-celler
Figur 1 To gap-frie genomer av ris (MH63 og ZS97)
2ndBanangenom2
Tittel: Telomer-til-telomer gapløse kromosomer av banan ved bruk av nanopore-sekvensering
Gjør jeg:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Publisert tid: 17. april 2021.
Institutt: Université Paris-Saclay, Frankrike
Materialer
Dobbelt haploidMusa acuminatasppmalacensis(DH-Pahang)
Sekvenseringsstrategi og data:
HiSeq2500 PE250-modus + MinION/ PromethION (93Gb,~200X)+ Optisk kart (DLE-1+BspQ1)
Tabell 1 Sammenligning av Musa acuminata (DH-Pahang) genomsammenstillinger
Figur 2 Sammenligning av arkitektur av Musa genomer
3rdPhaeodactylum tricornutum genom3
Tittel: Telomer-til-telomer genomsammenstilling avP
haeodactylum tricornutum
Gjør jeg:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Publisert tid: 4. mai 2021
Institutt: Western University, Canada
Materialer
Phaeodactylum tricornutum(Kultursamling av alger og protozoer CCAP 1055/1)
Sekvenseringsstrategi og data:
1 Oxford Nanopore minION strømningscelle + en 2×75 paret-ende mellom-utgang NextSeq 550-kjøring
Figur 3 Arbeidsflyt for telomer-til-telomer-genomsamling
4thHumant CHM13-genom4
Tittel: Den komplette sekvensen til et menneskelig genom
Gjør jeg:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Publisert tid: 27. mai 2021
Institutt: National Institutes of Health (NIH), USA
Materialer: cellelinje CHM13
Sekvenseringsstrategi og data:
30× PacBio sirkulær konsensussekvensering (HiFi), 120× Oxford Nanopore ultralang lesesekvensering, 100× Illumina PCR-fri sekvensering (ILMN), 70× Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), BioNano Genomics Hi-C (Hi-C), BioNano og Strand-seq
Tabell 2 Sammenligning av GRCh38 og T2T-CHM13 humane genomsammenstillinger
Henvisning
1. Sergey Nurk et al.Den komplette sekvensen til et menneskelig genom.bioRxiv 2021.05.26.445798;gjør jeg:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Caroline Belser et al.Telomer-til-telomer gapløse kromosomer av banan ved bruk av nanopore-sekvensering.bioRxiv 2021.04.16.440017;gjør jeg:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3. Daniel J. Giguere et al.Telomer-til-telomer genomsammenstilling av Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596;gjør jeg:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4. Jia-Ming Song et al.Montering og validering av to gapfrie referansegenomer for Xian/indica-ris avslører innsikt i plantesentromerarkitektur.bioRxiv 2020.12.24.424073;gjør jeg:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Innleggstid: Jan-06-2022