T2T GENOMMONTERING, GAPFRIT GENOM
1stTvå risgenom1
Titel: Sammansättning och validering av två gapfria referensgenom för Xian/indica-ris avslöjar insikter i växtcentromerarkitektur
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Upplagd tid: 1 januari 2021.
Institutet: Huazhong Agricultural University, Kina
Material
O. sativa xian/indicarissorter 'Zhenshan 97 (ZS97)' och 'Minghui 63 (MH63)
Sekvenseringsstrategi
NGS läser + HiFi läser + CLR läser + BioNano + Hi-C
Data:
ZS97: 8,34 Gb（~23x）HiFi-läser + 48,39 Gb (~131x) CLR-läser + 25 Gb(~69x) NGS + 2 BioNano Irys-celler
MH63: 37,88 Gb (~103x) HiFi-läser + 48,97 Gb (~132x) CLR-läsningar + 28 Gb(~76x) NGS + 2 BioNano Irys-celler
Figur 1 Två gapfria genom av ris (MH63 och ZS97)
2ndBanan genom2
Titel: Telomer-till-telomer gapless kromosomer av banan med nanopore-sekvensering
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Upplagd tid: 17 april 2021.
Institut: Université Paris-Saclay, Frankrike
Material
Dubbel haploidMusa acuminatasppmalacensis(DH-Pahang)
Sekvenseringsstrategi och data:
HiSeq2500 PE250-läge + MinION/ PromethION (93Gb,~200X)+ Optisk karta (DLE-1+BspQ1)
Tabell 1 Jämförelse av genomsamlingar av Musa acuminata (DH-Pahang).
Figur 2 Jämförelse av arkitektur för Musa-genom
3rdGenomet av Phaeodactylum tricornutum3
Titel: Telomer-till-telomer genomsammansättning avP
haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Upplagd tid: 4 maj 2021
Institutet: Western University, Kanada
Material
Phaeodactylum tricornutum(Kultursamling av alger och protozoer CCAP 1055/1)
Sekvenseringsstrategi och data:
1 Oxford Nanopore minION flödescell + en 2×75 parad-ände med mittutgångsläge NextSeq 550-körning
Figur 3 Arbetsflöde för telomer-till-telomer genom montering
4thHumant CHM13-genom4
Titel: Den fullständiga sekvensen av ett mänskligt genom
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Upplagd tid: 27 maj 2021
Institutet: National Institutes of Health (NIH), USA
Material: cellinje CHM13
Sekvenseringsstrategi och data:
30× PacBio cirkulär konsensussekvensering (HiFi), 120× Oxford Nanopore ultralång lässekvensering, 100× Illumina PCR-fri sekvensering (ILMN), 70× Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), BioNano Optical Maps, BioNano och Strand-seq
Tabell 2 Jämförelse av GRCh38 och T2T-CHM13 humana genomsammansättningar
Referens
1. Sergey Nurk et al.Den fullständiga sekvensen av ett mänskligt genom.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2. Caroline Belser et al.Telomer-till-telomer gapless kromosomer av banan med nanopore-sekvensering.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3. Daniel J. Giguere et al.Telomer-till-telomer genomsammansättning av Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4. Jia-Ming Song et al.Montering och validering av två gapfria referensgenom för Xian/indica-ris avslöjar insikter i växtcentromerarkitektur.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Posttid: Jan-06-2022