T2T GENOME ASSAMBLE, GAP GRATIS GENOME
1stTwee Rysgenome1
Titel: Samestelling en validering van twee gapingsvrye verwysingsgenome vir Xian/indica-rys openbaar insigte in plantsentromere-argitektuur
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Geplaas tyd: 01 Januarie 2021.
Instituut: Huazhong Landbou Universiteit, China
Materiaal
O. sativa xian/indicarysvariëteite 'Zhenshan 97 (ZS97)' en 'Minghui 63 (MH63)
Opeenvolgingstrategie
NGS lees + HiFi lees + CLR lees + BioNano + Hi-C
Data:
ZS97: 8.34 Gb（~23x）HiFi-lees + 48.39 Gb (~131x) CLR-lees + 25 Gb(~69x) NGS + 2 BioNano Irys-selle
MH63: 37.88 Gb (~103x) HiFi lees + 48.97 Gb (~132x) CLR lees + 28 Gb(~76x) NGS + 2 BioNano Irys selle
Figuur 1 Twee gapingsvrye genome van rys (MH63 en ZS97)
2ndPiesanggenoom2
Titel: Telomeer-tot-telomeer gapende chromosome van piesang met behulp van nanopore-volgordebepaling
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Plaastyd: 17 April 2021.
Instituut: Université Paris-Saclay, Frankryk
Materiaal
Dubbel haploïedMusa acuminatasppmalacensis(DH-Pahang)
Opeenvolgingstrategie en data:
HiSeq2500 PE250-modus + MinION/ PromethION (93Gb,~200X)+ Optiese kaart (DLE-1+BspQ1)
Tabel 1 Vergelyking van Musa acuminata (DH-Pahang) genoomsamestellings
Figuur 2 Musa genome argitektuur vergelyking
3rdPhaeodactylum tricornutum genoom3
Titel: Telomeer-tot-telomeer genoomsamestelling vanP
haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Geplaas tyd: 04 Mei 2021
Instituut: Wes-Universiteit, Kanada
Materiaal
Phaeodactylum tricornutum(Kultuurversameling van alge en protosoë CCAP 1055/1)
Opeenvolgingstrategie en data:
1 Oxford Nanopore minION vloeisel + 'n 2×75 gepaarde-end middel-uitset NextSeq 550 run
Figuur 3 Werkvloei vir telomeer-tot-telomeer genoomsamestelling
4thMenslike CHM13 genoom4
Titel: Die volledige volgorde van 'n menslike genoom
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Tyd geplaas: 27 Mei 2021
Instituut: National Institutes of Health (NIH), VSA
Materiaal: sellyn CHM13
Opeenvolgingstrategie en data:
30× PacBio-sirkulêre konsensusvolgordebepaling (HiFi), 120× Oxford Nanopore ultra-lang leesvolgorde, 100× Illumina PCR-vrye volgordebepaling (ILMN), 70× Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), BioNano optiese kaart, BioNano en Strand-seq
Tabel 2 Vergelyking van GRCh38 en T2T-CHM13 menslike genoom samestellings
Verwysing
1.Sergey Nurk et al.Die volledige volgorde van 'n menslike genoom.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Caroline Belser et al.Telomeer-tot-telomeer gapende chromosome van piesang met behulp van nanopore-volgordebepaling.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al.Telomeer-tot-telomeer genoomsamestelling van Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-Ming Song et al.Samestelling en validering van twee gapingsvrye verwysingsgenome vir Xian/indica-rys openbaar insigte in plantsentromere-argitektuur.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Postyd: Jan-06-2022