T2T genome ປະກອບ, GAP ຟຣີ genome
1stສອງພັນທຸ ກຳ1
ຫົວຂໍ້: ສະພາແຫ່ງ ແລະການກວດສອບສອງປະເພດອ້າງອີງທີ່ບໍ່ມີຊ່ອງຫວ່າງສໍາລັບເຂົ້າ Xian/indica ເປີດເຜີຍຄວາມເຂົ້າໃຈກ່ຽວກັບສະຖາປັດຕະຍະກໍາຂອງພືດ Centromere
ດອຍ:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
ເວລາປະກາດ: 01 ມັງກອນ 2021.
ສະຖາບັນ: Huazhong Agricultural University, ຈີນ
ວັດສະດຸ
O. sativa xian/indicaແນວພັນເຂົ້າ 'Zhenshan 97 (ZS97)' ແລະ 'Minghui 63 (MH63)
ຍຸດທະສາດການຈັດລໍາດັບ
NGS ອ່ານ + HiFi ອ່ານ + CLR ອ່ານ + BioNano + Hi-C
ຂໍ້ມູນ:
ZS97: 8.34 Gb (~23x) HiFi ອ່ານ + 48.39 Gb (~131x) CLR ອ່ານ + 25 Gb(~69x) NGS + 2 ເຊລ BioNano Irys
MH63: 37.88 Gb (~103x) HiFi ອ່ານ + 48.97 Gb (~132x) CLR ອ່ານ + 28 Gb(~76x) NGS + 2 BioNano Irys cells
ຮູບທີ 1 ສອງພັນພືດທີ່ບໍ່ມີຊ່ອງຫວ່າງຂອງເຂົ້າ (MH63 ແລະ ZS97)
2ndພັນກ້ວຍ2
ຫົວຂໍ້: ໂຄໂມໂຊມທີ່ບໍ່ມີຊ່ອງຫວ່າງ Telomere-to-telomere ຂອງກ້ວຍໂດຍໃຊ້ການຈັດລໍາດັບ nanopore
ດອຍ:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
ເວລາປະກາດ: 17 ເມສາ 2021.
ສະຖາບັນ: ມະຫາວິທະຍາໄລ Paris-Saclay, ປະເທດຝຣັ່ງ
ວັດສະດຸ
haploid ສອງເທົ່າMusa acuminatasppmalaccensis(DH-Pahang)
ຍຸດທະສາດການຈັດລໍາດັບ ແລະຂໍ້ມູນ:
ໂໝດ HiSeq2500 PE250 + MinION/ PromethION (93Gb,~200X)+ ແຜນທີ່ Optical (DLE-1+BspQ1)
ຕາຕະລາງ 1 ການປຽບທຽບການປະກອບພັນທຸກໍາຂອງ Musa acuminata (DH-Pahang).
ຮູບທີ 2 ການປຽບທຽບສະຖາປັດຕະຍະກຳຂອງ Musa
3rdgenome Phaeodactylum tricornutum3
ຫົວຂໍ້: ການປະກອບພັນທຸກໍາຂອງ Telomere-to-telomere ຂອງP
haeodactylum tricornutum
ດອຍ:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
ເວລາປະກາດ: 04 ພຶດສະພາ 2021
ສະຖາບັນ: ມະຫາວິທະຍາໄລຕາເວັນຕົກ, ການາດາ
ວັດສະດຸ
Phaeodactylum tricornutum(ການເກັບກໍາວັດທະນະທໍາຂອງ Algae ແລະ Protozoa CCAP 1055/1)
ຍຸດທະສາດການຈັດລໍາດັບ ແລະຂໍ້ມູນ:
1 Oxford Nanopore minION flow cell + a 2×75 paired-end mid-output NextSeq 550 run
ຮູບທີ 3 Workflow ສໍາລັບການປະກອບ genome telomere-to-telomere
4thgenome CHM13 ຂອງມະນຸດ4
ຫົວຂໍ້: ລໍາດັບຄົບຖ້ວນຂອງ genome ຂອງມະນຸດ
ດອຍ:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
ເວລາປະກາດ: 27 ພຶດສະພາ 2021
ສະຖາບັນ: ສະຖາບັນສຸຂະພາບແຫ່ງຊາດ (NIH), ສະຫະລັດ
ວັດສະດຸ: ເສັ້ນເຊລ CHM13
ຍຸດທະສາດການຈັດລໍາດັບ ແລະຂໍ້ມູນ:
30× PacBio circular consensus sequencing (HiFi), 120× Oxford Nanopore ultra-long read sequencing , 100× Illumina PCR-Free sequencing (ILMN), 70× Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), BioNano ແລະ Strand-seq
ຕາຕະລາງ 2 ການປຽບທຽບຂອງ GRCh38 ແລະ T2T-CHM13 ປະກອບພັນທຸກໍາຂອງມະນຸດ
ອ້າງອິງ
1.Sergey Nurk et al.ລໍາດັບທີ່ສົມບູນຂອງ genome ຂອງມະນຸດ.bioRxiv 2021.05.26.445798;ດອຍ:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Caroline Belser et al.ໂຄໂມໂຊມ Telomere-to-telomere gapless ຂອງກ້ວຍໂດຍໃຊ້ nanopore sequencing.bioRxiv 2021.04.16.440017;ດອຍ:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al.ການປະກອບພັນທຸ ກຳ ຂອງ Telomere-to-telomere ຂອງ Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596;ດອຍ:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-Ming Song et al.ສະພາແຫ່ງແລະການກວດສອບສອງ Genomes ອ້າງອິງທີ່ບໍ່ມີຊ່ອງຫວ່າງສໍາລັບ Xian / indica Rice ເປີດເຜີຍຄວາມເຂົ້າໃຈກ່ຽວກັບສະຖາປັດຕະຍະກໍາ Centromere ຂອງພືດ.bioRxiv 2020.12.24.424073;ດອຍ:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
ເວລາປະກາດ: 06-06-2022