Т2Т ГЕНОМ АССЕМБЛЕ, ГЕНОМ ФРЕЕ
1stДва генома пиринча1
Наслов: Састављање и валидација два референтна генома без празнина за пиринач Ксиан/индица открива увид у архитектуру центромере биљака
Дои:хттпс://дои.орг/10.1101/2020.12.24.424073
Датум објаве: 01. јануар 2021.
Институт: Пољопривредни универзитет Хуазхонг, Кина
Материјали
О. сатива киан/индицасорте пиринча 'Зхенсхан 97 (ЗС97)' и 'Мингхуи 63 (МХ63)
Стратегија секвенцирања
НГС чита + ХиФи чита + ЦЛР чита + БиоНано + Хи-Ц
Подаци:
ЗС97: 8,34 Гб (~23к) ХиФи чита + 48,39 Гб (~131к) ЦЛР чита + 25 Гб(~69к) НГС + 2 БиоНано Ирис ћелије
МХ63: 37,88 Гб (~103к) ХиФи чита + 48,97 Гб (~132к) ЦЛР чита + 28 Гб(~76к) НГС + 2 БиоНано Ирис ћелије
Слика 1 Два генома пиринча без празнина (МХ63 и ЗС97)
2ndБанана Геноме2
Наслов: Хромозоми банане без празнина од теломера до теломера коришћењем секвенцирања нанопора
Дои:хттпс://дои.орг/10.1101/2021.04.16.440017
Датум објаве: 17. април 2021.
Институт: Университе Парис-Сацлаи, Француска
Материјали
Двоструки хаплоидМуса ацуминатасппмалацценсис(ДХ-Паханг)
Стратегија секвенцирања и подаци:
ХиСек2500 ПЕ250 режим + МинИОН/ ПрометхИОН (93Гб,~200Кс)+ Оптичка мапа (ДЛЕ-1+БспК1)
Табела 1 Поређење скупова генома Муса ацумината (ДХ-Паханг).
Слика 2 Поређење архитектуре Муса генома
3rdГеном Пхаеодацтилум трицорнутум3
Наслов: Склоп генома теломера-теломераP
хаеодацтилум трицорнутум
Дои:хттпс://дои.орг/10.1101/2021.05.04.442596
Датум објаве: 4. мај 2021
Институт: Вестерн Университи, Канада
Материјали
Пхаеодацтилум трицорнутум(Збирка култура алги и протозоа ЦЦАП 1055/1)
Стратегија секвенцирања и подаци:
1 Окфорд Нанопоре минИОН проточна ћелија + 2×75 упарени крај са средњим излазом НектСек 550 рун
Слика 3 Ток рада за склапање генома теломера-теломера
4thХумани ЦХМ13 геном4
Наслов: Комплетна секвенца људског генома
Дои:хттпс://дои.орг/10.1101/2021.05.26.445798
Датум објаве: 27. мај 2021
Институт: Национални институт за здравље (НИХ), САД
Материјали: ћелијска линија ЦХМ13
Стратегија секвенцирања и подаци:
30× ПацБио кружно консензус секвенцирање (ХиФи), 120× Окфорд Нанопоре ултра-дуго секвенцирање читања, 100× Иллумина ПЦР-Фрее секвенцирање (ИЛМН), 70× Иллумина / Арима Геномицс Хи-Ц (Хи-Ц), БиоНано оптичка мапа и Странд-сек
Табела 2 Поређење склопова хуманог генома ГРЦх38 и Т2Т-ЦХМ13
Референца
1.Сергеи Нурк и др.Комплетна секвенца људског генома.биоРкив 2021.05.26.445798;дои:хттпс://дои.орг/10.1101/2021.05.26.445798
2. Царолине Белсер ет ал.Хромозоми банане без размака од теломера до теломера коришћењем секвенцирања нанопора.биоРкив 2021.04.16.440017;дои:хттпс://дои.орг/10.1101/2021.04.16.440017
3.Даниел Ј. Гигуере ет ал.Склоп генома теломера у теломере Пхаеодацтилум трицорнутум.биоРкив 2021.05.04.442596;дои:хттпс://дои.орг/10.1101/2021.05.04.442596
4. Јиа-Минг Сонг ет ал.Састављање и валидација два референтна генома без празнина за Ксиан/индица пиринач открива увид у архитектуру центромере биљака.биоРкив 2020.12.24.424073;дои:хттпс://дои.орг/10.1101/2020.12.24.424073
Време поста: Јан-06-2022