T2T জিনোম অ্যাসেম্বলি, গ্যাপ ফ্রি জিনোম
1stদুই রাইস জিনোম1
শিরোনাম: জিয়ান/ইন্ডিকা ধানের জন্য দুটি ফাঁক-মুক্ত রেফারেন্স জিনোমের সমাবেশ এবং বৈধতা প্ল্যান্ট সেন্ট্রোমিয়ার আর্কিটেকচারের অন্তর্দৃষ্টি প্রকাশ করে
দোই:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
পোস্ট করার সময়: জানুয়ারী 01, 2021।
ইনস্টিটিউট: হুয়াজং কৃষি বিশ্ববিদ্যালয়, চীন
উপকরণ
ও. স্যাটিভা জিয়ান/ইন্ডিকাধানের জাত 'ঝেনশান 97 (ZS97)' এবং 'Minghui 63 (MH63)
সিকোয়েন্সিং কৌশল
NGS পড়ে + HiFi + CLR রিড + BioNano + Hi-C
তথ্য:
ZS97: 8.34 Gb（~23x）HiFi রিডস + 48.39 Gb (~131x) CLR রিডস + 25 Gb(~69x) NGS + 2 BioNano Irys কোষ
MH63: 37.88 Gb (~103x) HiFi রিডস + 48.97 Gb (~132x) CLR রিডস + 28 Gb(~76x) NGS + 2 BioNano Irys কোষ
চিত্র 1 ধানের দুটি ফাঁক-মুক্ত জিনোম (MH63 এবং ZS97)
2ndকলা জিনোম2
শিরোনাম: ন্যানোপোর সিকোয়েন্সিং ব্যবহার করে কলার টেলোমেরে থেকে টেলোমেরে গ্যাপলেস ক্রোমোজোম
দোই:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
পোস্ট করার সময়: এপ্রিল 17, 2021।
ইনস্টিটিউট: ইউনিভার্সিটি প্যারিস-স্যাকলে, ফ্রান্স
উপকরণ
ডাবল হ্যাপ্লয়েডমুসা আকুমিনাটাএসপিপিম্যালাসেনসিস(ডিএইচ-পাহাং)
সিকোয়েন্সিং কৌশল এবং ডেটা:
HiSeq2500 PE250 মোড + MinION/ PromethION (93Gb,~200X )+ অপটিক্যাল মানচিত্র (DLE-1+BspQ1)
সারণী 1 মুসা আকুমিনাটা (ডিএইচ-পাহাং) জিনোম সমাবেশগুলির তুলনা
চিত্র 2 মুসার জিনোম স্থাপত্য তুলনা
3rdফিওড্যাক্টাইলাম ট্রাইকোর্নাটাম জিনোম3
শিরোনাম: Telomere-to-telomere জিনোম সমাবেশ এরP
হেওড্যাকটাইলাম ট্রাইকোর্নাটাম
দোই:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
পোস্ট করার সময়: মে 04, 2021
ইনস্টিটিউট: ওয়েস্টার্ন ইউনিভার্সিটি, কানাডা
উপকরণ
ফিওডাক্টাইলাম ট্রাইকোর্নাটাম(শৈবাল এবং প্রোটোজোয়া CCAP 1055/1 এর সংস্কৃতি সংগ্রহ)
সিকোয়েন্সিং কৌশল এবং ডেটা:
1 Oxford Nanopore minION ফ্লো সেল + একটি 2×75 পেয়ারড-এন্ড মিড-আউটপুট NextSeq 550 রান
টেলোমের থেকে টেলোমের জিনোম সমাবেশের জন্য চিত্র 3 ওয়ার্কফ্লো
4thমানুষের CHM13 জিনোম4
শিরোনাম: মানুষের জিনোমের সম্পূর্ণ ক্রম
দোই:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
পোস্ট করার সময়: 27 মে, 2021
ইনস্টিটিউট: ন্যাশনাল ইনস্টিটিউট অফ হেলথ (এনআইএইচ), মার্কিন যুক্তরাষ্ট্র
উপকরণ: সেল লাইন CHM13
সিকোয়েন্সিং কৌশল এবং ডেটা:
30× PacBio সার্কুলার কনসেনসাস সিকোয়েন্সিং (HiFi), 120× অক্সফোর্ড ন্যানোপোর আল্ট্রা-লং রিড সিকোয়েন্সিং, 100× ইলুমিনা পিসিআর-ফ্রি সিকোয়েন্সিং (ILMN), 70× ইলুমিনা / আরিমা জিনোমিক্স হাই-সি (হাই-এন, বায়োনো ম্যাপ), এবং Strand-seq
সারণী 2 GRCh38 এবং T2T-CHM13 মানব জিনোম সমাবেশের তুলনা
রেফারেন্স
1.Sergey Nurk et al.মানুষের জিনোমের সম্পূর্ণ ক্রম।bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.ক্যারোলিন বেলসার এবং অন্যান্য।ন্যানোপোর সিকোয়েন্সিং ব্যবহার করে কলার টেলোমের থেকে টেলোমেরের ফাঁকহীন ক্রোমোজোম।bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al.টেলোমেরে থেকে টেলোমেরের জিনোম অ্যাসেম্বলি অফ ফিওড্যাক্টাইলাম ট্রাইকোর্নাটামের।bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.জিয়া-মিং গান এবং অন্যান্য।জিয়ান/ইন্ডিকা ধানের জন্য দুটি ফাঁক-মুক্ত রেফারেন্স জিনোমের সমাবেশ এবং বৈধতা উদ্ভিদ সেন্ট্রোমিয়ার আর্কিটেকচারের অন্তর্দৃষ্টি প্রকাশ করে।bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
পোস্টের সময়: জানুয়ারি-০৬-২০২২