CYNULLIAD T2T GENOME, GENOM RHAD BWLCH
1stDau Genom Reis1
Teitl: Cydosod a Dilysu Dau Genom Cyfeirio Di-fwlch ar gyfer Xian/Indica Rice yn Datgelu Mewnwelediadau i Bensaernïaeth Planhigion Centromere
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Amser Wedi'i bostio: Ionawr 01, 2021.
Sefydliad: Prifysgol Amaethyddol Huazhong, Tsieina
Defnyddiau
O. sativa xian/indicamathau o reis 'Zhenshan 97 (ZS97)' a 'Minghui 63 (MH63)
Strategaeth ddilyniannu
Mae NGS yn darllen + HiFi yn darllen + CLR yn darllen + BioNano + Hi-C
Data:
ZS97: 8.34 Gb (~23x) Mae HiFi yn darllen + 48.39 Gb (~131x ) CLR yn darllen + 25 Gb(~69x) NGS + 2 gell BioNano Irys
MH63: 37.88 Gb (~103x) Mae HiFi yn darllen + 48.97 Gb (~132x) CLR yn darllen + 28 Gb(~76x) NGS + 2 gell BioNano Irys
Ffigur 1 Dau genom di-fwlch o reis (MH63 a ZS97)
2ndGenom Banana2
Teitl: Cromosomau di-bwlch Telomere-i-telomer o fanana gan ddefnyddio dilyniannu nanopor
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Amser Wedi'i bostio: Ebrill 17, 2021.
Sefydliad: Université Paris-Saclay, Ffrainc
Defnyddiau
haploid dwblMusa acuminatasppmalaccensis(DH-Pahang)
Strategaeth a data dilyniannu:
Modd HiSeq2500 PE250 + MinION/PromethION (93Gb, ~200X )+ Map optegol (DLE-1+BspQ1)
Tabl 1 Cymhariaeth o gynulliadau genom Musa acuminata (DH-Pahang).
Ffigur 2 Cymhariaeth pensaernïaeth genomau Musa
3rdGenom Phaeodactylum tricornutum3
Teitl: cynulliad genom Telomere-i-telomer oP
haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Amser Wedi'i bostio: Mai 04, 2021
Sefydliad: Prifysgol y Gorllewin, Canada
Defnyddiau
Phaeodactylum tricornutum(Casgliad Diwylliant o Algâu a Phrotosoa CCAP 1055/1)
Strategaeth a data dilyniannu:
1 cell llif miniION Oxford Nanopore + rhediad canol allbwn pen parau 2 × 75 NextSeq 550
Ffigur 3 Llif gwaith ar gyfer cydosod genom telomere-i-telomer
4thGenom CHM13 dynol4
Teitl: Dilyniant cyflawn genom dynol
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Amser Wedi'i bostio: Mai 27, 2021
Sefydliad: Sefydliadau Iechyd Cenedlaethol (NIH), UDA
Deunyddiau: llinell gell CHM13
Strategaeth a data dilyniannu:
Dilyniant consensws cylchol 30 × PacBio (HiFi), dilyniant darllen uwch-hir 120 × Oxford Nanopore, dilyniant 100 × Illumina PCR-Free (ILMN), 70 × Illumina / Arima Genomeg Hi-C (Hi-C), mapiau optegol BioNano, a Strand-seq
Tabl 2 Cymhariaeth o gynulliadau genom dynol GRCh38 a T2T-CHM13
Cyfeiriad
1.Sergey Nurk et al.Dilyniant cyflawn genom dynol.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Caroline Belser et al.Cromosomau di-bwlch Telomere-i-telomer o fanana gan ddefnyddio dilyniannu nanobor.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al.Cydosodiad genom Telomere-i-telomer o Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-Ming Song et al.Mae Cydosod a Dilysu Dau Genom Cyfeirio Di-fwlch ar gyfer Xian/Indica Reis yn Datgelu Mewnwelediad i Bensaernïaeth Planhigion Centromere.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Amser postio: Ionawr-06-2022