T2T GENOMA ASSAMBLY, GAP FREE GENOM
1stIkki guruch genomi1
Sarlavha: Xian/indica Rays uchun ikkita bo'shliqsiz mos yozuvlar genomlarini yig'ish va tasdiqlash o'simlik tsentromeri arxitekturasiga oid tushunchalarni ochib beradi
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
E'lon qilingan vaqti: 2021 yil 01 yanvar.
Institut: Huazhong qishloq xo'jaligi universiteti, Xitoy
Materiallar
O. sativa xian/indicaguruch navlari "Zhenshan 97 (ZS97)" va "Minghui 63 (MH63)"
Ketma-ketlik strategiyasi
NGS o'qishlari + HiFi o'qishlari + CLR o'qishlari + BioNano + Hi-C
Maʼlumotlar:
ZS97: 8,34 Gb（~23x）HiFi o‘qishlari + 48,39 Gb (~131x) CLR o‘qishlari + 25 Gb(~69x) NGS + 2 BioNano Irys xujayralari
MH63: 37,88 Gb (~103x) HiFi o‘qishlari + 48,97 Gb (~132x) CLR o‘qishlari + 28 Gb (~76x) NGS + 2 BioNano Irys xujayralari
Shakl 1 Guruchning ikkita bo'shliqsiz genomlari (MH63 va ZS97)
2ndBanan genomi2
Sarlavha: Nanopora ketma-ketligidan foydalangan holda bananning telomerdan telomeregacha bo'sh xromosomalari
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
E'lon qilingan vaqti: 2021 yil 17 aprel.
Institut: Parij-Saklay universiteti, Frantsiya
Materiallar
Ikki marta gaploidMuso acuminatasppmalacsensis(DH-Pahang)
Strategiya va ma'lumotlarni ketma-ketlashtirish:
HiSeq2500 PE250 rejimi + MinION/ PromethION (93Gb,~200X )+ Optik xarita (DLE-1+BspQ1)
1-jadval Musa acuminata (DH-Pahang) genom yig'ilishlarini taqqoslash
Shakl 2 Muso genomlari arxitekturasini taqqoslash
3rdPhaeodactylum tricornutum genomi3
Sarlavha: Telomerdan telomerga genom birikmasiP
haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
E’lon qilingan vaqti: 2021 yil 04-may
Institut: G'arbiy universitet, Kanada
Materiallar
Phaeodactylum tricornutum(Suv o'tlari va protozoa madaniyati to'plami CCAP 1055/1)
Strategiya va ma'lumotlarni ketma-ketlashtirish:
1 Oksford Nanopore minION oqim xujayrasi + 2×75 juftlashtirilgan oʻrta chiqish NextSeq 550
Shakl 3 Telomerdan telomerga genom birikmasi uchun ish jarayoni
4thInson CHM13 genomi4
Sarlavha: Inson genomining to'liq ketma-ketligi
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
E’lon qilingan vaqti: 2021 yil 27-may
Institut: Milliy Sog'liqni saqlash institutlari (NIH), AQSh
Materiallar: CHM13 hujayra liniyasi
Strategiya va ma'lumotlarni ketma-ketlashtirish:
30 × PacBio doiraviy konsensus ketma-ketligi (HiFi), 120 × Oksford Nanopore ultra-uzoq o'qish ketma-ketligi, 100 × Illumina PCR-Free sekvensiyasi (ILMN), 70 × Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), BioNano optik xaritalari, va Strand-seq
2-jadval GRCh38 va T2T-CHM13 inson genom yig'ilishlarini taqqoslash
Malumot
1.Sergey Nurk va boshqalar.Inson genomining to'liq ketma-ketligi.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Karolin Belser va boshqalar.Nanopora ketma-ketligidan foydalangan holda bananning telomerdan telomeregacha bo'sh xromosomalari.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere va boshqalar.Phaeodactylum tricornutumning telomerdan telomerga genom birikmasi.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-Ming Song va boshqalar.Xian/indica Rays uchun ikkita bo'shliqsiz mos yozuvlar genomlarini yig'ish va tasdiqlash o'simlik sentromeri arxitekturasiga oid tushunchalarni ochib beradi.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Yuborilgan vaqt: 2022 yil 06-yanvar