T2T GENOMA MUNTAIA, GAP FREE GENOMA
1stArrozaren bi genoma1
Izenburua: Hutsunerik gabeko bi erreferentzia-genomen muntaketa eta balioztapena Xian/indica Rice-rako landare-zentromeroen arkitekturari buruzko ikuspegia erakusten du
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Argitaratu ordua: 2021ko urtarrilaren 01a.
Institutua: Huazhong Nekazaritza Unibertsitatea, Txina
Materialak
O. sativa xian/indica"Zhenshan 97 (ZS97)" eta "Minghui 63 (MH63) arroz barietateak
Sekuentziazio estrategia
NGS irakurtzen + HiFi irakurtzen + CLR irakurtzen + BioNano + Hi-C
Datuak:
ZS97: 8,34 Gb（~23x）HiFi irakurtzen + 48,39 Gb (~131x) CLR irakurtzen + 25 Gb (~69x) NGS + 2 BioNano Irys zelula
MH63: 37,88 Gb (~103x) HiFi irakurketak + 48,97 Gb (~132x) CLR irakurketak + 28 Gb (~76x) NGS + 2 BioNano Irys zelula
1. Irudia Arrozaren hutsunerik gabeko bi genoma (MH63 eta ZS97)
2ndBananaren Genoma2
Izenburua: Telomerotik telomerora bananako kromosomak nanoporoen sekuentziazioa erabiliz
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Argitaratu ordua: 2021eko apirilaren 17a.
Institutua: Université Paris-Saclay, Frantzia
Materialak
Haploide bikoitzaMusa acuminatasppmalaccensis(DH-Pahang)
Sekuentziazio estrategia eta datuak:
HiSeq2500 PE250 modua + MinION/ PromethION (93Gb, ~200X)+ Mapa optikoa (DLE-1+BspQ1)
1. taula Musa acuminata (DH-Pahang) genoma-multzoen konparaketa
2. irudia Musa genomaren arkitektura konparaketa
3rdPhaeodactylum tricornutum genoma3
Izenburua: Telomere-to-telomere genom assembly ofP
haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Argitaratu ordua: 2021ko maiatzaren 04a
Institutua: Western University, Kanada
Materialak
Phaeodactylum tricornutum(Alga eta Protozooen Kultura Bilduma CCAP 1055/1)
Sekuentziazio estrategia eta datuak:
1 Oxford Nanopore minION fluxu-zelula + 2 × 75 pareko amaierako irteera erdiko NextSeq 550 korrika
3. Irudia Telomero-telomero genomaren muntaketa egiteko lan-fluxua
4thCHM13 giza genoma4
Izenburua: Giza genoma baten sekuentzia osoa
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Argitaratu ordua: 2021ko maiatzaren 27a
Institutua: Osasun Institutu Nazionalak (NIH), AEB
Materialak: CHM13 zelula-lerroa
Sekuentziazio estrategia eta datuak:
30 × PacBio zirkular adostasun sekuentziazioa (HiFi), 120 × Oxford Nanopore irakurketa ultraluzearen sekuentziazioa, 100 × Illumina PCR-Free sekuentziazioa (ILMN), 70 × Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), BioNano mapa optikoak, eta Strand-seq
2. taula GRCh38 eta T2T-CHM13 giza genomaren muntaien konparazioa
Erreferentzia
1.Sergey Nurk et al.Giza genomaren sekuentzia osoa.bioRxiv 2021.05.26.445798;egin:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Caroline Belser et al.Bananaren telomerotik telomero hutsunerik gabeko kromosomak nanoporoen sekuentziazioa erabiliz.bioRxiv 2021.04.16.440017;egin:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al.Phaeodactylum tricornutum-en telomero-telomero genomaren muntaia.bioRxiv 2021.05.04.442596;egin:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-Ming Song et al.Xian/indica Arrozentzako hutsunerik gabeko bi erreferentzia-genomak muntatzea eta balioztatzeak landare-zentromeroen arkitekturari buruzko ikuspegia erakusten du.bioRxiv 2020.12.24.424073;egin:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Argitalpenaren ordua: 2022-06-06