SESTAVENÍ GENOMU T2T, GENOM ZDARMA
1stDva rýžové genomy1
Název: Sestavení a ověření dvou referenčních genomů bez mezer pro rýži Xian/indica odhaluje pohledy na architekturu rostlin Centromere
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Čas zveřejnění: 1. ledna 2021.
Institut: Huazhong Agricultural University, Čína
Materiály
O. sativa xian/indicaodrůdy rýže „Zhenshan 97 (ZS97)“ a „Minghui 63 (MH63)
Strategie sekvenování
NGS čtení + HiFi čtení + CLR čtení + BioNano + Hi-C
Data:
ZS97: 8,34 Gb（~23x）HiFi čtení + 48,39 Gb (~131x) CLR čtení + 25 Gb (~69x) NGS + 2 BioNano Irys buňky
MH63: 37,88 Gb (~103x) HiFi čtení + 48,97 Gb (~132x) CLR čtení + 28 Gb (~76x) NGS + 2 BioNano Irys buňky
Obrázek 1 Dva genomy rýže bez mezer (MH63 a ZS97)
2ndBanánový genom2
Název: Chromozomy banánu bez mezer mezi telomerou a telomerou pomocí sekvenování nanoporů
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Čas zveřejnění: 17. dubna 2021.
Institut: Université Paris-Saclay, Francie
Materiály
Dvojitý haploidMusa acuminatasppmalaccensis(DH-Pahang)
Strategie sekvenování a data:
Režim HiSeq2500 PE250 + MinION/ PromethION (93Gb,~200X)+ Optická mapa (DLE-1+BspQ1)
Tabulka 1 Srovnání genomových souborů Musa acuminata (DH-Pahang).
Obrázek 2 Porovnání architektury genomů Musa
3rdGenom Phaeodactylum tricornutum3
Název: Sestavení genomu mezi telomerou a telomerouP
haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Čas zveřejnění: 04.05.2021
Institut: Western University, Kanada
Materiály
Phaeodactylum tricornutum(Sbírka kultur řas a prvoků CCAP 1055/1)
Strategie sekvenování a data:
1 průtoková cela Oxford Nanopore minION + 2×75 párový střední výstup NextSeq 550
Obrázek 3 Pracovní postup pro sestavení genomu telomery do telomer
4thLidský genom CHM134
Název: Kompletní sekvence lidského genomu
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Čas zveřejnění: 27. května 2021
Institut: National Institutes of Health (NIH), USA
Materiály: buněčná linie CHM13
Strategie sekvenování a data:
30× PacBio cirkulární konsensuální sekvenování (HiFi), 120× Oxford Nanopore ultra-long read sekvencování, 100× Illumina PCR-Free sekvenování (ILMN), 70× Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), BioNano optické mapy, a Strand-seq
Tabulka 2 Srovnání sestav lidského genomu GRCh38 a T2T-CHM13
Odkaz
1.Sergey Nurk a kol.Kompletní sekvence lidského genomu.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Caroline Belser a kol.Chromozomy banánu bez mezer mezi telomerou a telomerou pomocí sekvenování nanoporů.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere a kol.Sestavení genomu telomery k telomeru Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-Ming Song a kol.Sestavení a ověření dvou referenčních genomů bez mezer pro Xian/indica Rice odhaluje pohledy na architekturu rostlin Centromere.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Čas odeslání: leden-06-2022