PERAKITAN GENOME T2T, GENOME BEBAS GAP
1stDua Genom Beras1
Judul: Perakitan dan Validasi Dua Genom Referensi Bebas Celah untuk Padi Xian/indica Mengungkapkan Wawasan Mengenai Arsitektur Sentromer Tanaman
doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Waktu Diposting: 01 Januari 2021.
Institut: Universitas Pertanian Huazhong, Tiongkok
Bahan
O. sativa xian/indicavarietas padi 'Zhenshan 97 (ZS97)' dan 'Minghui 63 (MH63)
Strategi pengurutan
Pembacaan NGS + Pembacaan HiFi + Pembacaan CLR + BioNano + Hi-C
Data:
ZS97: 8,34 Gb（~23x）Pembacaan HiFi + 48,39 Gb (~131x ) Pembacaan CLR + 25 Gb(~69x) NGS + 2 sel BioNano Irys
MH63: 37,88 Gb (~103x) Pembacaan HiFi + 48,97 Gb (~132x) Pembacaan CLR + 28 Gb(~76x) NGS + 2 sel BioNano Irys
Gambar 1 Dua genom padi bebas celah (MH63 dan ZS97)
2ndGenom Pisang2
Judul: Kromosom pisang tanpa celah telomer-ke-telomer menggunakan pengurutan nanopori
doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Waktu Diposting: 17 April 2021.
Institut: Université Paris-Saclay, Prancis
Bahan
Haploid gandaMusa akuminatasppmalaccensis(DH-Pahang)
Strategi pengurutan dan data:
Mode HiSeq2500 PE250 + Minion/ PromethION (93Gb,~200X )+ Peta optik (DLE-1+BspQ1)
Tabel 1 Perbandingan kumpulan genom Musa acuminata (DH-Pahang).
Gambar 2 Perbandingan arsitektur genom Musa
3rdGenom Phaeodactylum tricornutum3
Judul: Perakitan genom telomer-ke-telomerP
haeodactylum tricornutum
doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Waktu Diposting: 04 Mei 2021
Institut: Western University, Kanada
Bahan
Phaeodactylum tricornutum(Koleksi Budaya Alga dan Protozoa CCAP 1055/1)
Strategi pengurutan dan data:
1 sel aliran Oxford Nanopore miniON + run NextSeq 550 output tengah berpasangan 2×75
Gambar 3 Alur kerja perakitan genom telomer-ke-telomer
4thGenom CHM13 manusia4
Judul: Urutan lengkap genom manusia
doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Waktu Diposting: 27 Mei 2021
Institut: Institut Kesehatan Nasional (NIH), AS
Bahan: garis sel CHM13
Strategi pengurutan dan data:
30× sekuensing konsensus melingkar PacBio (HiFi), 120× sekuensing baca ultra-panjang Oxford Nanopore, 100× sekuensing Bebas PCR Illumina (ILMN), 70× Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), peta optik BioNano, dan Strand-seq
Tabel 2 Perbandingan kumpulan genom manusia GRCh38 dan T2T-CHM13
Referensi
1.Sergey Nurk dkk.Urutan lengkap genom manusia.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Caroline Belser dkk.Kromosom pisang tanpa celah telomer-ke-telomer menggunakan sekuensing nanopori.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere dkk.Perakitan genom telomer-ke-telomer dari Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4. Lagu Jia-Ming dkk.Perakitan dan Validasi Dua Genom Referensi Bebas Celah untuk Padi Xian/indica Mengungkapkan Wawasan tentang Arsitektur Sentromer Tanaman.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Waktu posting: 06 Januari 2022