T2T-GENOOMASSEMBLAGE, GAP-VRIJ GENOOM
1stTwee rijstgenomen1
Titel: Assemblage en validatie van twee gap-free referentiegenomen voor Xian/indica-rijst onthult inzichten in de architectuur van plantencentromeren
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Geposte tijd: 1 januari 2021.
Instituut: Huazhong Agricultural University, China
Materialen
O. sativa xian/indicarijstvariëteiten 'Zhenshan 97 (ZS97)' en 'Minghui 63 (MH63)
Sequentiestrategie
NGS leest + HiFi leest + CLR leest + BioNano + Hi-C
Gegevens:
ZS97: 8,34 Gb（~23x）HiFi-lezingen + 48,39 Gb (~131x) CLR-lezingen + 25 Gb(~69x) NGS + 2 BioNano Irys-cellen
MH63: 37,88 Gb (~103x) HiFi-lezingen + 48,97 Gb (~132x) CLR-lezingen + 28 Gb(~76x) NGS + 2 BioNano Irys-cellen
Figuur 1 Twee gap-free genomen van rijst (MH63 en ZS97)
2ndBananengenoom2
Titel: Telomeer-tot-telomeer gapless chromosomen van banaan met behulp van nanoporie-sequencing
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Geposte tijd: 17 april 2021.
Instituut: Université Paris-Saclay, Frankrijk
Materialen
Dubbel haploïdeMusa acuminatasppmalaccensis(DH-Pahang)
Sequentiestrategie en gegevens:
HiSeq2500 PE250-modus + MinION/ PromethION (93Gb,~200X)+ Optische kaart (DLE-1+BspQ1)
Tabel 1 Vergelijking van Musa acuminata (DH-Pahang) genoomassemblages
Figuur 2 Vergelijking van de architectuur van Musa-genomen
3rdPhaeodactylum tricornutum-genoom3
Titel: Telomeer-tot-telomeer genoomassemblage vanP
haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Geposte tijd: 4 mei 2021
Instituut: Western University, Canada
Materialen
Phaeodactylum tricornutum(Cultuurcollectie van algen en protozoa CCAP 1055/1)
Sequentiestrategie en gegevens:
1 Oxford Nanopore minION-stroomcel + een 2x75 paired-end mid-output NextSeq 550-run
Figuur 3 Workflow voor de assemblage van telomeer-tot-telomeergenoom
4thMenselijk CHM13-genoom4
Titel: De volledige sequentie van een menselijk genoom
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Geplaatst tijd: 27 mei 2021
Instituut: National Institutes of Health (NIH), VS
Materialen: cellijn CHM13
Sequentiestrategie en gegevens:
30× PacBio circulaire consensussequencing (HiFi), 120× Oxford Nanopore ultra-long read sequencing, 100× Illumina PCR-Free sequencing (ILMN), 70× Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), BioNano optische kaarten, en Strand-seq
Tabel 2 Vergelijking van GRCh38 en T2T-CHM13 menselijke genoomassemblages
Referentie
1. Sergey Nurk et al.De volledige sequentie van een menselijk genoom.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Caroline Belser et al.Telomeer-tot-telomeer gapless chromosomen van banaan met behulp van nanoporie-sequencing.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3. Daniel J. Giguere et al.Telomeer-tot-telomeer genoomassemblage van Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-Ming Song et al.Assemblage en validatie van twee gap-free referentiegenomen voor Xian/indica-rijst onthult inzichten in de architectuur van plantencentromeren.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Posttijd: 06-jan-2022