T2T ГЕНОМДЫҚ ЖИНАУ, саңылаусыз ГЕНОМ
1stЕкі күріш геномы1
Тақырып: Сиан/индика Райс үшін бос екі анықтамалық геномды құрастыру және тексеру өсімдік центромера архитектурасы туралы түсініктерді ашады
Дой:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Жарияланған уақыты: 01.01.2021 ж.
Институт: Хуажун ауылшаруашылық университеті, Қытай
Материалдар
O. sativa xian/indica«Женьшань 97 (ZS97)» және «Минхуэй 63 (MH63) күріш сорттары
Тізбектеу стратегиясы
NGS оқиды + HiFi оқылады + CLR оқылады + BioNano + Hi-C
Деректер:
ZS97: 8,34 Гб（~23x）HiFi оқулары + 48,39 Гб (~131x) CLR оқулары + 25 Гб(~69x) NGS + 2 BioNano Irys ұяшығы
MH63: 37,88 Гб (~103x) HiFi оқулары + 48,97 Гб (~132x) CLR оқулары + 28 Гб (~76x) NGS + 2 BioNano Irys ұяшығы
1-сурет Күріштің екі бос геномы (MH63 және ZS97)
2ndБанан геномы2
Тақырып: Нанопораларды секвенирлеу арқылы бананның теломерадан теломераға дейінгі бос хромосомалары
Дой:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Жарияланған уақыты: 17 сәуір, 2021 жыл.
Институт: Париж-Саклай университеті, Франция
Материалдар
Қос гаплоидMusa acuminatasppмалацценсис(DH-Паханг)
Деректерді тізбектеу стратегиясы:
HiSeq2500 PE250 режимі + MinION/ PromethION (93 Гб,~200X )+ Оптикалық карта (DLE-1+BspQ1)
1-кесте Musa acuminata (DH-Pahang) геномдық жинақтарын салыстыру
2-сурет Мұса геномдарының архитектурасын салыстыру
3rdPheodactylum tricornutum геномы3
Тақырып: Теломера-теломера геномының жиынтығыP
haeodactylum tricornutum
Дой:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Жарияланған уақыты: 04 мамыр, 2021 жыл
Институт: Батыс университеті, Канада
Материалдар
Pheodactylum tricornutum(Балдырлар мен қарапайымдылардың мәдени жинағы CCAP 1055/1)
Деректерді тізбектеу стратегиясы:
1 Oxford Nanopore minION ағын ұяшығы + 2×75 жұптастырылған ортаңғы шығыс NextSeq 550 жұмысы
3-сурет Теломерадан теломераға геномды құрастыруға арналған жұмыс процесі
4thАдамның CHM13 геномы4
Тақырып: Адам геномының толық тізбегі
Дой:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Жарияланған уақыты: 27 мамыр, 2021 жыл
Институт: Ұлттық денсаулық институттары (NIH), АҚШ
Материалдар: CHM13 ұяшық сызығы
Деректерді тізбектеу стратегиясы:
30× PacBio дөңгелек консенсус секвенциясы (HiFi), 120× Оксфорд Nanopore ультра ұзақ оқу реттілігі, 100× Illumina ПТР-тегін секвенирлеу (ILMN), 70× Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), BioNano, және Strand-seq
2-кесте GRCh38 және T2T-CHM13 адам геномының жинақтарын салыстыру
Анықтама
1.Сергей Нурк және т.б.Адам геномының толық тізбегі.bioRxiv 2021.05.26.445798;дои:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Каролин Белсер және т.б.Нанопора секвенциясы арқылы бананның теломерадан теломераға дейінгі аралығы жоқ хромосомалары.bioRxiv 2021.04.16.440017;дои:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al.Phaeodactylum tricornutum теломера-теломера геномдық жиыны.bioRxiv 2021.05.04.442596;дои:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Цзя-Мин Сонг және т.б.Сиан/индика Райс үшін бос екі анықтамалық геномды құрастыру және тексеру өсімдік центромера архитектурасына түсініктерді ашады.bioRxiv 2020.12.24.424073;дои:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Жіберу уақыты: 06 қаңтар 2022 ж