T2T جینوم اسمبلی، گیپ فری جینوم
1stچاول کے دو جینوم1
عنوان: ژیان/انڈیکا رائس کے لیے دو گیپ فری ریفرنس جینومز کی اسمبلی اور توثیق پلانٹ سینٹرومیر فن تعمیر کی بصیرت کو ظاہر کرتی ہے۔
ڈوئی:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
اشاعت کا وقت: جنوری 01، 2021۔
انسٹی ٹیوٹ: ہوازہونگ زرعی یونیورسٹی، چین
مواد
O. sativa xian/indicaچاول کی اقسام 'Zhenshan 97 (ZS97)' اور 'Minghui 63 (MH63)
ترتیب کی حکمت عملی
NGS پڑھتا ہے + HiFi پڑھتا ہے + CLR پڑھتا ہے + BioNano + Hi-C
ڈیٹا:
ZS97: 8.34 Gb（~23x）HiFi ریڈز + 48.39 Gb (~131x) CLR ریڈز + 25 Gb(~69x) NGS + 2 BioNano Irys خلیات
MH63: 37.88 Gb (~103x) HiFi ریڈز + 48.97 Gb (~132x) CLR ریڈز + 28 Gb (~76x) NGS + 2 BioNano Irys خلیات
شکل 1 چاول کے دو خلا سے پاک جینوم (MH63 اور ZS97)
2ndکیلے کا جینوم2
عنوان: نینو پور کی ترتیب کا استعمال کرتے ہوئے کیلے کے ٹیلومیر سے ٹیلومیر گیپلیس کروموسوم
ڈوئی:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
اشاعت کا وقت: اپریل 17، 2021۔
انسٹی ٹیوٹ: یونیورسٹی پیرس سیکلے، فرانس
مواد
ڈبل ہیپلائیڈموسیٰ ایکومیناٹاایس پی پیmalaccensis(ڈی ایچ-پہنگ)
ترتیب کی حکمت عملی اور ڈیٹا:
HiSeq2500 PE250 موڈ + MinION/ PromethION (93Gb,~200X)+ آپٹیکل نقشہ (DLE-1+BspQ1)
ٹیبل 1 موسیٰ ایکومیناٹا (DH-Pahang) جینوم اسمبلیوں کا موازنہ
تصویر 2 موسیٰ جینومز فن تعمیر کا موازنہ
3rdفیوڈیکٹائلم ٹرائیکورنٹم جینوم3
عنوان: ٹیلومیر سے ٹیلومیر جینوم اسمبلی آفP
ہیوڈیکٹائلم ٹرائیکورنٹم
ڈوئی:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
اشاعت کا وقت: مئی 04، 2021
انسٹی ٹیوٹ: ویسٹرن یونیورسٹی، کینیڈا
مواد
فیوڈیکٹائلم ٹرائیکورنٹم(الگی اور پروٹوزوا کا کلچر کلیکشن CCAP 1055/1)
ترتیب کی حکمت عملی اور ڈیٹا:
1 Oxford Nanopore minION flow cell + a 2×75 paired-end mid-output NextSeq 550 رن
شکل 3 ٹیلومیر سے ٹیلومیر جینوم اسمبلی کے لیے ورک فلو
4thانسانی CHM13 جینوم4
عنوان: انسانی جینوم کی مکمل ترتیب
ڈوئی:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
اشاعت کا وقت: مئی 27، 2021
انسٹی ٹیوٹ: نیشنل انسٹی ٹیوٹ آف ہیلتھ (NIH)، USA
مواد: سیل لائن CHM13
ترتیب کی حکمت عملی اور ڈیٹا:
30× PacBio سرکلر کنسنسس سیکوینسنگ (HiFi) , 120× آکسفورڈ نانو پور الٹرا لانگ ریڈ سیکوینسنگ , 100× Illumina PCR-Free sequencing (ILMN) , 70× Illumina/Arima Genomics Hi-C (Hi-N, Biotical maps) اور Strand-seq
جدول 2 GRCh38 اور T2T-CHM13 انسانی جینوم اسمبلیوں کا موازنہ
حوالہ
1.Sergey Nurk et al.انسانی جینوم کی مکمل ترتیب۔bioRxiv 2021.05.26.445798؛doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2. کیرولین بیلسر وغیرہ۔نینو پور کی ترتیب کا استعمال کرتے ہوئے کیلے کے ٹیلومیر سے ٹیلومیر گیپلیس کروموسوم۔bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al.فیوڈیکٹائلم ٹرائیکورنٹم کی ٹیلومیر سے ٹیلومیر جینوم اسمبلی۔bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4. جیا منگ گانا وغیرہ۔ژیان/انڈیکا رائس کے لیے دو گیپ فری ریفرنس جینوم کی اسمبلی اور توثیق پلانٹ سینٹرومیر فن تعمیر کی بصیرت کو ظاہر کرتی ہے۔bioRxiv 2020.12.24.424073؛doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
پوسٹ ٹائم: جنوری 06-2022