T2T GENOME එකලස් කිරීම, GAP FREE GENOME
1stසහල් ජෙනෝම් දෙකක්1
මාතෘකාව: Xian/indica Rice සඳහා හිඩැස් රහිත විමර්ශන ජෙනෝම දෙකක එකලස් කිරීම සහ වලංගු කිරීම ශාක කේන්ද්‍රීය ගෘහ නිර්මාණ ශිල්පය පිළිබඳ තීක්ෂ්ණ බුද්ධිය හෙළි කරයි
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
පළ කළ වේලාව: 2021 ජනවාරි 01.
ආයතනය: Huazhong කෘෂිකාර්මික විශ්ව විද්‍යාලය, චීනය
ද්රව්ය
O. sativa xian/indicaසහල් වර්ග 'Zhenshan 97 (ZS97)' සහ 'Minghui 63 (MH63)
අනුපිළිවෙල උපාය
NGS කියවනවා + HiFi කියවනවා + CLR කියවනවා + BioNano + Hi-C
දත්ත:
ZS97: 8.34 Gb（~23x）HiFi කියවනවා + 48.39 Gb (~131x ) CLR කියවනවා + 25 Gb(~69x) NGS + 2 BioNano Irys සෛල
MH63: 37.88 Gb (~ 103x) HiFi කියවීම් + 48.97 Gb (~ 132x) CLR කියවයි + 28 Gb (~ 76x) NGS + 2 BioNano Irys සෛල
රූප සටහන 1 සහල්වල හිඩැස් රහිත ජෙනෝම දෙකක් (MH63 සහ ZS97)
2ndකෙසෙල් ජෙනෝමය2
මාතෘකාව: නැනෝපෝර අනුපිළිවෙල භාවිතා කරමින් කෙසෙල් වල ටෙලෝමියර්-ටෙලෝමියර් හිඩැස් නැති වර්ණදේහ
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
පළ කළ වේලාව: 2021 අප්‍රේල් 17.
ආයතනය: Université Paris-Saclay, France
ද්රව්ය
ද්විත්ව හැප්ලොයිඩ්Musa acuminatasppmalaccensis(DH-Pahang)
අනුක්‍රමික උපාය සහ දත්ත:
HiSeq2500 PE250 මාදිලිය + MinION/ PromethION (93Gb,~200X )+ ඔප්ටිකල් සිතියම (DLE-1+BspQ1)
වගුව 1 Musa acuminata (DH-Pahang) ජෙනෝම එකලස්කිරීම් සංසන්දනය
රූප සටහන 2 Musa genomes ගෘහ නිර්මාණ ශිල්පය සංසන්දනය කිරීම
3rdPheodactylum tricornutum ජෙනෝමය3
මාතෘකාව: Telomere-to-telomere ජෙනෝම එකලස් කිරීමP
haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
පළ කළ වේලාව: 2021 මැයි 04
ආයතනය: බටහිර විශ්වවිද්‍යාලය, කැනඩාව
ද්රව්ය
Pheodactylum tricornutum(ඇල්ගී සහ ප්‍රොටෝසෝවා සංස්කෘතික එකතුව CCAP 1055/1)
අනුක්‍රමික උපාය සහ දත්ත:
1 Oxford Nanopore minION ප්‍රවාහ කෝෂය + 2×75 යුගල-අවසානයේ මැද ප්‍රතිදානය NextSeq 550 ධාවනය
රූප සටහන 3 telomere-to-telomere ජෙනෝම එකලස් කිරීම සඳහා කාර්ය ප්‍රවාහය
4thමානව CHM13 ජෙනෝමය4
මාතෘකාව: මානව ජෙනෝමයක සම්පූර්ණ අනුපිළිවෙල
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
පළ කළ වේලාව: 2021 මැයි 27
ආයතනය: ජාතික සෞඛ්‍ය ආයතන (NIH), ඇමරිකා එක්සත් ජනපදය
ද්රව්ය: සෛල රේඛාව CHM13
අනුක්‍රමික උපාය සහ දත්ත:
30× PacBio වෘත්තාකාර සම්මුති අනුපිළිවෙල (HiFi) , 120× Oxford Nanopore අතිශය දිගු කියවීම අනුක්‍රමණය , 100 × Illumina PCR-නිදහස් අනුක්‍රමණය (ILMN) , 70× Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), BioNano සිතියම් සහ Strand-seq
වගුව 2 GRCh38 සහ T2T-CHM13 මානව ජෙනෝම එකලස්කිරීම් සංසන්දනය කිරීම
යොමුව
1.Sergey Nurk et al.මානව ජෙනෝමයක සම්පූර්ණ අනුපිළිවෙල.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.කැරොලයින් බෙල්සර් සහ අල්.නැනෝපෝර අනුපිළිවෙල භාවිතයෙන් කෙසෙල් වල ටෙලෝමියර්-ටෙලෝමියර් හිඩැස් රහිත වර්ණදේහ.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al.Pheodactylum tricornutum හි Telomere-to-telomere ජෙනෝම එකලස් කිරීම.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-Ming Song et al.Xian/indica Rice සඳහා හිඩැස් රහිත විමර්ශන ජෙනෝම දෙකක් එකලස් කිරීම සහ වලංගු කිරීම ශාක Centromere ගෘහ නිර්මාණ ශිල්පය පිළිබඳ තීක්ෂ්ණ බුද්ධිය හෙළි කරයි.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
පසු කාලය: ජනවාරි-06-2022