הרכבת גנום T2T, גנום ללא פער
1stשני גנומים של אורז1
כותרת: הרכבה ואימות של שני גנומי התייחסות ללא פערים לאורז שיאן/אינדיקה חושף תובנות לגבי ארכיטקטורת צנטרומר צמחים
דואי:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
זמן פרסום: 1 בינואר 2021.
מכון: Huazhong Agricultural University, סין
חומרים
O. sativa xian/indicaזני אורז 'Zhenshan 97 (ZS97)' ו-'Minghui 63 (MH63)
אסטרטגיית רצף
קריאת NGS + קריאת HiFi + קריאת CLR + BioNano + Hi-C
נתונים:
ZS97: 8.34 Gb（~23x） קריאות HiFi + 48.39 Gb (~131x) קריאות CLR + 25 Gb(~69x) NGS + 2 תאי BioNano Irys
MH63: 37.88 ג'יגה-בייט (כ-103x) קריאות HiFi + 48.97 ג'יגה-בייט (כ-132x) קריאות CLR + 28 ג'יגה-בייט (כ-76x) NGS + 2 תאי BioNano Irys
איור 1 שני גנומים ללא פערים של אורז (MH63 ו-ZS97)
2ndגנום בננה2
כותרת: כרומוזומים חסרי מרווחים מטלומרים לטלומרים של בננה באמצעות רצף ננופוריים
דואי:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
זמן פרסום: 17 באפריל, 2021.
מכון: Université Paris-Saclay, צרפת
חומרים
הפלואיד כפולMusa acuminatasppmalacensis(DH-Pahang)
אסטרטגיית רצף ונתונים:
מצב HiSeq2500 PE250 + MinION/PromethION (93Gb,~200X)+ מפה אופטית (DLE-1+BspQ1)
טבלה 1 השוואה בין מכלולי הגנום של Musa acuminata (DH-Pahang).
איור 2 השוואת ארכיטקטורת גנומים של מוסה
3rdגנום Phaeodactylum tricornutum3
כותרת: הרכבת גנום טלומר לטלומר שלP
haeodactylum tricornutum
דואי:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
זמן פרסום: 4 במאי 2021
מכון: אוניברסיטת ווסטרן, קנדה
חומרים
Phaeodactylum tricornutum(אוסף תרבות של אצות ופרוטוזואה CCAP 1055/1)
אסטרטגיית רצף ונתונים:
תא זרימה אחד של אוקספורד Nanopore minION + ריצת NextSeq 550 עם קצה אמצע-פלט זוגי בגודל 2×75
איור 3 זרימת עבודה להרכבת גנום טלומר לטלומר
4thגנום CHM13 האנושי4
כותרת: הרצף המלא של הגנום האנושי
דואי:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
זמן פרסום: 27 במאי 2021
המכון: המכון הלאומי לבריאות (NIH), ארה"ב
חומרים: קו תאים CHM13
אסטרטגיית רצף ונתונים:
30× רצף קונצנזוס מעגלי PacBio (HiFi), 120× אוקספורד Nanopore רצף קריאה ארוך במיוחד, 100× Illumina PCR-Free רצף (ILMN), 70× Illumina / Arima Genomics Hi-C (מפה אופטית Hi-C), BioNano ו-Strand-seq
טבלה 2 השוואה של מכלולי הגנום האנושי GRCh38 ו-T2T-CHM13
התייחסות
1. סרגיי נורק וחב'.הרצף המלא של הגנום האנושי.bioRxiv 2021.05.26.445798;דוי:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2. קרוליין בלסר וחב'.כרומוזומים ללא פערים מטלומרים לטלומרים של בננה באמצעות רצף ננופורי.bioRxiv 2021.04.16.440017;דוי:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al.הרכבת גנום טלומר לטלומר של Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596;דוי:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-Ming Song et al.הרכבה ואימות של שני גנומי התייחסות ללא פערים לאורז שיאן/אינדיקה חושף תובנות לגבי ארכיטקטורת צנטרומר צמחים.bioRxiv 2020.12.24.424073;דוי:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
זמן פרסום: ינואר-06-2022