SESTAVLJANJE GENOMA T2T, GENOM BREZ VRZELI
1stDva riževa genoma1
Naslov: Sestavljanje in validacija dveh referenčnih genomov brez vrzeli za Xian/indica riž razkriva vpogled v arhitekturo rastlinskih centromer
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Čas objave: 1. januar 2021.
Inštitut: Huazhong Agricultural University, Kitajska
Materiali
O. sativa xian/indicasorte riža 'Zhenshan 97 (ZS97)' in 'Minghui 63 (MH63)
Strategija zaporedja
NGS bere + HiFi bere + CLR bere + BioNano + Hi-C
podatki:
ZS97: 8,34 Gb（~23x）HiFi branja + 48,39 Gb (~131x) CLR branja + 25 Gb(~69x) NGS + 2 celici BioNano Irys
MH63: 37,88 Gb (~103x) HiFi branja + 48,97 Gb (~132x) CLR branja + 28 Gb (~76x) NGS + 2 celici BioNano Irys
Slika 1 Dva genoma riža brez vrzeli (MH63 in ZS97)
2ndBananin genom2
Naslov: Kromosomi banane brez vrzeli od telomera do telomera z uporabo sekvenciranja nanopor
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Čas objave: 17. april 2021.
Inštitut: Université Paris-Saclay, Francija
Materiali
Dvojni haploidMusa acuminatasppmalaccensis(DH-Pahang)
Strategija zaporedja in podatki:
Način HiSeq2500 PE250 + MinION/ PromethION (93Gb,~200X )+ optični zemljevid (DLE-1+BspQ1)
Tabela 1 Primerjava sklopov genoma Musa acuminata (DH-Pahang).
Slika 2 Primerjava arhitekture genomov Musa
3rdGenom Phaeodactylum tricornutum3
Naslov: Sestavljanje genoma od telomera do telomeraP
haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Čas objave: 4. maj 2021
Inštitut: Western University, Kanada
Materiali
Phaeodactylum tricornutum(Zbirka kulture alg in praživali CCAP 1055/1)
Strategija zaporedja in podatki:
1 pretočna celica Oxford Nanopore minION + serija NextSeq 550 s parnim koncem srednjega izhoda 2 × 75
Slika 3 Delovni tok za sestavljanje genoma od telomera do telomera
4thČloveški genom CHM134
Naslov: Celotno zaporedje človeškega genoma
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Čas objave: 27. maj 2021
Inštitut: Nacionalni inštitut za zdravje (NIH), ZDA
Materiali: celična linija CHM13
Strategija zaporedja in podatki:
30× PacBio circular consensus sequencing (HiFi), 120× Oxford Nanopore ultra-long read sequencing, 100× Illumina PCR-Free sequencing (ILMN), 70× Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), optični zemljevidi BioNano, in Strand-seq
Tabela 2 Primerjava sklopov človeškega genoma GRCh38 in T2T-CHM13
Referenca
1.Sergey Nurk idr.Celotno zaporedje človeškega genoma.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Caroline Belser et al.Kromosomi banane brez presledkov telomera do telomera z uporabo sekvenciranja nanopor.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3. Daniel J. Giguere et al.Sestavljanje genoma od telomera do telomera Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4. Jia-Ming Song et al.Sestavljanje in validacija dveh referenčnih genomov brez vrzeli za riž Xian/indica razkriva vpogled v arhitekturo rastlinskih centromer.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Čas objave: 6. januarja 2022