T2T геномдук Ассамблея, боштук бош геном
1stЭки күрүч геному1
Аталышы: Xian/indica Райс үчүн эки боштуксуз маалымдама геномунун жыйындысы жана валидациясы Өсүмдүк центромера архитектурасына түшүнүктөрдү ачып берет
Дой:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Жарыяланган убактысы: 01-январь, 2021-жыл.
Институт: Хуажун айыл чарба университети, Кытай
Материалдар
O. sativa xian/indicaкүрүч сорттору "Zhenshan 97 (ZS97)" жана "Minghui 63 (MH63)"
Секвенирлөө стратегиясы
NGS окуйт + HiFi окуйт + CLR окуйт + BioNano + Hi-C
Маалыматтар:
ZS97: 8,34 Гб（~23x）HiFi окуйт + 48,39 Гб (~131x) CLR окуйт + 25 Гб(~69x) NGS + 2 BioNano Irys клеткалары
MH63: 37,88 Гб (~103x) HiFi окуулары + 48,97 Гб (~132x) CLR окуулары + 28 Гб(~76x) NGS + 2 BioNano Irys клеткалары
Сүрөт 1 күрүчтүн эки боштуксуз геному (MH63 жана ZS97)
2ndБанан геному2
Аталышы: Нанопур секвенирлөөнүн жардамы менен банандын теломерден теломерге чейинки бош хромосомалары
Дой:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Жарыяланган убактысы: 17-апрель, 2021-жыл.
Институт: Париж-Саклай университети, Франция
Материалдар
Кош гаплоидMusa acuminatasppmalaccensis(DH-Pahang)
Стратегия жана маалыматтарды тизмектөө:
HiSeq2500 PE250 режими + MinION/ PromethION (93Gb,~200X )+ Оптикалык карта (DLE-1+BspQ1)
Таблица 1 Муса acuminata (DH-Pahang) геномдук жыйындарды салыштыруу
Сүрөт 2 Муса геномунун архитектурасын салыштыруу
3rdPhaeodactylum tricornutum геному3
Аталышы: Теломерадан теломерге геномдун жыйындысыP
haeodactylum tricornutum
Дой:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Жарыяланган убактысы: 04-май, 2021-жыл
Институт: Батыш университети, Канада
Материалдар
Phaeodactylum tricornutum(Балдырлардын жана жөнөкөйлөрдүн маданият жыйнагы CCAP 1055/1)
Стратегия жана маалыматтарды тизмектөө:
1 Oxford Nanopore minION агым клеткасы + 2×75 жупташкан аягы орто чыгаруу NextSeq 550 иштетүү
3-сүрөт Теломерадан теломерага геномду чогултуу үчүн иштөө процесси
4thАдамдын CHM13 геному4
Аталышы: Адам геномунун толук ырааттуулугу
Дой:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Жарыяланган убактысы: 27-май, 2021-жыл
Институт: Улуттук Саламаттыкты сактоо Институту (NIH), АКШ
Материалдар: CHM13 клетка линиясы
Стратегия жана маалыматтарды тизмектөө:
30× PacBio тегерек консенсус ырааттуулугу (HiFi), 120× Оксфорд Nanopore ультра узун окуу секвенциясы, 100× Illumina PCRсиз секвенирлөө (ILMN), 70× Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), BioNano оптикалык карталары, жана Strand-seq
Таблица 2 GRCh38 жана T2T-CHM13 адам геномунун жыйындыларын салыштыруу
Шилтеме
1.Сергей Нурк жана башкалар.Адам геномунун толук ырааттуулугу.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Каролин Белсер жана башкалар.Банандын теломерден теломерге боштуксуз хромосомалары нанопур секвенирлөө аркылуу.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al.Phaeodactylum tricornutum теломера-теломера геномунун жыйындысы.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-Ming Song et al.Xian/indica Райс үчүн эки боштуксуз маалымдама геномунун жыйындысы жана валидациясы Өсүмдүк центромера архитектурасына түшүнүктөрдү ачып берет.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Посттун убактысы: 2022-жылдын 6-январына чейин