تجميع الجينوم T2T، الجينوم الخالي من الفجوات
1stاثنان من جينومات الأرز1
العنوان: تجميع اثنين من الجينومات المرجعية الخالية من الفجوات لأرز زيان/إنديكا والتحقق من صحتهما يكشف عن رؤى ثاقبة حول بنية نبات سنترومير
دوى:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
تاريخ النشر: 01 يناير 2021.
المعهد: جامعة هواتشونغ الزراعية، الصين
مواد
O. ساتيفا شيان/إنديكاأصناف الأرز "Zhenshan 97 (ZS97)" و"Minghui 63 (MH63)"
استراتيجية التسلسل
يقرأ NGS + يقرأ HiFi + يقرأ CLR + BioNano + Hi-C
بيانات:
ZS97: 8.34 جيجا بايت (~23x) قراءة HiFi + 48.39 جيجا بايت (~131x) قراءة CLR + 25 جيجا بايت (~69x) NGS + 2 خلايا BioNano Irys
MH63: 37.88 جيجا بايت (~103x) قراءة HiFi + 48.97 جيجا بايت (~132x) قراءة CLR + 28 جيجا بايت (~76x) NGS + 2 خلايا BioNano Irys
الشكل 1: جينومان خاليان من الفجوات للأرز (MH63 وZS97)
2ndجينوم الموز2
العنوان: كروموسومات خالية من الفجوات من التيلومير إلى التيلومير في الموز باستخدام تسلسل ثقب النانو
دوى:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
تاريخ النشر: 17 أبريل 2021.
المعهد: جامعة باريس ساكلاي، فرنسا
مواد
فرداني مزدوجموسى مؤنفالنيابةسوء التغذية(دي إتش-باهانج)
استراتيجية التسلسل والبيانات:
وضع HiSeq2500 PE250 + MinION/ PromethION (93 جيجا بايت،~200X )+ خريطة بصرية (DLE-1+BspQ1)
الجدول بالحجم الكامل
الشكل 2: مقارنة بنية جينومات موسى
3rdالجينوم Phaeodactylum tricornutum3
العنوان: تجميع الجينوم من التيلومير إلى التيلوميرP
هيوداكتيلوم ثلاثي القرن
دوى:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
وقت النشر: 04 مايو 2021
المعهد: الجامعة الغربية، كندا
مواد
Phaeodactylum tricornutum(مجموعة ثقافة الطحالب والطفيليات CCAP 1055/1)
استراتيجية التسلسل والبيانات:
1 خلية تدفق Oxford Nanopore minION + 2×75 نهاية مزدوجة للإخراج المتوسط NextSeq 550
الشكل 3: سير العمل لتجميع الجينوم من التيلومير إلى التيلومير
4thالجينوم البشري CHM134
العنوان: التسلسل الكامل للجينوم البشري
دوى:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
وقت النشر: 27 مايو 2021
المعهد: المعاهد الوطنية للصحة (NIH)، الولايات المتحدة الأمريكية
المواد: خط الخلية CHM13
استراتيجية التسلسل والبيانات:
30 × تسلسل توافقي دائري PacBio (HiFi)، 120 × تسلسل قراءة طويل جدًا من Oxford Nanopore، 100 × تسلسل Illumina PCR-Free (ILMN)، 70 × Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C)، خرائط BioNano البصرية، و ستراند-seq
الجدول بالحجم الكامل
مرجع
1. سيرجي نورك وآخرون.التسلسل الكامل للجينوم البشري.bioRxiv 2021.05.26.445798;دوى:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2. كارولين بيلسر وآخرون.كروموسومات خالية من الفجوات من التيلومير إلى التيلومير في الموز باستخدام تسلسل ثقب النانو.bioRxiv 2021.04.16.440017;دوى:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.دانيال جي جيجير وآخرون.تجميع الجينوم من التيلومير إلى التيلومير لـ Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596;دوى:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4. جيا مينغ سونغ وآخرون.التجميع والتحقق من صحة اثنين من الجينومات المرجعية الخالية من الفجوات لأرز زيان/إنديكا يكشف عن رؤى ثاقبة حول بنية نبات سنترومير.بيوركسيف 2020.12.24.424073;دوى:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
وقت النشر: 06 يناير 2022