ASAMBLEA DE XENOMA T2T, XENOMA LIBRE DE GAP
1stDous xenomas do arroz1
Título: A montaxe e validación de dous xenomas de referencia sen brechas para o arroz Xian/indica revela coñecementos sobre a arquitectura de centrómeros vexetais
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Data de publicación: 01 de xaneiro de 2021.
Instituto: Huazhong Agricultural University, China
Materiais
O. sativa xian/indicavariedades de arroz "Zhenshan 97 (ZS97)" e "Minghui 63 (MH63)
Estratexia de secuenciación
Lecturas NGS + lecturas HiFi + lecturas CLR + BioNano + Hi-C
Datos:
ZS97: 8,34 Gb (~23x) lecturas HiFi + 48,39 Gb (~131x) lecturas CLR + 25 Gb (~69x) NGS + 2 células BioNano Irys
MH63: 37,88 Gb (~103x) lecturas HiFi + 48,97 Gb (~132x) lecturas CLR + 28 Gb (~76x) NGS + 2 células BioNano Irys
Figura 1 Dous xenomas de arroz sen brecha (MH63 e ZS97)
2ndXenoma do plátano2
Título: cromosomas sen intervalos de telómero a telómero de plátano mediante secuenciación de nanoporos
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Data de publicación: 17 de abril de 2021.
Instituto: Université Paris-Saclay, Francia
Materiais
Dobre haploideMusa acuminatasppmalaccensis(DH-Pahang)
Estratexia de secuenciación e datos:
Modo HiSeq2500 PE250 + MinION/ PromethION (93Gb, ~200X)+ Mapa óptico (DLE-1+BspQ1)
Táboa 1 Comparación de conxuntos de xenoma de Musa acuminata (DH-Pahang).
Figura 2 Comparación da arquitectura dos xenomas de Musa
3rdXenoma de Phaeodactylum tricornutum3
Título: Ensamblaxe de xenoma de telómero a telómeroP
haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Data de publicación: 04 de maio de 2021
Instituto: Western University, Canadá
Materiais
Phaeodactylum tricornutum(Colección Cultural de Algas e Protozoos CCAP 1055/1)
Estratexia de secuenciación e datos:
1 célula de fluxo Oxford Nanopore minION + unha saída media de 2×75 NextSeq 550
Figura 3 Fluxo de traballo para a ensamblaxe do xenoma de telómero a telómero
4thXenoma humano CHM134
Título: A secuencia completa dun xenoma humano
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Data de publicación: 27 de maio de 2021
Instituto: Institutos Nacionais de Saúde (NIH), EUA
Materiais: liña celular CHM13
Estratexia de secuenciación e datos:
30 × secuenciación de consenso circular PacBio (HiFi), 120 × secuenciación de lectura ultralarga Oxford Nanopore, 100 × secuenciación Illumina PCR-Free (ILMN) , 70 × Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), mapas ópticos BioNano, e Strand-seq
Táboa 2 Comparación dos conxuntos de xenoma humano GRCh38 e T2T-CHM13
Referencia
1.Sergey Nurk et al.A secuencia completa dun xenoma humano.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Caroline Belser et al.Cromosomas sen fendas de telómero a telómero de plátano mediante secuenciación de nanoporos.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al.Ensamblaxe do xenoma de telómero a telómero de Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-Ming Song et al.A montaxe e validación de dous xenomas de referencia sen brechas para o arroz Xian/indica revela información sobre a arquitectura do centrómero vexetal.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Hora de publicación: Xaneiro-06-2022