T2T જીનોમ એસેમ્બલી, ગેપ ફ્રી જીનોમ
1stબે ચોખા જીનોમ1
શીર્ષક: ઝિયાન/ઇન્ડિકા ચોખા માટે બે ગેપ-ફ્રી સંદર્ભ જીનોમનું એસેમ્બલી અને માન્યતા પ્લાન્ટ સેન્ટ્રોમેર આર્કિટેક્ચરમાં આંતરદૃષ્ટિ દર્શાવે છે
ડોઈhttps://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
પોસ્ટ સમય: જાન્યુઆરી 01, 2021.
સંસ્થા: હુઆઝોંગ એગ્રીકલ્ચર યુનિવર્સિટી, ચીન
સામગ્રી
ઓ. સટીવા ઝિયાન/ઇન્ડિકાચોખાની જાતો 'ઝેનશાન 97 (ZS97)' અને 'Minghui 63 (MH63)
સિક્વન્સિંગ વ્યૂહરચના
NGS વાંચે છે + HiFi વાંચે છે + CLR વાંચે છે + BioNano + Hi-C
ડેટા:
ZS97: 8.34 Gb（~23x）HiFi રીડ્સ + 48.39 Gb (~131x) CLR રીડ્સ + 25 Gb(~69x) NGS + 2 BioNano Irys કોષો
MH63: 37.88 Gb (~103x) HiFi રીડ્સ + 48.97 Gb (~132x) CLR રીડ્સ + 28 Gb(~76x) NGS + 2 BioNano Irys કોષો
આકૃતિ 1 ચોખાના બે ગેપ-ફ્રી જીનોમ (MH63 અને ZS97)
2ndબનાના જીનોમ2
શીર્ષક: નેનોપોર સિક્વન્સિંગનો ઉપયોગ કરીને કેળાના ટેલોમેર-ટુ-ટેલોમેર ગેપલેસ રંગસૂત્રો
ડોઈhttps://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
પોસ્ટ કરેલ સમય: એપ્રિલ 17, 2021.
સંસ્થા: યુનિવર્સિટી પેરિસ-સેક્લે, ફ્રાન્સ
સામગ્રી
ડબલ હેપ્લોઇડમુસા એક્યુમિનાટાએસપીપીmalaccensis(ડીએચ-પહાંગ)
સિક્વન્સિંગ વ્યૂહરચના અને ડેટા:
HiSeq2500 PE250 મોડ + MinION/ PromethION (93Gb,~200X)+ ઓપ્ટિકલ મેપ (DLE-1+BspQ1)
કોષ્ટક 1 મુસા એક્યુમિનાટા (ડીએચ-પહાંગ) જીનોમ એસેમ્બલીની સરખામણી
આકૃતિ 2 મુસા જીનોમ આર્કિટેક્ચર સરખામણી
3rdફાયોડેક્ટીલમ ટ્રાઇકોર્નટમ જીનોમ3
શીર્ષક: ટેલોમેર-ટુ-ટેલોમેર જીનોમ એસેમ્બલી ઓફP
હાઈઓડેક્ટીલમ ટ્રાઈકોર્નટમ
ડોઈhttps://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
પોસ્ટ કરેલ સમય: મે 04, 2021
સંસ્થા: વેસ્ટર્ન યુનિવર્સિટી, કેનેડા
સામગ્રી
ફાયોડેક્ટિલમ ટ્રાઇકોર્નટમ(શેવાળ અને પ્રોટોઝોઆનું કલ્ચર કલેક્શન CCAP 1055/1)
સિક્વન્સિંગ વ્યૂહરચના અને ડેટા:
1 ઓક્સફોર્ડ નેનોપોર મિનિઅન ફ્લો સેલ + એ 2×75 જોડી-એન્ડ મિડ-આઉટપુટ NextSeq 550 રન
આકૃતિ 3 ટેલોમેર-ટુ-ટેલોમેર જીનોમ એસેમ્બલી માટે વર્કફ્લો
4thમાનવ CHM13 જીનોમ4
શીર્ષક: માનવ જીનોમનો સંપૂર્ણ ક્રમ
ડોઈhttps://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
પોસ્ટ કરવાનો સમય: મે 27, 2021
સંસ્થા: નેશનલ ઇન્સ્ટિટ્યુટ ઑફ હેલ્થ (NIH), યુએસએ
સામગ્રી: સેલ લાઇન CHM13
સિક્વન્સિંગ વ્યૂહરચના અને ડેટા:
30× PacBio પરિપત્ર સર્વસંમતિ સિક્વન્સિંગ (HiFi), 120× ઓક્સફર્ડ નેનોપોર અલ્ટ્રા-લોંગ રીડ સિક્વન્સિંગ, 100× ઇલુમિના પીસીઆર-ફ્રી સિક્વન્સિંગ (ILMN), 70× ઇલુમિના / અરિમા જીનોમિક્સ હાઇ-સી (હાય-એન, બાયો-સી), અને સ્ટ્રાન્ડ-સેક
કોષ્ટક 2 GRCh38 અને T2T-CHM13 માનવ જીનોમ એસેમ્બલીની સરખામણી
સંદર્ભ
1.સર્ગેઈ નુર્ક એટ અલ.માનવ જીનોમનો સંપૂર્ણ ક્રમ.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.કેરોલિન બેલ્સર એટ અલ.નેનોપોર સિક્વન્સિંગનો ઉપયોગ કરીને કેળાના ટેલોમેરથી ટેલોમેર ગેપલેસ રંગસૂત્રો.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al.ફાયોડેક્ટીલમ ટ્રાઇકોર્નટમનું ટેલોમેર-ટુ-ટેલોમેર જીનોમ એસેમ્બલી.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4. જિયા-મિંગ સોંગ એટ અલ.ઝિયાન/ઇન્ડિકા રાઇસ માટે બે ગેપ-ફ્રી રેફરન્સ જીનોમનું એસેમ્બલી અને માન્યતા પ્લાન્ટ સેન્ટ્રોમેર આર્કિટેક્ચરની આંતરદૃષ્ટિ દર્શાવે છે.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
પોસ્ટ સમય: જાન્યુઆરી-06-2022