LẮP RÁP GENOME T2T, GENOME FREE GAP
1stHai bộ gen lúa1
Tiêu đề: Lắp ráp và xác nhận hai bộ gen tham chiếu không có khoảng cách cho lúa Xian/indica tiết lộ những hiểu biết sâu sắc về kiến trúc tâm động thực vật
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Thời gian đăng: 01/01/2021.
Viện: Đại học Nông nghiệp Huazhong, Trung Quốc
Nguyên vật liệu
O. sativa xian/indicagiống lúa 'Zhenshan 97 (ZS97)' và 'Minghui 63 (MH63)
Chiến lược tuần tự
Đọc NGS + Đọc HiFi + Đọc CLR + BioNano + Hi-C
Dữ liệu:
ZS97: 8,34 Gb（~23x)Đọc HiFi + 48,39 Gb (~131x ) Đọc CLR + 25 Gb(~69x) NGS + 2 tế bào BioNano Irys
MH63: 37,88 Gb (~103x) Số lần đọc HiFi + 48,97 Gb (~132x) Số lần đọc CLR + 28 Gb(~76x) NGS + 2 ô BioNano Irys
Hình 1 Hai bộ gen không có khoảng cách của cây lúa (MH63 và ZS97)
2ndBộ gen chuối2
Tiêu đề: Nhiễm sắc thể không khoảng cách từ telomere đến telomere của chuối sử dụng phương pháp giải trình tự nanopore
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Thời gian đăng: 17/04/2021.
Viện: Đại học Paris-Saclay, Pháp
Nguyên vật liệu
đơn bội đôiMusa acuminatasppmalaccensis(DH-Pahang)
Chiến lược tuần tự và dữ liệu:
Chế độ HiSeq2500 PE250 + MinION/ PromethION (93Gb,~200X )+ Bản đồ quang học (DLE-1+BspQ1)
Bảng 1 So sánh tập hợp bộ gen Musa acuminata (DH-Pahang)
Hình 2 So sánh kiến trúc bộ gen Musa
3rdBộ gen Phaeodactylum tricornutum3
Tiêu đề: Tập hợp bộ gen telomere-to-telomere củaP
heodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Thời gian đăng: 04/05/2021
Viện: Đại học Western, Canada
Nguyên vật liệu
Phaeodactylum tricornutum(Bộ sưu tập nuôi cấy Tảo và Động vật nguyên sinh CCAP 1055/1)
Chiến lược tuần tự và dữ liệu:
1 ô lưu lượng minION Oxford Nanopore + một đầu ra giữa hai đầu ghép đôi 2×75 chạy NextSeq 550
Hình 3 Quy trình lắp ráp bộ gen telomere-to-telomere
4thBộ gen CHM13 của con người4
Tiêu đề: Trình tự hoàn chỉnh của bộ gen người
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Thời gian đăng: 27/05/2021
Viện: Viện Y tế Quốc gia (NIH), Hoa Kỳ
Nguyên liệu: dòng tế bào CHM13
Chiến lược tuần tự và dữ liệu:
30× Trình tự đồng thuận vòng tròn PacBio (HiFi), 120× Trình tự đọc siêu dài Oxford Nanopore, 100× Trình tự không cần PCR Illumina (ILMN), 70× Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), bản đồ quang học BioNano, và Strand-seq
Bảng 2 So sánh tập hợp bộ gen người GRCh38 và T2T-CHM13
Thẩm quyền giải quyết
1.Sergey Nurk và cộng sự.Trình tự hoàn chỉnh của bộ gen người.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Caroline Belser và cộng sự.Nhiễm sắc thể không khoảng cách từ telomere đến telomere của chuối sử dụng trình tự nanopore.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere và cộng sự.Tập hợp bộ gen telomere-to-telomere của Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-Ming Song và cộng sự.Lắp ráp và xác nhận hai bộ gen tham chiếu không có khoảng cách cho lúa Xian/indica tiết lộ những hiểu biết sâu sắc về kiến trúc trung tâm thực vật.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Thời gian đăng: Jan-06-2022