T2T GENOM ÖSSZESZERELÉS, RÉSZMENTES GENOM
1stKét rizs genom1
Cím: A Xian/indica rizs két hézagmentes referenciagenomjának összeállítása és validálása betekintést enged a növényi Centromere építészetébe
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Feladás időpontja: 2021. január 01.
Intézet: Huazhong Agricultural University, Kína
Anyagok
O. sativa xian/indica„Zhenshan 97 (ZS97)” és „Minghui 63 (MH63)” rizsfajták
Szekvenálási stratégia
NGS olvas + HiFi olvas + CLR olvas + BioNano + Hi-C
Adat:
ZS97: 8,34 Gb (~ 23x) HiFi olvasás + 48,39 Gb (~ 131x ) CLR olvasás + 25 Gb (~ 69x) NGS + 2 BioNano Irys cella
MH63: 37,88 Gb (~103x) HiFi olvasás + 48,97 Gb (~132x) CLR olvasás + 28 Gb (~76x) NGS + 2 BioNano Irys cella
1. ábra: A rizs két hézagmentes genomja (MH63 és ZS97)
2ndBanán genom2
Cím: A banán telomer-telomer hézagmentes kromoszómái nanopórusos szekvenálás segítségével
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Feladás időpontja: 2021. április 17.
Intézet: Université Paris-Saclay, Franciaország
Anyagok
Dupla haploidMusa acuminatasppmalaccensis(DH-Pahang)
Szekvenálási stratégia és adatok:
HiSeq2500 PE250 mód + MinION/ PromethION (93Gb, ~200X )+ Optikai térkép (DLE-1+BspQ1)
1. táblázat: Musa acuminata (DH-Pahang) genom-összeállítások összehasonlítása
2. ábra Musa genom architektúra összehasonlítása
3rdPhaeodactylum tricornutum genom3
Cím: Telomer-telomer genom összeállításP
haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Feladás időpontja: 2021. május 04
Intézet: Western University, Kanada
Anyagok
Phaeodactylum tricornutum(Alga- és protozoakultúra-gyűjtemény, CCAP 1055/1)
Szekvenálási stratégia és adatok:
1 Oxford Nanopore minION áramlási cella + egy 2×75-ös páros végű közepes kimenetű NextSeq 550 futtatás
3. ábra A telomer-telomer genom összeállítás munkafolyamata
4thHumán CHM13 genom4
Cím: Az emberi genom teljes szekvenciája
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Feladás időpontja: 2021. május 27
Intézet: National Institutes of Health (NIH), USA
Anyagok: CHM13 sejtvonal
Szekvenálási stratégia és adatok:
30× PacBio körkörös konszenzusos szekvenálás (HiFi), 120× Oxford Nanopore ultra-hosszú olvasási szekvenálás, 100× Illumina PCR-mentes szekvenálás (ILMN), 70× Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), BioNano optikai térkép és Strand-seq
2. táblázat A GRCh38 és a T2T-CHM13 humán genom szerelvények összehasonlítása
Referencia
1. Sergey Nurk et al.Az emberi genom teljes szekvenciája.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2. Caroline Belser et al.A banán telomer-telomer hézagmentes kromoszómái nanopórusos szekvenálás segítségével.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al.A Phaeodactylum tricornutum telomer-telomer genom összeállítása.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4. Jia-Ming Song et al.A Xian/indica rizs két hézagmentes referenciagenomjának összeállítása és érvényesítése betekintést enged a növényi Centromere építészetbe.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Feladás időpontja: 2022-06-06