T2T ゲノムアセンブリ、ギャップフリーゲノム
1st2つのイネゲノム1
タイトル: 西安/インディカ米の 2 つのギャップフリー参照ゲノムのアセンブリと検証により、植物のセントロメア構造に関する洞察が明らかに
土井：https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
投稿日時: 2021年01月01日。
研究機関: 中国華中農業大学
材料
O.サティバ シアン/インディカ米品種「鎮山97（ZS97）」と「明慧63（MH63）」
シーケンス戦略
NGS 読み取り + HiFi 読み取り + CLR 読み取り + BioNano + Hi-C
データ：
ZS97: 8.34 Gb（~23x）HiFi 読み取り + 48.39 Gb (~131x ) CLR 読み取り + 25 Gb (~69x) NGS + 2 BioNano Irys セル
MH63: 37.88 Gb (~103x) HiFi 読み取り + 48.97 Gb (~132x) CLR 読み取り + 28 Gb (~76x) NGS + 2 BioNano Irys セル
図 1 イネの 2 つのギャップのないゲノム (MH63 および ZS97)
2ndバナナゲノム2
タイトル: ナノポアシーケンスを使用したバナナのテロメア間ギャップレス染色体
土井：https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
投稿日時: 2021年4月17日。
研究機関: パリサクレー大学、フランス
材料
二重一倍体尖圭コンジローム種マラセンシス(DH-パハン州)
シーケンス戦略とデータ:
HiSeq2500 PE250 モード + MinION/PromethION (93Gb、~200X )+ 光学マップ (DLE-1+BspQ1)
表 1 Musa acuminata (DH-Pahang) ゲノム アセンブリの比較
図 2 Musa ゲノムのアーキテクチャの比較
3rdPhaeodactylum tricornutum ゲノム3
タイトル: テロメアからテロメアへのゲノムアセンブリP
ヘオダクティラム・トリコルヌタム
土井：https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
投稿時間: 2021 年 5 月 4 日
研究機関: ウェスタン大学、カナダ
材料
フェオダクティラム・トリコルヌタム(藻類および原生動物の培養コレクション CCAP 1055/1)
シーケンス戦略とデータ:
1 Oxford Nanopore minION フローセル + 2×75 ペアエンドミッド出力 NextSeq 550 ラン
図 3 テロメアからテロメアへのゲノム構築のワークフロー
4thヒトCHM13ゲノム4
タイトル: ヒトゲノムの完全な配列
土井：https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
投稿時間: 2021 年 5 月 27 日
研究所: 米国国立衛生研究所 (NIH)、米国
材料: 細胞株 CHM13
シーケンス戦略とデータ:
30× PacBio サーキュラーコンセンサスシーケンシング (HiFi) 、120× Oxford Nanopore ウルトラロングリードシーケンシング、100× Illumina PCR-Free シーケンシング (ILMN) 、70× Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C)、BioNano 光学マップ、およびストランドシーケンス
表 2 GRCh38 と T2T-CHM13 ヒトゲノム アセンブリの比較
参照
1.セルゲイ・ヌルクら。ヒトゲノムの完全な配列。bioRxiv 2021.05.26.445798;土井：https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.キャロライン・ベルサーら。ナノポアシーケンスを使用したバナナのテロメア間のギャップレス染色体。bioRxiv 2021.04.16.440017;土井：https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.ダニエル・J・ジゲールほか。Phaeodactylum tricornutum のテロメアからテロメアへのゲノム アセンブリ。bioRxiv 2021.05.04.442596;土井：https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-Ming Song 他西安/インディカ米の 2 つのギャップフリー参照ゲノムのアセンブリと検証により、植物のセントロメア構造に関する洞察が明らかになります。バイオRxiv 2020.12.24.424073;土井：https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
投稿時刻: 2022 年 1 月 6 日