T2T ജീനോം അസംബ്ലി, ഗ്യാപ്പ് ഫ്രീ ജീനോം
1stരണ്ട് അരി ജീനോമുകൾ1
ശീർഷകം: Xian/indica Rice-നുള്ള രണ്ട് ഗ്യാപ്പ്-ഫ്രീ റഫറൻസ് ജീനോമുകളുടെ അസംബ്ലിയും മൂല്യനിർണ്ണയവും പ്ലാന്റ് സെൻട്രോമിയർ ആർക്കിടെക്ചറിലേക്കുള്ള ഉൾക്കാഴ്ച വെളിപ്പെടുത്തുന്നു
ഡോയി:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
പോസ്റ്റ് ചെയ്ത സമയം: ജനുവരി 01, 2021.
ഇൻസ്റ്റിറ്റ്യൂട്ട്: ഹുവാഷോംഗ് അഗ്രികൾച്ചറൽ യൂണിവേഴ്സിറ്റി, ചൈന
മെറ്റീരിയലുകൾ
O. സാറ്റിവ സിയാൻ/ഇൻഡിക്കഅരി ഇനങ്ങൾ 'ജെൻഷാൻ 97 (ZS97)', 'മിംഗ്ഹുയി 63 (MH63)
ക്രമപ്പെടുത്തൽ തന്ത്രം
NGS വായിക്കുന്നു + HiFi റീഡുകൾ + CLR റീഡുകൾ + ബയോനാനോ + ഹൈ-സി
ഡാറ്റ:
ZS97: 8.34 Gb（~23x）HiFi റീഡുകൾ + 48.39 Gb (~131x ) CLR റീഡുകൾ + 25 Gb (~69x) NGS + 2 ബയോനാനോ ഐറിസ് സെല്ലുകൾ
MH63: 37.88 Gb (~103x) HiFi റീഡുകൾ + 48.97 Gb (~132x) CLR റീഡുകൾ + 28 Gb (~76x) NGS + 2 ബയോനാനോ ഐറിസ് സെല്ലുകൾ
ചിത്രം 1 അരിയുടെ രണ്ട് വിടവില്ലാത്ത ജീനോമുകൾ (MH63, ZS97)
2ndവാഴ ജീനോം2
തലക്കെട്ട്: നാനോപോർ സീക്വൻസിംഗ് ഉപയോഗിച്ച് വാഴപ്പഴത്തിന്റെ ടെലോമിയർ-ടു-ടെലോമിയർ വിടവില്ലാത്ത ക്രോമസോമുകൾ
ഡോയി:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
പോസ്റ്റ് ചെയ്ത സമയം: ഏപ്രിൽ 17, 2021.
ഇൻസ്റ്റിറ്റ്യൂട്ട്: യൂണിവേഴ്സിറ്റി പാരീസ്-സാക്ലേ, ഫ്രാൻസ്
മെറ്റീരിയലുകൾ
ഇരട്ട ഹാപ്ലോയിഡ്മൂസ അക്കുമിനാറ്റsppmalaccensis(ഡിഎച്ച്-പഹാംഗ്)
ക്രമപ്പെടുത്തൽ തന്ത്രവും ഡാറ്റയും:
HiSeq2500 PE250 മോഡ് + MinION/ PromethION (93Gb,~200X )+ ഒപ്റ്റിക്കൽ മാപ്പ് (DLE-1+BspQ1)
പട്ടിക 1 മൂസ അക്യുമിനേറ്റ (ഡിഎച്ച്-പഹാംഗ്) ജനിതക സമ്മേളനങ്ങളുടെ താരതമ്യം
ചിത്രം 2 മൂസ ജീനോമുകളുടെ ആർക്കിടെക്ചർ താരതമ്യം
3rdഫിയോഡാക്റ്റൈലം ട്രൈകോർണട്ടം ജനിതകഘടന3
തലക്കെട്ട്: ടെലോമിയർ-ടു-ടെലോമിയർ ജീനോം അസംബ്ലിP
ഹെയോഡാക്റ്റൈലം ട്രൈകോർണട്ടം
ഡോയി:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
പോസ്റ്റ് ചെയ്ത സമയം: മെയ് 04, 2021
ഇൻസ്റ്റിറ്റ്യൂട്ട്: വെസ്റ്റേൺ യൂണിവേഴ്സിറ്റി, കാനഡ
മെറ്റീരിയലുകൾ
ഫെയോഡാക്റ്റൈലം ട്രൈകോർണട്ടം(ആൽഗകളുടെയും പ്രോട്ടോസോവയുടെയും സംസ്കാര ശേഖരം CCAP 1055/1)
ക്രമപ്പെടുത്തൽ തന്ത്രവും ഡാറ്റയും:
1 ഓക്‌സ്‌ഫോർഡ് നാനോപോർ മിനിയൺ ഫ്ലോ സെൽ + ഒരു 2×75 പെയർ-എൻഡ് മിഡ്-ഔട്ട്‌പുട്ട് NextSeq 550 റൺ
ചിത്രം 3 ടെലോമിയർ-ടു-ടെലോമിയർ ജീനോം അസംബ്ലിക്കുള്ള വർക്ക്ഫ്ലോ
4thമനുഷ്യ CHM13 ജീനോം4
തലക്കെട്ട്: ഒരു മനുഷ്യ ജീനോമിന്റെ സമ്പൂർണ്ണ ശ്രേണി
ഡോയി:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
പോസ്റ്റ് ചെയ്ത സമയം: മെയ് 27, 2021
ഇൻസ്റ്റിറ്റ്യൂട്ട്: നാഷണൽ ഇൻസ്റ്റിറ്റ്യൂട്ട് ഓഫ് ഹെൽത്ത് (NIH), യുഎസ്എ
മെറ്റീരിയലുകൾ: സെൽ ലൈൻ CHM13
ക്രമപ്പെടുത്തൽ തന്ത്രവും ഡാറ്റയും:
30× PacBio സർക്കുലർ കൺസെൻസസ് സീക്വൻസിങ് (HiFi), 120× Oxford Nanopore ultra-long read sequencing , 100× Illumina PCR-Free sequencing (ILMN) , 70× Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-Nano ഒപ്റ്റിക്കൽ മാപ്‌സ്), ഒപ്പം Strand-seq
പട്ടിക 2 GRCh38, T2T-CHM13 മനുഷ്യ ജീനോം അസംബ്ലികളുടെ താരതമ്യം
റഫറൻസ്
1.സെർജി നർക് et al.ഒരു മനുഷ്യ ജീനോമിന്റെ സമ്പൂർണ്ണ ശ്രേണി.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2. കരോലിൻ ബെൽസർ et al.നാനോപോർ സീക്വൻസിംഗ് ഉപയോഗിച്ച് വാഴപ്പഴത്തിന്റെ ടെലോമിയർ-ടു-ടെലോമിയർ വിടവില്ലാത്ത ക്രോമസോമുകൾ.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.ഡാനിയൽ ജെ. ഗിഗ്യൂറെയും മറ്റും.ടെലോമിയർ-ടു-ടെലോമിയർ ജീനോം അസംബ്ലി ഓഫ് ഫെയോഡാക്റ്റൈലം ട്രൈകോർണൂട്ടം.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.ജിയ-മിംഗ് സോംഗ് തുടങ്ങിയവർ.Xian/indica Rice-നുള്ള രണ്ട് ഗ്യാപ്പ്-ഫ്രീ റഫറൻസ് ജീനോമുകളുടെ അസംബ്ലിയും മൂല്യനിർണ്ണയവും പ്ലാന്റ് സെൻട്രോമിയർ ആർക്കിടെക്ചറിലേക്കുള്ള ഉൾക്കാഴ്ചകൾ വെളിപ്പെടുത്തുന്നു.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
പോസ്റ്റ് സമയം: ജനുവരി-06-2022