T2T GENOME SAMBAND, GAP FREE GENOME
1stTvö erfðamengi hrísgrjóna1
Titill: Samsetning og staðfesting á tveimur gjálausum viðmiðunarerfðamengi fyrir Xian/indica hrísgrjón sýnir innsýn í arkitektúr plöntusentróma
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Birtingartími: 1. janúar 2021.
Stofnun: Huazhong Agricultural University, Kína
Efni
O. sativa xian/indicahrísgrjónaafbrigði 'Zhenshan 97 (ZS97)' og 'Minghui 63 (MH63)
Röðunarstefna
NGS les + HiFi les + CLR les + BioNano + Hi-C
Gögn:
ZS97: 8,34 Gb（~23x）HiFi lestur + 48,39 Gb (~131x) CLR lestur + 25 Gb(~69x) NGS + 2 BioNano Irys frumur
MH63: 37,88 Gb (~103x) HiFi les + 48,97 Gb (~132x) CLR les + 28 Gb (~76x) NGS + 2 BioNano Irys frumur
Mynd 1 Tvö billaus erfðamengi hrísgrjóna (MH63 og ZS97)
2ndBanana erfðamengi2
Titill: Telomere-til-telomere gaplausir litningar banana með nanopore raðgreiningu
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Birtingartími: 17. apríl, 2021.
Stofnun: Université Paris-Saclay, Frakklandi
Efni
Tvöfalt haploidMusa acuminatasppmalacensis(DH-Pahang)
Röðunarstefna og gögn:
HiSeq2500 PE250 ham + MinION/ PromethION (93Gb,~200X)+ Optískt kort (DLE-1+BspQ1)
Tafla 1 Samanburður á erfðamengi Musa acuminata (DH-Pahang).
Mynd 2 Samanburður á byggingarlist Musa erfðamengis
3rdPhaeodactylum tricornutum erfðamengi3
Titill: Genamengissamsetning telómera-til-telómeraP
haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Birtingartími: 4. maí 2021
Stofnun: Western University, Kanada
Efni
Phaeodactylum tricornutum(Menningarsafn þörunga og frumdýra CCAP 1055/1)
Röðunarstefna og gögn:
1 Oxford Nanopore minION flæðisfrumur + 2×75 pöruð miðframleiðsla NextSeq 550 keyrsla
Mynd 3 Verkflæði fyrir samsetningu telómera-til-telómera erfðamengis
4thCHM13 erfðamengi manna4
Titill: Heildarröð erfðamengis mannsins
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Birtingartími: 27. maí 2021
Stofnun: National Institute of Health (NIH), Bandaríkjunum
Efni: frumulína CHM13
Röðunarstefna og gögn:
30× PacBio circular consensus raðgreining (HiFi), 120× Oxford Nanopore ofurlöng lestraröðun , 100× Illumina PCR-Free raðgreining (ILMN), 70× Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C sjónkort), BioNano og Strand-seq
Tafla 2 Samanburður á GRCh38 og T2T-CHM13 genamengi manna
Tilvísun
1.Sergey Nurk o.fl.Heildarröð erfðamengis manna.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Caroline Belser o.fl.Telomere-til-telomere gaplausir litningar banana með nanopore raðgreiningu.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere o.fl.Telomere-til-telomere erfðamengi samsetning Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-Ming Song o.fl.Samsetning og staðfesting á tveimur gjálausum viðmiðunarerfðamengi fyrir Xian/indica hrísgrjón sýnir innsýn í arkitektúr plantna miðju.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Pósttími: Jan-06-2022