T2T GENOME Assembly፣ GAP FREE GENOME
1stሁለት የሩዝ ጂኖም1
ርዕስ፡ የሁለት ክፍተት-ነጻ የማጣቀሻ ጂኖም ለXian/indica ሩዝ ማሰባሰብ እና ማረጋገጥ ስለ ተክል ሴንትሮሜር አርክቴክቸር ግንዛቤን ያሳያል።
ዶይ፡https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
የተለጠፈ ጊዜ፡ ጥር 01፣ 2021
ኢንስቲትዩት፡ ሁአዝሆንግ ግብርና ዩኒቨርሲቲ፣ ቻይና
ቁሶች
ኦ.ሳቲቫ ዢያን/ኢንዲካየሩዝ ዝርያዎች 'Zhenshan 97 (ZS97)' እና 'Minghui 63 (MH63)
የቅደም ተከተል ስልት
NGS ያነባል + HiFi ያነባል + CLR ያነባል + ባዮናኖ + ሃይ-ሲ
ውሂብ፡-
ZS97: 8.34 Gb（~23x) HiFi + 48.39 Gb (~131x) CLR ያነባል + 25 Gb(~69x) NGS + 2 BioNano Irys ሕዋሳት
MH63: 37.88 Gb (~103x) HiFi + 48.97 Gb (~132x) CLR ያነባል + 28 Gb(~76x) NGS + 2 BioNano Irys ሕዋሳት
ምስል 1 ሁለት ክፍተት የሌላቸው የሩዝ ጂኖም (MH63 እና ZS97)
2ndሙዝ ጂኖም2
ርዕስ፡ ቴሎሜር እስከ ቴሎሜር ክፍተት የለሽ የሙዝ ክሮሞሶምች የናኖፖር ቅደም ተከተል በመጠቀም
ዶይ፡https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
የተለጠፈ ጊዜ፡ ኤፕሪል 17፣ 2021
ተቋም: ዩኒቨርሲቲ ፓሪስ-ሳክላይ, ፈረንሳይ
ቁሶች
ድርብ ሃፕሎይድሙሳ አኩሚናታsppማላከስሲስ(ዲኤች-ፓሃንግ)
ስልት እና ውሂብ ቅደም ተከተል;
HiSeq2500 PE250 ሁነታ + ሚኒዮን/ ፕሮሜትሽን (93Gb,~200X)+ የጨረር ካርታ (DLE-1+BspQ1)
ሠንጠረዥ 1 የሙሳ አኩሚናታ (ዲኤች-ፓሃንግ) የጂኖም ስብስቦች ማነፃፀር
ምስል 2 የሙሳ ጂኖም አርክቴክቸር ንፅፅር
3rdPheodactylum tricornutum ጂኖም3
ርዕስ፡ ቴሎሜር-ወደ-ቴሎሜር ጂኖም ስብሰባP
haeodactylum tricornutum
ዶይ፡https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
የተለጠፈ ጊዜ፡ ግንቦት 04፣ 2021
ተቋም: ምዕራባዊ ዩኒቨርሲቲ, ካናዳ
ቁሶች
Pheodactylum tricornutum(የአልጌ እና ፕሮቶዞአ CCAP 1055/1 የባህል ስብስብ)
ስልት እና ውሂብ ቅደም ተከተል;
1 ኦክስፎርድ ናኖፖሬ ሚኒየን ፍሰት ሴል + 2×75 ጥምር-መጨረሻ አጋማሽ ውፅዓት NextSeq 550 ሩጫ
ምስል 3 ለቴሎሜር-ወደ-ቴሎሜር ጂኖም ስብስብ የስራ ፍሰት
4thየሰው CHM13 ጂኖም4
ርዕስ፡ የሰው ጂኖም ሙሉ ቅደም ተከተል
ዶይ፡https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
የተለጠፈ ጊዜ፡ ግንቦት 27፣ 2021
ተቋም: ብሔራዊ የጤና ተቋማት (NIH), አሜሪካ
ቁሳቁሶች፡ የሕዋስ መስመር CHM13
ስልት እና ውሂብ ቅደም ተከተል;
30× PacBio ክብ የስምምነት ቅደም ተከተል (HiFi)፣ 120× ኦክስፎርድ ናኖፖሬ እጅግ ረጅም የተነበበ ቅደም ተከተል፣ 100× ኢሉሚና ከ PCR-ነጻ ቅደም ተከተል (ILMN)፣ 70× ኢሉሚና/አሪማ ጂኖሚክስ ሃይ-ሲ (Hi-C)፣ ባዮናኖ ኦፕቲካል ካርታዎች፣ እና Strand-seq
ሠንጠረዥ 2 የGRCh38 እና T2T-CHM13 የሰዎች ጂኖም ስብስቦችን ማነፃፀር
ማጣቀሻ
1. Sergey Nurk እና ሌሎች.የሰው ጂኖም የተሟላ ቅደም ተከተል።bioRxiv 2021.05.26.445798;ዶይhttps://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2. ካሮሊን ቤልዘር እና ሌሎች.ከቴሎሜር እስከ ቴሎሜር ክፍተት የለሽ የሙዝ ክሮሞሶም ናኖፖር ቅደም ተከተል በመጠቀም።bioRxiv 2021.04.16.440017;ዶይhttps://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.ዳንኤል ጄ.ጂጌሬ እና ሌሎች.የPhaeodactylum tricornutum የቴሎሜር-ቴሎሜር ጂኖም ስብሰባ።bioRxiv 2021.05.04.442596;ዶይhttps://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.ጂያ-ሚንግ መዝሙር እና ሌሎች.ለ Xian/indica ሩዝ የሁለት ክፍተት-ነጻ ማጣቀሻ ጂኖም መሰብሰብ እና ማፅደቅ የፕላንት ሴንትሮሜር አርክቴክቸር ግንዛቤን ያሳያል።bioRxiv 2020.12.24.424073;ዶይhttps://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
የልጥፍ ጊዜ: ጥር-06-2022