ASSEMBLEA GENOME T2T, GENOME GAP FREE
1stDui genomi di risu1
Titulu: Assemblea è Validazione di dui Genomi di Riferimentu Gap-free per Xian / indica Rice Reveals Insights in Plant Centromere Architecture
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Tempu publicatu: 01 di Ghjennaghju di u 2021.
Istitutu: Università Agricola Huazhong, Cina
Materiali
O. sativa xian/indicavarietà di risu 'Zhenshan 97 (ZS97)' è 'Minghui 63 (MH63)
Strategia di sequenza
NGS leghje + HiFi leghje + CLR leghje + BioNano + Hi-C
Dati:
ZS97: 8,34 Gb (~23x) letture HiFi + 48,39 Gb (~131x) letture CLR + 25 Gb (~69x) NGS + 2 cellule BioNano Irys
MH63: 37,88 Gb (~103x) letture HiFi + 48,97 Gb (~132x) letture CLR + 28 Gb (~76x) NGS + 2 cellule BioNano Irys
Figura 1 Dui genomi senza gap di risu (MH63 è ZS97)
2ndGenoma di banana2
Titulu: Cromosomi senza interruzzione di telomeri à telomeri di banana chì utilizanu a sequenza di nanopori
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Tempu publicatu: 17 d'aprile di u 2021.
Istitutu: Université Paris-Saclay, France
Materiali
Doppiu aploideMusa acuminatasppmalaccensis(DH-Pahang)
Strategia di sequenza è dati:
Modalità HiSeq2500 PE250 + MinION/ PromethION (93Gb, ~ 200X) + Mappa ottica (DLE-1+BspQ1)
Table 1 Comparazione di Musa acuminata (DH-Pahang) genome assemblies
Figura 2 Paragone di l'architettura di i genomi Musa
3rdGenoma di Phaeodactylum tricornutum3
Titre : Assemblage du génome de télomères à télomèresP
haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Tempu publicatu: 04 di maghju di u 2021
Istitutu: Western University, Canada
Materiali
Phaeodactylum tricornutum(Culture Collection of Algues and Protozoa CCAP 1055/1)
Strategia di sequenza è dati:
1 cella di flusso Oxford Nanopore minION + un 2 × 75 paired-end mid-output NextSeq 550 run
Figura 3 Flussu di travagliu per l'assemblea di u genoma di telomeri à telomeri
4thGenomu CHM13 umanu4
Titulu: A sequenza cumpleta di un genoma umanu
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Tempu publicatu: 27 di maghju di u 2021
Istitutu: National Institutes of Health (NIH), USA
Materiali: linea cellulare CHM13
Strategia di sequenza è dati:
30× PacBio sequenziamento consensu circular (HiFi), 120× Oxford Nanopore sequenziamento ultra-lungo di lettura, 100× sequenziamento Illumina PCR-Free (ILMN), 70× Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), carte ottiche BioNano, è Strand-seq
Tabella 2 Paragone di l'assemblee di genoma umanu GRCh38 è T2T-CHM13
Riferimentu
1.Sergey Nurk et al.A sequenza cumpleta di un genoma umanu.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Caroline Belser et al.Cromusomi gapless da telomeri à telomeri di banana utilizendu a sequenza di nanopori.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al.Assemblage du génome télomère à télomère de Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-Ming Song et al.L'Assemblea è a Validazione di dui Genomi di Riferimentu senza Gap per u Rice Xian / indica Reveals Insights in Plant Centromere Architecture.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Tempu di posta: 06-Jan-2022