SASTAVLJANJE GENOMA T2T, GENOM BEZ PAZINA
1stDva genoma riže1
Naslov: Sastavljanje i validacija dvaju referentnih genoma bez praznina za Xian/indica rižu otkriva uvid u arhitekturu centromere biljaka
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Vrijeme objave: 1. siječnja 2021.
Institut: Poljoprivredno sveučilište Huazhong, Kina
Materijali
O. sativa xian/indicasorte riže 'Zhenshan 97 (ZS97)' i 'Minghui 63 (MH63)
Strategija sekvenciranja
NGS čita + HiFi čita + CLR čita + BioNano + Hi-C
Podaci:
ZS97: 8,34 Gb（~23x）HiFi čitanja + 48,39 Gb (~131x ) CLR čitanja + 25 Gb(~69x) NGS + 2 BioNano Irys ćelije
MH63: 37,88 Gb (~103x) HiFi čitanja + 48,97 Gb (~132x) CLR čitanja + 28 Gb (~76x) NGS + 2 BioNano Irys ćelije
Slika 1. Dva genoma riže bez praznina (MH63 i ZS97)
2ndGenom banane2
Naslov: Kromosomi banane bez procjepa od telomera do telomera korištenjem sekvenciranja nanopora
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Vrijeme objave: 17. travnja 2021.
Institut: Université Paris-Saclay, Francuska
Materijali
Dvostruki haploidMusa acuminatasppmalaccensis(DH-Pahang)
Strategija sekvenciranja i podaci:
HiSeq2500 PE250 način rada + MinION/ PromethION (93Gb,~200X )+ optička mapa (DLE-1+BspQ1)
Tablica 1. Usporedba sklopova genoma Musa acuminata (DH-Pahang).
Slika 2 Usporedba arhitekture Musa genoma
3rdGenom Phaeodactylum tricornutum3
Naslov: Sklapanje genoma telomera-to-telomeraP
haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Vrijeme objave: 4. svibnja 2021
Institut: Western University, Kanada
Materijali
Phaeodactylum tricornutum(Zbirka kultura algi i protozoa CCAP 1055/1)
Strategija sekvenciranja i podaci:
1 Oxford Nanopore minION protočna ćelija + 2×75 upareni kraj srednjeg izlaza NextSeq 550 ciklus
Slika 3 Tijek rada za sklapanje genoma telomera-telomera
4thLjudski CHM13 genom4
Naslov: Kompletna sekvenca ljudskog genoma
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Vrijeme objave: 27. svibnja 2021
Institut: Nacionalni instituti za zdravlje (NIH), SAD
Materijali: stanična linija CHM13
Strategija sekvenciranja i podaci:
30× PacBio circular consensus sekvenciranje (HiFi), 120× Oxford Nanopore ultra-long read sekvenciranje, 100× Illumina PCR-Free sekvenciranje (ILMN), 70× Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), BioNano optičke mape, i Strand-seq
Tablica 2. Usporedba sklopova ljudskog genoma GRCh38 i T2T-CHM13
Referenca
1.Sergey Nurk et al.Potpuni slijed ljudskog genoma.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Caroline Belser et al.Kromosomi banane bez razmaka od telomera do telomera korištenjem sekvenciranja nanopora.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al.Sklop genoma telomera-to-telomera Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4. Jia-Ming Song i sur.Sastavljanje i validacija dvaju referentnih genoma bez praznina za Xian/indica rižu otkrivaju uvid u arhitekturu centromere biljke.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Vrijeme objave: 6. siječnja 2022